R_Bioconductor在Affymetrix表达芯片中的应用.pdf

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1、第9卷第2期生物信息学Vol．9No．22011年6月ChinaJournalofBioinformaticsJun．，2011doi:10.3969/j．issn．1672－5565．2011．02．010R/Bioconductor在Affymetrix表达芯片中的应用1122甄一松，张伟丽，吴青，肖成路(1．中国医学科学院北京协和医学院阜外心血管病医院中德分子医学研究室，北京100037;2．北京大学分子医学研究所心血管发育实验室，北京100871)摘要:R是用于统计计算和数据作图的编程语言和程序设计环境，能在多种平台下编译和运行。Bioconductor也是免费开源

2、的程序设计环境，它主要基于统计编程语言R，用于基因组数据的分析。我们通过已发表的数据，包含斑马鱼心肌再生的生物芯片数据，分析源码实例，较为详细地介绍和讲解了R/BioConductor的用法，为推广优秀的免费统计软件提供了一个简单的中文使用手册。关键词:R;BioConductor;生物芯片;心血管医学中图分类号:Q344;O212文献标识码:A文章编号:1672－5565(2011)－02－138－05ApplicationofR/BioConductorsoftwareinmicroarrayanalysis1122ZHENYi-song，ZHANGWei-li，WUQ

3、ing，XIAOCheng-lu(1．Sino－GermanLaboratoryforMolecularMedicineCardiovascularInstitute＆FuwaiHospital，ChineseAcademyofMedicalSciences＆PekingUnionMedicalcollege167Beilishilu，Beijing100037China;2．LaboratoryofCardiovascularDevelopment，InstituteofMolecularMedicinePekingUniversityNewLifeScienceRese

4、archBuildingBeijing100871，China)Abstract:Risafreesoftwareenvironmentforstatisticalcomputingandgraphics．ItcompilesandrunsonawidevarietyofUNIXplatforms，WindowsandMacOS．BioconductorisbasedprimarilyontheRprogramminglanguageandprovidestoolsfortheanalysisandcomprehensionofgenomicdata．Thedataused

5、inthispaperconsistofmi-croarrayfromzebrafishheartregeneration，whichhasbeenpublishedinhighqualityjournals．Webrieflydescribedthetypicaldataprocessingstepforthissampledatasetwithimplementationofsourcecode．AsChinesehand－out，ourintroductionpresentsusageoftheexcellentfreestatisticssoftwareformic

6、roarrayanalysistoentireacademiccommunity．Keywords:R，BioConductor，Microarray，cardiovascularmedicine毫无疑问，这些都将会提高统计分析工作的效率和1R是什么?信度基于以上特征，R已被国外大量学术和科研机构采用，其应用范围涵盖了数据挖掘、机器学习等诸R是用于统计计算和数据作图的编程语言和程多领域。访问R的主页可以获取更多的关于R的［2］序设计环境。同时它也是一个自由、免费、源代码开信息。放的GNU软件。因此，开源的策略使得R用户可2R/BioConductor在处理生物芯片中以得知其

7、中的计算会暗含着何种漏洞或错误，从而的应用避免了像商业软件一样源代码不被公开，其中的具体程序过程只有内部人员清楚，用户对此毫不知情Bioconductor也是免费开源的程序设计环境，它［1］的弊端。此外，R在理论上可以自由计算任何所主要基于统计编程语言R，当然也包含有部分其他［3］需的统计量，保证用户能够正确使用计算机程序。编程语言的贡献。Bioconductor主要用来分析和收稿日期:2010－07－23;修回日期:2011－01－04.资助项目:中国医学科学院、北京协和医学院CMB基金和国家自然科学基金支持(3