分子模拟及药物设计软件MOE使用教程

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1、分子模拟及药物设计软件MOE使用教程基于MOE2008.10MolecularOperatingEnvironment教程概览第一讲：MOE基本介绍及操作分子建模、图形渲染第二讲：分子力学力场、能量优化、力场约束第三讲：构象搜索和分子叠合构象分析、小分子交互式叠合、柔性叠合第四讲：序列编辑器与蛋白建模序列编辑器、同源建模第五讲：蛋白-配体复合物分子对接、蛋白-配体相互作用模式图、分子表面第六讲：MOE数据库及化学信息学MOE数据库、导入SD文件、分子描述符计算、绘图第一讲：MOE基本介绍及操作分子建模、图形渲染MOE的主要窗口DBV(数

2、据库浏览)化学信息学描述符计算MOE指纹图谱可视化图形QSAR小分子建模数据库清洗能量优化组合库设计分子表面CLI(SVL命令窗口)计算过程结果输出SEQ(序列编辑器)SVL命令执行蛋白信息学同源建模序列分析MOE窗口应用：•构建小分子•分子力学•基于结构的药物设计•对接•分子动力学•柔性叠合•药效团构建•构象搜索MOE窗口的结构命令取消按钮主菜单命令SVL命令行侧栏按钮右键菜单3D图形渲染脚脚行注行MOE菜单命令约定主菜单命令的调用，通常以MOE开头，或者不写，例如：右侧按钮栏的命令调用，通常以RHS开头，例如：MOE中鼠标的使用常见

3、鼠标使用方法：三键鼠标—双键鼠标对应关系：左键：‐选中目标，或菜单命令中键：‐转动‐平动‐移动目标右键：‐SE和DBV‐弹出式菜单MOE支持的输入输出文件格式“剪切和粘贴”，MOE三维图形渲染可保存支持与标准化学结构为出版物支持各种格绘图软件之间拷贝和式图片粘贴MOE支持导入各种类型格式的文MOE可以将结果导出为各种类件：MOE、PDB、TriposMOL2、型的文件：MOE、PDB、TriposSD等MOL2、SD等将化学结构粘贴至MOE1.使用（MOE

4、Edit

5、Paste）将ChemDraw、ISISDraw、ACDChemSk

6、etch绘制的化学结构从剪切板粘贴到MOE练习：打开文件1.使用(MOE

7、File

8、Open)打开MOEOpen面板2.MOEOpen面板出现，并列出当前工作目录下所有文件MOEOpen面板术语解释当前路径将当前路径设置为工作目录路径文本强制打开文件类型‘..’到到级上一级目录对选中文件的动作最近经常使用目录目录文件列表确认打开在文本编辑器文件中打开文件练习：打开文件（续上）3.在Open面板中，使用下拉三角，将当4.找到sulph_quin.moe文件前目录切换至$MOE/sample/mol5.可以用两种方式打开该文件：a)选中并双

9、击此文件；b)选中文件，然后点击’OK’按钮练习：打开文件（续上）6.将分子视角切换到视野中央(RHS

10、View)7.将分子渲染模式改为Stick模式：(RHS

11、Mode

12、Stick)用左键选中原子+左键：将选中范围扩展到整个残基左键点击，一次选中一个原子+左键：添加选中的原子注意在此种情况下+左键的选中效果——由于只有整个分子只包含一个残基，因此整个分子左键拖拽：将被选中选中框MOE选择菜单扩展选中集合取消选中；反选基于知识的选择：配体、活性位点、受体、溶剂根据属性、元素综合选中工具：或者其

13、他来进行AtomSelector选中保存或恢复将SE中的选中状态与MOE窗选中集合口中同步AtomSelector选中约束一般选中选项逻辑操作保存或加载选中集合根据原子名称选择根据元素或原子类型选择根据SMILES选择将选中范围扩展选中选项：到指定半径内•可及性•手性•连接性根据键、分子、残基、二级结构等选中用中键移动原子+中键：将选中部分XYXY转动旋转中键拖拽中键点击原子作+中键：为转动中心XY平动移动选中原子+中键拖拽缩放+中键鼠标操作概要中键点击：改变旋转中心左键点击：

14、右键点击：弹出菜单一次选中一个原子左键拖拽：中键拖拽：选中框XY旋转Ctrl+中键：缩放练习：MOE中的分子渲染在MOE里，渲染模式应用方式：当没有原子被选中时，应用于所有原子；当有原子被选中时，应用于选中原子；1.取消所有选中原子；2.使用左键拖拽框选中部分原子，然选中基团，并用’SpaceFilling’后用SpaceFilling模式渲染该部分：模式渲染(Render

15、SpaceFilling)3.选中其他部分的原子，然后将渲染模式设置为：stick、ballandstick、或者line选中基团，并用’Stick’模式渲染MOE

16、渲染菜单视角中心、保存并加载视角绘制氢键、范德华相互作用、座标轴等立体显示模式选择蛋白DNA骨架渲染原子渲染模式隐藏或显示选中原子着色方式标记原子更为细节的原子标记和着色菜单显示设置练习：绘制氢键并标记原