基因组序列分析实例

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1、蛋白组学课件吴晓龙讲述内容BioEdit一、BioEditBioEdit是一个生物序列编辑器，可在Windows中运行，它的基本功能是提供蛋白质、核酸序列的编辑、排列、处理和分析。BioEdit并不打算成为一个强序列分析程序，但是打算成为一个序列分析的友好用户界面，并连接其他在局域网和万维网上的更多的序列分析程序。BioEdit功能BioEdit的主要目的是，为那些不愿意被迫详细了解一个程序的使用方法的生物学家，提供一个有用的工具。BioEdit是直观的、菜单式的并有大量的图示，提供用户一个外部分析程序的图形界面。主要功能是提供明显

2、的、容易使用的菜单选项。已知问题和局限性BioEdit想要成为一个处理个别简单序列的多用途界面，带有适合于自动化多重排列选项的综合序列排列，最佳成对排列，并且着重于使手工排列更容。易随着时间的推移增加了一些附件的功能（质粒绘图、限制性内切酶图谱、ABI和SCF查阅、RNA比较分析和其他功能中的图式注解）。然而，常用的查找功能、特殊化分析，如蛋白质二级结构三级结构的预测、RNA结构的热动力学预测、排列性质的统计学分析序、列模式的概率或神经网络模型、排列和结构的预测，不包括在这个程序之内。功能一、序列编辑和处理打开序列打开单序列打开多序

3、列新建序列BioEdit排列文档窗口如果你不喜欢现在的样子不要当心，字体、大小、背景颜色、残基颜色和标题窗口宽度都可以改变。鼠标箭头右下方的黄色条幅显示的是当前序列的绝对位置。这同样显示在控制栏的Position标题。选择关闭黄色条幅就进入View->showsequencepositionbymousearrow。手工排序功能在编辑窗口有三个可应用的基本模式：Select/Slidemode选择/调整模式Editmode编辑模式：插入和改写Grab&Dragmode(抓取/拖动模式):从屏幕上动态的抓取和拖动单个残基选项可在Seq

4、uence->EditMode中找到工具条/加速按钮在编辑盒中编辑为一个序列开启一个编辑窗口,双击序列的标题,或选中序列并从Sequence菜单中选择EditSequence。为了使改变生效必须按下Apply或ApplyandClose按钮。取消将不会改变序列。在一个序列第一次编辑时，将会出现下面的窗口。注意如果一个序列是未知的，蛋白质色彩表通常是彩色的，就像一个已经经过类似性底纹处理的蛋白质序列。可以保留一个关于排列的每一行的屏幕信息的注解，但是不能计算类似性和同一性，不服从标准的处理，如翻译、互补、自动排列等。GenBank信息

5、将只能用GenBank或BioEdit格式保存。GenBank信息包括功能部件领域是内部独立于用户定义的图示注解Edit菜单选择序列:单序列连续的多序列间隔的多序列——Ctrl+点击移动序列：想移动一个序列(或一些序列)，选中它(用鼠标左键点击它的标题使其变亮)，把它拖放到你想要的位置。增加序列：Cut、Copy、PasteCopyEdit菜单选择Copy或CopySequence(s)CutEdit菜单选择Cut或CutSequence(s)Sequence菜单1.BasicManipulations/SequenceMenu基本

6、处理、序列菜单2.Masks屏蔽：在BioEdit中Masks（屏蔽）在这一点上有一点薄弱，主要用于RNA比较分析功能。关于在BioEdit中如果使用屏蔽看Masks。3.Gaps注意:～和.表示开启的缺口,-表示锁定的缺口.4.NewSequence新序列:创造新序列,开启一个单一序列编辑器.5.EditSequence编辑序列:在单一序列编辑器中开启首次选择的序列(或双击序列名)。6.SelectPositions选择位置:开启一个对话框，允许在所有选中的序列中选择具体位置.7、Openatcursorposition在光标处打

7、开：如果文档处于编辑状态，光标同时出现，这个选项将在单一序列编辑器中打开光标当前所在位置的序列。8、Rename重命名：根据子菜单选项重命名序列标题。Pairwisealignment二、质粒绘图PlasmiddrawingwithBioEditBioEdit提供简单质粒绘图的工具，以及快速简易注释。使用BioEdit质粒绘图功能，序列可以通过自动的位置标记，自动修改成环形质粒。一个合格质粒的组成要素复制起始位点Ori，即控制复制起始的位点。原核生物DNA分子中只有一个复制起始点。而真核生物DNA分子有多个复制起始位点。抗生素抗性基

8、因：可以便于加以检测，如Amp+，Kan+多克隆位点：MCS克隆携带外源基因片段P/E：启动子/增强子Terms：终止信号加poly（A）信号：可以起到稳定mRNA作用如何阅读质粒图谱第一步：首先看Ori的位置，了解质粒的类型（原核