珊瑚藻R-藻红蛋白的分子生物学

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1、福建农业大学硕士学位论文现瑚藻R-藻红蛋白的分子生物学姓名：钟伏弟申请学位级别：硕士专业：植物病理学指导教师：吴祖建2003.4.1捅建农林人学碗J二学位论文摘要本文报道了珊瑚藻(Cora]]inao虎cinafis)藻红蛋白的全基因序列，首次报道了a和B亚基cDNA序列。根据藻红蛋白保守序列设计引物，扩增获得藻红蛋白(Phycoerythrin，PE)Ⅱ和13亚基的DNA序列(AF510986)。序列长为l，140个碱基，包括B亚基起始密码子上游的10个碱基，毋亚基编码区的534个碱基(编码177个氨基酸)，101

2、个碱基的间隔区以及q亚基编码区近5’端的495个碱基(编码164个氨基酸)。在此基础上。采用RACE方法扩增获得d和13皿基的全长cDNA序列2257个碱基(AF542554)。cDNA序列排布顺序为5’uTR—rpeB一问隔区一rpeA一3’UTR，序列包括起始密码子上游493bp的5’非编码区，岱亚基编码区534bp(编码177个氨基酸)，基因间隔区lOlbp，a亚基编码区495bp(编码164个氨基酸)以及终止密码子下游长为634bp的3’非编码区，其中包含30个腺苷酸的poly(A)，首次通过实验证明了rpe

3、A和rpeB确实是以多顺反子共转录韵。同时，测定了藻纽蛋白y亚基N一端的部分氨基酸序列为：s／A(G)--G—F-O-A-A—S—v-E叫一P／A-N-A—P-S一卜A—G-j(-Y(P83592)。基于N端序列设计简并引物，结合RAcs方法扩增得到y受基的cDNA序列全长为2308个碱基(AY209894)。其中起始密码子上游5’非编码区为1203bp，编码区960bp(编码320个氨基黢)，终止密码子下游有一个长145bp的3’非编码区，其中包括26个腺苷酸韵poly(A)。推导的氨基酸序列与我们通过蛋白质测序得

4、到的K端部分序列完全一致。从y亚基不同克隆予的测序结果，我们发现Y亚基存在不同的3’末端，表明y亚基可能存在不同的拷贝形式。目前，有关Y班基序列报道也仅见于AgIuothumnionneglectum的两个序列(Y“和y“)，对y亚基作进～步比较研究还有一定困难。此外，扩增获得Y亚基DNA序列，表明序列内部没有内含子存在。最后，结合多种软件对以上序列进行生物信息学分析，对序列结构、特征、功能以及各亚基核酸和氨基酸的同源性等与已知真核红藻的基因序列作了比较分析。关键词：珊瑚藻；藻红蛋白；基因克隆；序列分析捐矬农林人学项

5、．17学拉论文一————————————————_—-———————-—-———_———’——_—————_———’———————、———_———————_-—_——一AbstractWereportthenucleot／desequenceoftllePEaandBsubunitencodinggenesfromCorallinaofficinalis．ThesequencewasisolatedusingaPcRprimerdesignedbasedor／meconservedPEgenesequences．弭措

6、Bsubunitencodinggene(rpeBlcontainedallopenreadingfranleof534bp，whiletheqsubunit(rpeA)Was495bp(GenBankaccessionnllImbcr：AF51098∞．Theintergenicsequencecontain101nucleotide．ThroughRACE(RapidamplificationofeDNAends),wegetcDNAsequenceencodingaand18subunitofphycocryt

7、hrin,whichcontain2257bp，eonsigingof493nueleotidethatlocateintheupstreamoftheinitiationcodonof13subunit,534codingforBsubunit(coding177aminoacid)，101nucleotideforintergenicregion，495nucleotidethatdrawnearthe5’terminalofQsubunit(eoding164aminoacid)and634nueleotide

8、locatinginthedowns#,xeamoftheterminalcodonofasubunit,includingpoly(A)of30bp．&anningtheGenBankdatabase，cDNAsequenceencodingnand13suburtit吣notpresented．TheeDNAsequenceer／oodil