人组织特异性基因组合转录调控模块的统计分析

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1、扉页：独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人或集体已经发表或撰写过的研究成果，对本文的研究做出贡献的集体和个人均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：避日论文使用和授权说明本人完全了解云南大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留并向国家有关部门或机构送交学位论文和论文电子版；允许论文被查阅或借阅；学校可以公布论文的全部或部分内容，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文。(保密的论文在解密后应遵循此规定)研究生签名：边塑垦筮导师签名：本人及导师同意将学位论文提交至清华大

2、学“中国学术期刊(光盘版)电子杂志社”进行电子和网络出版，并编入cNgJ系列数据库，传播本学位论文的全部或部分内容，同意按《中国优秀博硕士学位论文全文数据库出版章程》规定享受相关权益。研究生签名：导师签名：摘要本文主要就人30个组织特异性基因上游1000bp到第一内含子序列中的组合转录调控模块的识别方法进行探讨，同时对识别得到的组合转录调控模块进行统计分析。识别两个调控元件组合的模块(即模体对)的方法有两种：分步方法和同步方法。这两种方法都包含两个方面：模体对的共出现率，模体对的距离检验。本文在求模体对的共出现率时采用超几何分布的方法，而在检验模体对的距离时，文中应用了三种检验方法：Ma

3、nn·whitneyU秩和检验，两样本的Kolmogorov-Smimov检验方法，单样本的Kolmogorov．Smimov检验的方法。两种方法三种检验得到的是六种求过表达模体对的方法。用这六种方法分别求人30个组织特异性基因中的过表达模体对。分析它们的匹配率与丰度得到：同步方法的单样本Kolmogorov-Smimov检验是最优方法。此外，对这最优方法得到的过表达模体对的转录因子、分布区域、距离进行分析。结果表明：(1)不同的转录因子对有不同的调控功能：有些转录因子对可以调控不同组织的基因表达，而有些特定的转录因子对只调控特定的组织基因表达。(2)在转录调控中，不仅存在着同时出现在某

4、一区域的模体对，还存在着跨区域的模体对。(3)在组织特异性基因中，两个相互作用的转录因子之间的距离主要集中在200bp以内。本文采用组合方法识别两个以上调控元件组合的模块。首先，对最优方法得到的过表达模体对进行两两组合，接着，用超几何分布的模型求得三个模体组合的调控模块，进而限$1J400bp窗口，求多个组合转录调控模块。对多个组合转录调控模块进行分析发现，不同组织的模块具有碱基使用偏向性，有的组织偏向于A／T碱基，有的组织偏向于G／C碱基。此外，不同模块在基因中有着不同的调控能力，有的模块只在一个组织中出现，有的模块在多个组织中出现。关键词：组织特异性基因：模体对；超几何分布；检验；组

5、合转录调控模块AbstractInthisdissertation，wemainfocusonthewaysofrecognizingcombinatorialtranscriptionalregulatorymoduleinregionsfromtheupstream1000bptointronIofhumantissue-specificgenes，andthestatisticalanalysisofcombinatorialtranscriptionalregulatorymodule．Therearetwomethodsofrecognizingcombinatorialtra

6、nscriptionalregulatorymodule：stepbystepmethodandsynchronizationmethod．However,thesemethodsbothincludedthebindingsitepairCO．occurrenceandthedistancetest．WeCangettheCO—occurrencebYusingHypergeometricdistribution,buttherearethreekindsofdistancetestinourpaper：Mann—WhitneyUtest，two-sampleKolmogorov-Sm

7、irnovtest，one．sampleKolmogorov．Smimovtest．SixmethodsCanbeused．WeCananalyzethematchingrateandtheabundanceoftheover-representedmotifsbyusingsixdifferentmetIlods．Theresultsshowthat：one—sampleKolmogorov—SmirnovtestiSoptima