江苏地区猪嵴病毒感染流行病学调查和全基因组遗传进化分析

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1、．？．—苗、．心＇义．－．＞．；痛只＞豕－＇．－＂■一．‘：分类号．学号Ｍ１２０＾２＿二＾＇＇－一ｆ．＇＊？、？ＵＤＣ－－＇：密级？这４，＾壤叫大Ｉ洛蒂ＹＡＮＧＺＨＯＵＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹＩｊ＾Ｖ三卢’项壬学隹冷文＼‘记弯（学术型）麟江苏地区猪峭病毒感染流行病学调查和全基因姐遗传进化分析．＂濤＂＇户杨振，指导教师姓名：金文杰副教授秦爱建教援，扬州大学，江苏扬州，２２５００９申请学位级别：硕壬学科专业名称；预防

2、兽医学论文提交日期１５２０１５：２０年６月论文答辩日期：年６月４日学位授予单位：扬州大学学位授予日期２０１５：年６月３０日答辩委员会主席：郭爱珍教授％誦年６月今－玄：古－一＇．至＇若、．一＊．．．＾＇Ｖ－占—ｖ：Ｃ心、、、Ｉ＾：．．去庐＞ｅＶ．忠亡；，，江苏地区猪峭病毒感染流行病学调查和全基因组遗传进化分析Ｃｏｍｐｌｅ化ｇｅｎｏｍｅａｎａｌｙｓｉｓａｎｄｍｏｌｅｃｕｌａｒｅｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙｏｆｔｈｅｏｒｃｉｎｅｋｏｂｕｖｉｒｕｓｕｓｉｎｉｎ

3、ｈｃｔｅｄｉｓｊｆｒｏｍＪｉａｎｓｕｐｇｐｇｇＰｒｏｖｉｎｃｅＣｈｉｎａ，硕：ｔ生：杨振导师：金文杰副教授秦爱建教授杨州大学２０１５年６月区猪啼病毒感染流行病学调查和全基因组遗传进化分析杨振：江苏地江苏地区猪峭病毒感染流行病学调查和全基因细慶传进化分析摘要猪峰病毒（ＰｏｒｃｉｎｅＫｏｂｕｖｉｍｓ，ＰＫＶｓ）是小ＲＮＡ病毒科（Ｐｉｃｏｍａｖｉｒｉｄａｅ）赠病毒属（ｋｏｂｕｖｉｍｓ）的成员，于２００８年首次发现。在世界多个国家的猪群中均发现了该病毒，越来越多的

4、证据表明该病毒与猪腹泻疫情有关。猪腹泻病影响和危害我国养猪生产和养猪，自２０１０年Ｗ来业发展，我国大部分省份爆发了＾水样腹泻、脱水、呕吐为特征的哺乳！仔猪病毒性腹泻疫情，这其中病毒性腹泻疫，发病率和死ｔ率高，给养猪业带来巨大损失＇？？情引起养猪业的普遍关注。在腹泻猪群中检测到了猪峰病毒，并且猪峭病毒可能会导致仔猪腹泻。猪赠病毒目前尚未实现体外分离，对该病毒的研究大多是对其分子流行病学的调查研究。在ＰＫＶｓ的基因结构中，３Ｄ基因猪嗚病毒最保守的基因，其编码的蛋白在病毒增殖的一种非结构性的病毒特

5、异性蛋白动物机体内和感染的细胞培养液中发现的，被称为病毒感染相关蛋白。ｖｎ基因是赠病毒基因组中最具可变性的区域，编码的蛋白是衣壳蛋白中暴ＲＮＡ病一Ｐ露最多的免疫显性蛋白，同小毒科其他病毒样Ｙ１基因编码的蛋白可引起宿主机体产生免疫反应，是崎病毒的抗原位点，是微ＲＮＡ病毒分属的重要依据。－ＰＣ民检测方法本研究建立了针对ＰＫＶｓ３Ｄ基因和ＶＰ１基因的ＲＴ，对犯基因和ＶＰ１基因进行基因特征分析并对注苏地区猪峭病毒进行全基因组测序分析，旨在通过对江苏地区猪群中猪峭病毒的分布流行情况进行分子流行病学调查，了解该病

6、毒在猪群中的感染状一况，丰富猪崎病毒的流行病学数据，为防治猪腹泻疫情提供定的参考。１猪略病毒３Ｄ基因ＲＴ－ＰＣＲ检测方法的建立＾＇ｅｏｂｕｖ一根据猪赠病毒（Ｐｏｒｃｉｎｋｉｒｕｓ，ＰＫＶｓ）３Ｄ基因保守序列设对特异性引物，建－ＰＣ民方法立了检测猪棉拭样本中的猪崎病毒的民Ｔ，该方法能特异性的检测猪峰病毒，而对其它病原如猪流行性腹泻病毒（Ｐｏｒｃｉｎｅｅｉｄｅｍｉｃｄｉａｒｒｈｅａｖｉｍｓ，ＰＥＤＶ）、ｐ猪传染性胃肠炎病毒（Ｔｒａｎｓｍｉｓｓ化ｌｅｇａｓｔｒｏｅｎｔｅ加Ｓｖｉｒｕｓ’ＴＣＥ

7、Ｖ）、猪Ａ群轮状病毒（Ｏｒｏ叩Ａｐｏｒｃｉｎｅｒｏｔａｖｉｒｕｓ，ＧＡ２扬州大学硕击学位论文ＲＶＣｌａｓｓｃａｓｗｎｅｅｖｅｒｖｒｕＳＦＶＲ）、猪盈病毒（ｉｌｉｆｉｓ，Ｃ）、猪呼吸与繁殖障碍综合征病毒（ＰｏｒｃｉｎｅｅｄｕｃｉｖＲｅｓｉｒＳｒｉｒｕ，ｏｒｃｎｅｃｒｃｏｖｒｕｓＰＣＶｐｒｏｔｅａｎｄｐａｔｏｒｙｙｎｄｏｍｅｖｓＰＲＲＳＶ）、猪圆环病毒（ｐｉｉｉ，）、猪大肠杆菌则不能检出．，用该方法能检测的浓度为０１２６３，灵敏度高ｐｇ，可用于对江苏地区猪群中猪崎病毒的检

8、测。２猜腹泻病原混合感染检测及猪晴病毒３Ｄ基因和ＶＰ１基因特征分析－ＰＣＲ检测方法对２０用建立的猪嚼病毒３Ｄ基因艮Ｔ１２年８月至２０１３年１２月从江苏１３个地区４６个猪场采集的３９６份猪腹泻肛拭样本进行检测。结果显示猪场阳性率和病料阳性率分别为８０．４％和４５