藻类基因组研究进展_赖晓娟

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1、HEREDITAS(Beijing)2013年6月,35(6):735―744ISSN0253-9772www.chinagene.cn综述DOI:10.3724/SP.J.1005.2013.00735藻类基因组研究进展赖晓娟,陈海敏,杨锐,严小军宁波大学,应用海洋生物技术教育部重点实验室,宁波315211摘要:藻类具有复杂多样的进化历史和生物学特征,不仅在生态系统中扮演着重要角色,而且具有许多独特的基因和生物过程。高通量测序技术在藻类研究领域中的应用,大大促进了藻类基因组学和转录组学的发展,丰富了藻类基因信息。文章对近年来藻类基因组和转录组的研究进展进行综述,总结了已完成全基因组

2、测序的不同藻类基因组的特点并进行比较,对表达序列标签(ESTs)、微阵列和转录组测序技术在藻类转录组研究中的应用做了简要阐述,主要介绍了藻类基因表达以及小RNA的研究进展,并对该领域可能的发展方向及存在的问题进行了展望。关键词:藻类;基因组;转录组;高通量测序;基因AdvancesonthegenomeofalgaeLAIXiao-Juan,CHENHai-Min,YANGRui,YANXiao-JunKeyLaboratoryofAppliedMarineBiotechnology,MinistryofEducation,NingboUniversity,Ningbo315211,

3、ChinaAbstract:Algaepossesscomplexanddiversebiologyandevolutionaryhistory.Theyplayanimportantroleintheeco-system.Amassofuniquegenesandbiologicalprocessesalsomakethemattractive.Theapplicationofhigh-throughputsequencingapproachestoalgalresearchhasgreatlycontributedtothedevelopmentofalgalgenomicsan

4、dtranscriptomics,aswellasenrichedthegeneinformationofalgae.Inthisarticle,wesummarizetheadvancesofalgalgenomicsandtran-scriptomics,describeandcomparethecharacteristicsofdifferentalgaegenomes,andintroducetheapplicationofexpres-sionsequencetags(ESTs),microarrayandRNAsequencingtechniquetoalgaltrans

5、criptomicsresearch.Furthermore,theadvancesofalgalgeneexpressionandsmallRNAarealsoreviewedindetail.Atlast,wediscussthechallengesandfuturedevelopmentofthisarea.Keywords:algae;genome;transcriptome;high-throughputsequencing;gene藻类是一个高度多样的生物群体,是地球上最地位,而且在进化关系上跨越原核和真核两界,拥古老的生命类群之一,不仅在生态系统中占据重要有特殊的进化地

6、位,因此其系统进化研究一直是生收稿日期:20121225;修回日期:20130222基金项目:国家自然科学基金项目(编号：40776077),浙江省重点科技创新团队项目(编号：2010R50025-7),浙江省自然科学基金项目(编号：Y5100066),宁波市创新团队项目(编号：2011B81007)和宁波市科技攻关项目(编号：201201C1011016)作者简介:赖晓娟,硕士研究生,专业方向：植物生化与分子生物学。E-mail:laixiaojuan204@gmail.com通讯作者:陈海敏,研究员,研究方向：海洋药物、活性物质及海洋生物资源利用。E-mail:chenh

7、aimin@nbu.edu.cn网络出版时间:2013-3-1216:06:14URL:http://www.cnki.net/kcms/detail/11.1913.R.20130312.1606.005.html736HEREDITAS(Beijing)2013第35卷物学家关注的热点。由于进化历史多样,不同的藻是非海洋的单细胞极端生物。更具典型红藻特征的类在代谢途径、细胞进程、发育调控以及生活史等皱波角叉菜(Chondruscrispus)和脐形紫菜