中国人群组织特异性可变剪接体的鉴定

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1、上海交通大学硕士论文争。1.3可变剪接的基本形式可变剪接是指从一个mRNA前体中将其内含子去掉，外显子选择性地组合、联接在一起的不同的剪接方式（选择不同的剪接位点组合）产生不同的成熟mRNA剪接异构体的过程。它是一种在转录后RNA水平调控基因表达的重要机制，也是蛋白质组多样性的重要机制。可变剪接有五种基本形式（图1-2）：（1）内含子保留：内含子没有被剪接掉而是被保留在成熟mRNA中；（2）可变的5′端：具有5′端可变剪接位点；（3）可变的3’′端：具有3′端可变剪接位点；（4）外显子盒：外显子在剪接过程中被漏掉；（5）互斥外显子：一组外显子中只选其一。1）内含子保留Retained

2、intron2）可变5’剪接位点Alternative5’spilce3）可变3’剪接位点Alternative3’spilcesites4）外显子盒Cassetteexons5）互斥外显子Mutuallyexclusive图1-2可变剪接的基本形式通常每个人类基因平均含有8个外显子，每个外显子长度约为145nt，而内含子的长度是外显子的十倍以上。外显子被定义为在内含子和外显子边界的很短的退化的经典剪接位点序列。基本剪接机制由经典剪接位点序列和启动集合多组分剪接的复合体——剪接体构成。剪接体完成两个主要的剪接功能：识别外显子与内含子的边界，催化剪断-粘结反应来去除内含子连接外显子。剪

3、接体包含snRNPs、hnRNPs和SR蛋白及其相关蛋白，它能够识别内含子和外显子的之间不同的剪接位点,然后进行剪接-连接反应以去除内含子并使外显子连接起来剪接过程中,剪接小体始终处于-2-上海交通大学硕士论文动态之中,在不同的时期吸纳不同的组分进行RNA-RNA、RNA-蛋白、蛋白-蛋白之间的作用。调节可变剪接的因素大致可分为两类即顺式元件和反式调节因子。顺式元件指前体mRNA上特定的序列，包括剪接增强子和抑制子。这些元件提供与某些RNA结合蛋白的结合位点，通过RNA-蛋白的相互作用来调节附近剪接位点的使用。反式调节因子是指与前体mRNA结合（特别是与顺式元件结合）从而调节前体mR

4、NA剪接方式的蛋白，主要包括HnRNP蛋白家族,SR蛋白和SR相关蛋白家族。正向或反向的反式调节因子分别可以结合前体mRNA上的剪接增强子和抑制子，然后影响snRNP和其他剪接因子与RNA的结合，从而促进／抑制剪接位点的使用，并最终产生不同的mRNA亚型以及蛋白亚型。1.4可变剪接的研究进展自1977年WalterGilbert首先提出可变剪接（Alternativesplicing，AS）的概念，到1980年Baltimore在小鼠IgM基因发现第一个可变剪接产生膜型、分泌型IgM，到现［5，6，8］在已经预测到约有60%的人类基因具有超过一种可变剪接体。从可变剪接涉及的基因分布格

5、局分析，可变剪接多发生在参与信号传导和表达调节等复杂过程的基因上，如受体、信号传导通路(凋亡)、转录因子等。已经证明涉及到人类疾病的大量遗传突变被定位在可调节剪接的剪接信号或序列上。可变剪接是从相对简单的基因组提高蛋白质组多样性的重要机制，蛋白质组的多样性与多细胞高等生物的复杂性相适应。从可变剪接涉及的基因分布格局分析，可变剪接多发生在参与信号传导和表达调节等复杂过程的基因上，如受体，信号传导通路(凋亡)，转录因子等。对个体分化发育和一些关键的细胞生理过程如凋亡、细胞兴奋等的精确调控有重要意义。一个基因通过可变剪接产生多个转录异构体，各个不同的转录异构体编码结构和功能不同的蛋白质，他

6、们分别在细胞/个体分化发育不同阶段，在不同的组织，有各自特异的表达和功能。因此，可变剪接是一种在转录后RNA水平调控基因表达的重要机制。单独一个基因通过可变剪接产生的十几种剪接异构体的现象很常见。有些基因甚至能够产生成千上万种剪接异构体。最突出的例子是果蝇（Drosophila［2］melanogaster）的Dscam基因，可以通过可变剪接产生38,000多种mRNA异构体。-3-上海交通大学硕士论文Dscam基因编码一个神经元轴突定向受体，它细胞外有一个由10个免疫球蛋白重复序列组成的结构域，第2、3、7个免疫球蛋白重复序列分别由第4、6、9号外显子编码，4号外显子盒（casse

7、tte）有12个变异体，6号外显子有48个变异体，9号外显子有33个变异体，再加上17号外显子的2个变异体。每个成熟的DscammRNA分别只有一个有4、6、9、17号外显子的变异体，由此理论推测Dscam基因共有12×48×33×2＝38016剪接异构体。对Dscam基因50个cDNA克隆随机测序发现了49种不同的剪接异构体，说明实际存在的剪接异构体即使没有理论那么多，也至少有上千种。人的Neurexins、n-Cadherins、calcium-act