基于结构信息和伪氨基酸组分信息预测抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质

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1、学校代码：10126分类号：——论文题目学号：墨!至垒鱼Q呈Q编号：——基于结构信息和伪氨基酸组分信息预测抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质学院：堑堡型堂皇堇苤堂医专业：生堑堑翌堂研究方向：雌息堂姓名：王鑫指导教师：陵题匾副熬攫2014年5月1日原创性声明本人声明：掰星突盼学位论文蹩本人茳导师豹指导下避行的研究薹佟及取得的研宠娥祭。除本文基经濡碉弓f甩兹内容娉，论文中不苞吉其健人已经笈袭或撰写过的研究成果，由不包禽为获褥凼鍪点塞竺艘其健载煮机撬的学使或证书雨健罔过的柯料。与裁～同工作盼丽志簿奉研究所徽鲶任卿嚣献垮已在论文巾炸了明确的说明并表

2、示谢意。学像途趸侮誊签名：盛指导教螂签名：峪在学期间研究成果使用承诺书本学位论文作者完全了麟学救饔芰保留、使用学位沦文豹攥蹩，釉：国蒙古太誉有投璃掌谴蹬文盼全鄢幽容或部分缳壁并澍霉家饪燕机掏，舔纠透交学位论定豹复印If孛稚醚盎。惫许缡^有美数据库避杼攮索，瞧可以采甩影印、壤印或疑他复制手段像存、汇壤学位论冀。为保护学院鞫导耀陶翔识产投，f睾者在学期溺取褥的研究成粱属予内蘩古大学。作肴今后使用谬爰程学羯匍皇婆联宄海容或研究成累。鲼征褥内蒙古太学就读期问导蟀的嗣懋：著甩于艇表论文．版投蘩缱必须署名为内蒙亩太学方可投稿或公开发裘。学位论文

3、僖者签名：鬻捌币蒹名：阻苫垒k口热_州‰兵I一妍：—≯地工一基于结构信息和伪氨基酸组分信息预测抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质基于结构信息和伪氨基酸组分信息预测抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质摘要蛋白质主宰着一切生命活动，协调着一系列复杂的生物学过程，不同类型的蛋白质行使着不同的生物学功能。其中细胞凋亡蛋白质是一种有着特殊功能的蛋白质，在生物体的生长和维持体内平衡中扮演着重要的角色。在细胞凋亡过程中抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质对细胞凋亡的调控起着不同的作用。如果抗凋亡蛋白质或者促凋亡蛋白质失活，将导致癌症和其它疾病的发生。所以对抗凋亡蛋白质和促凋

4、亡蛋白质的识别，将有助于我们更好的了解细胞凋亡的致病机理。本文以细胞凋亡蛋白质为研究对象，在构建数据集以及寻找蛋白质序列、物理化学和结构等特征信息的基础上，运用离散增量(Ⅲ)和支持向量机(SVM)等算法，对抗细胞凋亡和促细胞凋亡蛋白质进行预测研究，主要研究工作如下：1、首次建立了促凋亡蛋白质与抗凋亡蛋白质数据集D361。采用支持向量机算法(SVM)进行了预测，在Jackknife检验下得到了较好的预测成功率，取得了理想的预测效果。其中基于特征融合方法的Jackknife检验预测成功率普遍高于其它单一特征的预测成功率。2、在D361数

5、据集的基础上，我们根据Uniprot网站的更新进一步丰富了数据集D461，并且发现新数据集的正负集序列条数比上一数据集更趋于平衡。通T基于结构信息和伪氨基酸组分信息预测抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质过结合支持向量机算法(SVM)进行预测，新的数据集无论是在提取单一特征进行预测，还是融合特征信息后预测，都较前一数据集Jackknife检验预测成功率有了很大提高。3、根据细胞凋亡蛋白质生物学特性和物理化学特性，我们提取了蛋白质如下六类特征信息：蛋白质序列信息、蛋白质亲疏水信息、蛋白质骨架信息、进化保守信息、化学位移信息、蛋白质N端序列组分信

6、息。并分析了单一特征和多特征融合模型对预测结果的影响。4、将离散增量算法(ID)和支持向量机算法(SVM)首次应用到促凋亡蛋白质与抗凋亡蛋白质分类预测中，并结合预测结果对两种算法进行了比较分析。关键词：抗凋亡蛋白质；促凋亡蛋白质；化学位移：进化保守信息；支持向量机II基于结构信息和伪氨基酸组分信息预测抗凋亡蛋白质与促凋亡蛋白质BASED0NSTRUCTI爪AI，ANDPSEUD0．AMINOACIDCOMPOSITIONINFORMATIONTOPREDICTTHEANTI—A-POPTOSISPROTEINSANDPRO．APOP

7、TOSISPROTEINSABSTRACTProteindominatesalllifeactivities，andcoordinatesaseriesofcomplexbiologicalprocesses；however,differenttypesofproteinsperformdifferentbiologicalfunctions．Apoptosisisaproteinwhichhasaspecialfunctionprotein，playsanimportantroleintheorganismgrowthandmai

8、ntainshomeostasis．Duringapoptosistheanti—-apoptosisandpro--apoptosisperformdifferentfunctionintheregulationofapoptosi