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1、生物信息学在新基因克隆中的应用2000年第4期(总第48期)大理师专N0.42000(Th~CeneralserialN0.48)2000年12月JOUILNALOFDALITEACHER'SCOLLEGEDec.2000璧僭回网程滨苏鸿雁(1.淮南师专，安徽淮南,232001,2.大理师范高等专科学校生化系，云南大理,671000)【摘要】计算机技术的日益发展,使生物学的研究越来越离不开计算机及网络技术•本文从数据库，数据库查询，网络搜索工具等方面分析了计算机及网络技术在基因克隆中的应用.【关键词】生物信息学基因克隆计算机网络【中图分类号】Q—332【文献标识码】B【文章编号】1008——
2、9748(2000)04—0081—06J1leRoleofBiologicallnfbrmationStudyinOoningofNewGeneAbstractiThedevelopmentOfcomputertechnologyis既dcingstudiesinbiologyincreasinglyinseparablefromcomputersandcybertechnolo・gY.nlispaperanalysestheapplicationofcomputersandcybertechnologyincloninggenefromtheperspectiveOfciatabank.
3、data?hankinquiry,andintemetbrowser.keywords:biologicalinformationstudy;ge〜necloning;computerandintemet随着计算机科学,物理学，数学等与生命科学的相互渗透和交叉，生物信息学愈来愈显示出其重要性.这其中计算机科学尤其是网络技术的广泛应用，使得世界各国的生物学研究者所获得的数据，成果能够共享•数据库的建立,软件的开发及各种服务工具的发展让研究者了解和使用共享信息.这些资源每日都在更新，我们需要对它们有一定的了解,这了解对自身研究工作的进展可能有意想不到的帮助•在这里分以下几个方面介绍生物信息学的一
4、些概况，同时对生物学信息学在新基因克隆中的应用作初步的探讨.数据库目前为止,数据库已经发展得比较成熟•大的分类明确,有核酸，蛋白各类数据库，还有物种特异性数据库，组织特异性数据库，基因/蛋白质数据库等•这些数据库有专门的实验室维护，相关的实验数据可以注册到相应的数据库中•这一点是非常重要的•如果不更新数据，扩充信息量，那么数据库的功能等于零.主要的数据库：1•三大数据库:GenBank(US)[8],EMBL(Europe)[9],DDBJ(Japan)[10].2•蛋白数据库:PDB[11],swISs—PROT[12].3.基因组数据库:GDB(human),MGB(nlouse),SG
5、B(yeast).4•特殊数据库:dbEST(expressedsequencetags)[13],dhSIS(sequencetaggedsites)[14],abSNP(Si〜eNucleotidePolymorphism)[15],0MIM(0nCeMendelianInheritanceinMan)[l6],AceDb(Caenorhabditiselegansdb)[17)..GenBank,EMBL,DDBJ是生物学三大数据库(图1)•这里主要介绍一下这三个数据库的情况•它们三者组成国际联合序列数据库(intemationalcollaborationofscxfuen-da£a
6、base).三个数据库之间每天交换数据,.以保证三个站点都能最大限度的涵盖序列信息•用户可以免费从Internet上获得序列信息,通过下载或直接浏览.大理师专InternatiOnalNucleotideDat强BanksEMBLEU.DDpeu〜.1'tMOkcu竹BiC,i(]gVLabOralnEBI.EtLropeanBiolnfdl-fflatlf:3Irn九JNLI,〜:lanOna】LibJofedjcmeNOBI.NaoonCeli塘JfbrBiotechnoiCjgYInfol^ffJa+donNIG:1-Iamln村InstltuteofGe〜?ic3C[B:eenter
7、f(l-dormaW_9nBiologyDDBJ:Di・】ADa协B8a・d〜ofJap;〜ytGenBank[l]是一个公共数据库，含有核酸，蛋白序列，由NCBI(TheNationalCenterfdrBiotechnologyInfo匚marion)维护•它的序列来源有两个渠道:1•由研究者直接注册;2・大批量注册，这主要指EST和largegenomierecords.注册方式有两种•一为用Banki
