数据搜索时有用的生物大分子数据库

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1、生物大分子数据库扫描根据“NucleicAcidsResearch”最新（指2007年）公布的数据，目前已有968个有关生物大分子数据库（参见文献GalperinMY,TheMolecularBiologyDatabaseCollection,2007,35:D3）。有兴趣的读者可以参阅网站“http://www.oxfordjournals.org/nar/database/a”。我们这里将主要类型的数据库列于表4-2。数据库类别代表数据库名及应用核苷酸序列数据库国际苷酸序列数据库集DDBJ：所有已知的核苷酸序

2、列与蛋白质序列EMBL：所有已知的核苷酸序列与蛋白质序列GenBank：所有已知的核苷酸序列与蛋白质序列DNA序列：基因，保守序列模式及调控位点有关代码DNA序列ACLAME：基因移动因子分类数据库CUTG：Genbank数据库中的代码应用分类数据库HERVd：人类内源性逆转录病毒数据库NPRD:核小体定位区间数据库TIGRGeneIndices：基因序列与组织专一化数据库VectorDB：核酸向特征及分类数据库基因结构，内含子，外显子ASD：选择性剪切数据库EASED：扩展选择性剪切EST数据库HS3D：现代人

3、剪切位点数据库SpliceDB：典型与非典型的哺乳动物剪切位点数据库转录调节位点与转录因子ACTIVITY：功能DNA/RNA位点数据库DBTBS：枯草杆菌起动与转录因子数据库EPD：真核起动子数据库JASPAR：转录因子DNA结合位点位置专一化得分矩阵TESS：转录子搜索系统TRED：转录调控元素数据库TRANSFAC：转录因子和连接位点数据库RNA序列数据库16S与23SrRNAMutationDatabase：16S与23S核糖体RNA突变数据库ARED：mRNA中AU丰富数据库NCIR：RNA结构中非典型

4、相互作用数据库tmRDB：tmRNA数据库Rfam：非代码RNA家族数据库蛋白质序列数据库综合数据库EXProt：被实验证实功能的蛋白质序列数据库PA-GOSUB：根据模型器官，GO数据库确认及亚细胞定位的蛋白质序列数据库Swiss-Prot：蛋白质序列数据库TrEMBL：应用计算机注释与翻译EMBL数据库UniProt：所有蛋白质序列累积数据库蛋白质性质数据库AAindex：氨基酸理化性质数据库ProNIT：蛋白质与核酸相互作用热动力学数据库ProTherm：天然型与突变型蛋白质热动力学数据库TECRdb：酶催

5、化反应热动力学数据库蛋白质定位与靶向数据库（Proteinlocalizationandtargeting）DDSubLoc：蛋白质在亚细胞单元定位数据库NESbase：核输出信号数据库NLSdb：核定位信号数据库NMPdb：核基质联合蛋白质数据库NOPdb：核仁蛋白质组数据库PSORTdb：细菌中蛋白质在亚细胞单元中定位数据库SPD：分泌蛋白质数据库THGS：基因组序列中跨膜螺旋蛋白质数据库TMPDB：由实验确定的跨膜蛋白拓扑数据库蛋白质保守序列模式及活性位点数据库ASC：活性序列集合：生物活性肽数据库BLOC

6、KS：蛋白质家族中保守区间比对数据库CSA：催化位点图谱，已知三维结构的酶的活性位点及催化位点数据库COMe：生物有机蛋白分类数据库CopS：综合肽信号数据库eBLOCKS：高度保守蛋白质序列块eMOTIF：蛋白质保守序列模式的确定与搜索MetalloproteinSiteDatabase：金属蛋白中金属连接位点数据库O-GlyBase：蛋白质中用O和C连接的糖基化位点数据库PDBsite：蛋白质三维结构功能位点数据库PROSITE：生物学显著的蛋白质模式与突变谱数据库蛋白质功能区域；蛋白质分类数据库ADDA：蛋

7、白质功能区域分类数据库CDD：保守功能区域数据库：主要来自于Pfam，SMART，COG和KOG数据库CluSTr：Swiss-Prot+TrEMBL蛋白聚类数据库FunShift：在同一个蛋白质功能的家族的子家族之间功能异化数据库PRINTS：启发式基因家族指纹谱数据库Pfam：蛋白质家族数据库：根据多重序列比对和突变谱HMM构建ProtoMap：将Swiss-Prot依不同层次分类的数据库S4：SCOP超级家族中基于结构的序列比对数据库单个蛋白质家族数据库AARSDB：酰氨转移-tRNA合成酶数据库ASPD：

8、人工选择的蛋白质/肽数据库BacTregulators：AraC和TetR家族转录调节子数据库CSDBase：冷休克蛋白功能区阈数据库GPCRDB：G蛋白偶联受体数据库HistoneDatabase：组蛋白折叠序列与结构数据库ProLysED：细菌蛋白酶数据库TrSDB：转录因子数据库结构数据库小分子数据库ChEBI：对生物有反应的化学条目AANT：氨基酸与核苷相互作用数