鳑鲏亚科三种鱼类线粒体全基因组测定及其比较基因组学分析

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1、分类号：Q959.3UDC：密级：学号：355604407003南昌大学博士研究生学位论文鳑鲏亚科三种鱼类线粒体全基因组测定及其比较基因组学分析CompletemitochondrialgenomeandcomparativegenomicsanalysisofthethreespeciesofAcheilognathinae王尚洪培养单位（院、系）：生命科学学院指导教师姓名、职称：吴志强教授申请学位的学科门类：理学学科专业名称：动物学论文答辩日期：2015年12月13日答辩委员会主席：评阅人：2015年1

2、2月16日一、学位论文独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。据我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得南昌大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。学位论文作者签名（手写）：签字日期：年月日二、学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解南昌大学有关保留、使用学位论文的规定，同意学校有权保留并向国家有关部门或机构送交论

3、文的复印件和电子版，允许论文被查阅和借阅。本人授权南昌大学可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编本学位论文。同时授权北京股份有限公司和中国学术期刊（光盘版）电子杂志社将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》和《中国优秀博硕士学位论文全文数据库》中全文发表，并通过网络向社会公众提供信息服务，同意按“章程”规定享受相关权益。学位论文作者签名（手写）：导师签名（手写）：签字日期：年月日签字日期：年月日论文题目鳑鲏亚科鱼三种类线粒体全基因组测定及其比较

4、基因组学分析姓名王尚洪学号355604407003论文级别博士■硕士□动物学院/系/所生命科学学院专业E_mail2002shwang@163.com备注：■公开□保密（向校学位办申请获批准为“保密”，年月后公开）摘要鳑鲏亚科三种鱼类线粒体全基因组测定及其比较基因组学分析摘要本研究测定了彩石鳑鲏、彩副鱊和广西副鱊的线粒体全基因组序列，并对其进行了注释与分析，以充实线粒体基因组数据库，联合Genbank中所收录的鳑鲏亚科14种鱼类等线粒体全基因组数据，对鳑鲏亚科鱼类线粒体基因组GC含量偏性、密码子偏性进行了分

5、析，并以鳜鱼和餐鱼为外群构建了鳑鲏亚科17种鱼类的系统发育树。本研究所得到的主要结果如下：⑴测定了彩石鳑鲏、彩副鱊和广西副鱊的线粒体全基因组序列，三种鱼类的线粒体基因组均为环状双链，全长分别为16,677bp、16,819bp、16,563bp。均含有2个核糖体RNA、22个转运RNA、13个蛋白质编码基因和1个D-loop区。基因排列顺利与其他大多数鲤科鱼类一致。⑵彩石鳑鲏、彩副鱊和广西副鱊线粒体全基因组的碱基组成中，A+T含量分别为56.09%、56.98%和57.88%，明显高于GC含量。13个蛋白质

6、编码基因的总碱基组成中，A+T碱基含量分别为56%、56.8%和58.1%；各蛋白质编码基因的碱基组成上，A+T含量明显高于G+C含量；均表现出AT碱基的偏性。⑶彩石鳑鲏、彩副鱊和广西副鱊的13个蛋白质编码基因碱基总长度分别为11422bp、11422bp和11423bp；蛋白质编码基因的起始密码子使用方面,除C0X1基因以GTG为起始密码子外,其余均以ATG为起始密码子；在终止密码子使用方面,彩石鳑鲏ND1、COX1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6以TAA作为终止密码子，ND4以TA作为终止

7、密码子，其余以T为终止密码子。彩副鱊ND1、COX1、ATP8、ATP6、ND4L和ND6以TAA作为终止密码子，ND5以TAG作为密码子；ND4以TA作为终止密码子，其余以T为终止密码子；广西副鱊ND1、COX1、ATP8、ATP6、ND4L、ND5和ND6以TAA作为终止密码子，ND3和ND4以TA作为终止密码子，其余以T为终止密码子。⑷彩石鳑鲏、彩副鱊和广西副鱊tRNA二级结构均属于典型的三叶草结构；I摘要D-Loop区长度分别为1015bp、1172bp和910bp。⑸对鳑鲏亚科鱼类的核酸碱基组成、

8、相对同义密码子使用度、有效密码子数进行分析，结果显示，鳑鲏亚科鱼类线粒体中，密码子NNA使用数量最多，密码子NNG使用最少；且鳑鲏亚科鱼类线粒体密码子使用的这种偏性为较强的突变压力和较弱选择作用共同影响的结果。⑹基于rRNA&PCGs和PCGs序列进行系统发育分析，结果显示：①广西副鱊与大鳍鱊和须鱊的亲缘关系较近，彩石鳑鲏与中华鳑鲏和高体鳑鲏亲缘关系较近。②高丽鱊、油鱊、韩鱊及细鱊与鳑鲏属鱼类亲缘关系更近。关键词