江苏2012年柯萨奇病毒a组16型基因特征分析

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1、江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析单军，嵇红，包林，付建光，王慎骄，汤奋扬，周明浩，朱叶飞*（江苏省疾病预防控制中心急性传染病防制所，江苏南京21009）[摘要]目的:了解江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型(CA16)分离株VP1区基因特征。方法:选取江苏省2012年14株CA16病毒分离株,用1对特异性引物进行VP1区核苷酸序列扩增，对扩增产物进行测序，利用生物信息学软件对序列进行分析，结果与CA16参考株序列进行同源性比较并构建基因进化树。结果:14株CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5%~100%和98.7%~100%，与国际C

2、A16标准株G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5%~76.7%和91.6%~92.3%。江苏省2012年的CA16分离株全部属于B1基因亚型，同时包含B1a和B1b两条进化分支。结论:江苏省2012年有CA16病毒的B1a与B1b两种进化分支共同存在与循环，且呈现以B1b基因亚型为优势型别、B1a基因亚型为辅助型别的传播模式；无论是优势型别还是辅助型别，均各自呈现密切的亲缘关系。[关键词]手足口病；柯萨奇病毒A组16型；VP1基因；基因型[中图分类号]R373.2[文献标识码]AAnalysisongeneticcharacterofCoxsackievirusA

3、16strainsisolatedinJiangsuProvincein2012SHANJun,GIHong,BAOLin,FUJian-guang,WANGShen-jiao,TANGFen-yang,ZHOUMing-hao,ZHUYe-fei*(DepartmentofAcuteInfectiousDiseaseControlandPrevention,JiangsuProvincialCenterforDiseasePreventionandControl,Nanjing210009,China）[Abstract]Objective:Toanalyzetheg

4、eneticcharacteristicofCoxsackievirusA16(CA16)strainsisolatedfromJiangsuProvincein2012.Methods:14CA16strainsisolatedfromthesamplesofhand-foot-mouthdisease(HFMD)patientswereselectedtoconductVP1geneamplificationusingspecificprimers,andthensequenced.Thehomologyandphylogeneticanalyseswerecond

5、uctedbetweenthe14isolatesandotherCA16strainsdownloadedfromGenbank,basedonthesequenceofVP1gene.Results:ThesequenceanalysisshowedthatthehomogeneityofthenucleotideandaminoacidofVP1genewere90.5%~100%and98.7%~100%,respectivelyamong14isolatedCA16strains.ThenucleotideandaminoacidhomologiesofVP1

6、genewere75.5%~76.7%and91.6%~92.3%,respectivelyamongtheprototype(G10)andJiangsuCA16strains.Allofthe14CA16isolatedstrainsfellwithingenogroupBandtheyweredividedinto2branches:B1aandB1b.Conclusions:ThetransmissionmodewasshowedtobeonedominantsubgenotypeofB1bandonesecondarysubgenotypeofB1aco-ci

7、rculatedtogether.Bothtwosubgenotypesshowedclosephylogeneticrelationshipintheirownsubgenotyperespectively.[KeyWords]Hand-foot-mouthdisease;CoxackievirusA16;VP1gene;Genotype[基金项目]江苏省临床医学中心（高技术平台）(ZX201109)*通讯作者，E-mail：jszyf@jscdc.cn；单军和嵇红为并列一作手足口病（hand-foot-mouthdisease，HFM