柯萨奇b组病毒的race扩增与序列分析

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1、http://www.paper.edu.cn中国地方病学杂志2005年3月20日第鲞箜塑hj』!丛型2Q2，12，．·l6l··实验研究·柯萨奇B组病毒的RACE扩增与序列分析李小光张凤民马培林陈小贝杨爱英【摘要】目的探讨3’RACE(rapidamplificationofcDNAends)技术检测柯萨奇B组病毒(CVB)的可行性，并建立相应的实验检测方法。方法首先自行设计柯萨奇B组病毒6个型别病毒基因组的一条通用引物spl；然后从柯萨奇病毒(CVBl～CVB6)感染的Hela细胞，提取总RNA，用引物spl结合OligodT进行3RA

2、CE扩增，将产物克隆到pGEM—T载体上，挑取阳性菌落进行序列测定，与标准株进行同源性比对。结果获得了柯萨奇B组病毒6个型别的3末端扩增产物及其核苷酸序列，同源性分析的结果显示扩增毒株与标准株之间的核苷酸同源性在95％～99％之间，氨基酸同源性在98％～100％之间。结论设计的引物“sDl”是柯萨奇B组病毒6个型别病毒基因组的一条通用引物；该引物结合OligodT进行的3RACE扩增可用于柯萨奇B组病毒的检测。【关键词】柯萨奇病毒B组；cDNA末端快速扩增；序列分析中图分类号：Q939．47文献标识码：A文章编号：10o0—4955(200

3、5)02—0161—03Amplificationof3cDNAendofcoxsackievirusBbyRACEanditssequenceanalysisLIXiao—guang，ZHAGNFeng-min，MAPei—lin，CHENXiao—bei，YANGAi-ying．DepartmentofMicrobiology，HarbinMedico]University，Harbin150086，China【Abstract]ObjectiveToevaluatethepossibilitytodetectthecoxsackiev

4、irusB(CVB)by3RACE(rapidamplificationofcDNAends)，andtoconstructacorrespondingexperimentmethodtodetectCVB．MethodsUsing3RACEmethod，thespecialfragmentsofthe3endofCVBwereamplifiedfromthetotalRNAextractedfromtheHelacellinfectedbyCVB1～CVB6separatelyandthepositiveproductswereclone

5、dintopGEM．Tvectorandthensequenced，followedbycomparisonwiththestandardstrains．ResultsThespecialfragmentandthe．sequenceofthe3endofCVB1～CVB6wasobtained，thehomogeneityofnucleotideandaminoacidoftheDositiveclonestothatthestandardstrainswere95％～99％and98％～100％，respectively．Conclus

6、ionsTheDrimersp1iSprovedtobeacurrentprimerofCVB；andthemethodof3RACEdetectingtheCVBhasbeenconstructed．【Keywords】CoxsackievirusB；RapidamplificationofeDNAends：SequenceanalysisCLCnumber：Q939．47Documentcode：AArticleID：10004955(2005)02—0161-03柯萨奇病毒(Coxsackievirus)属于小RNA病毒3RACE扩增

7、，及序列分析，结果报告如下。科，肠道病毒属，柯萨奇病毒分A、B两组。其中B1材料和方法组有6个血清型，基因组含有一单正链RNA，全长1．1细胞和病毒：HeLa细胞用含10％FCS的16407389～7402bp，其3末端有PolyA。目前，有关该培养液常规培养；柯萨奇B组病毒(CVB1～CVB6)病毒与相关疾病，特别是克山病、心肌炎和心肌病为哈尔滨医科大学微生物学教研室保存毒株之间的关系，已经获得了一定的研究成果ll1。RACE1．2主要试剂：pGEM—T载体购自promega公司，技术是针对病毒的含polyA的mRNA进行扩增，AMV逆转

8、录酶和TaqDNA聚合酶购自TaKaRa公能提高检测的准确率有助于排除DNA污染所造成司。的假象。本实验以柯萨奇B组病毒6个型别为研究1．3病毒接种及总RNA的提取：常规培养He