3株肠道病毒71型毒株的全基因组序列分析

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1、生物822LETTERSINBIQ!垦丝遗Q：：兰：：!：!：：：：：：研究报告doi：10，3969~．issn．1009-0002．2013．06．0163株肠道病毒71型毒株的全基因组序列分析刘颖，樊红艳，赵兴卉，张晓鹏，于蕊，吴诗坡，张哲，付玲，侯利华军事医学科学院生物工程研究所，北京100071[摘要]目的：对获得的3株肠道病毒71(EV71)型毒株进行全基因组序列测定，并对其进化特点及分型进行初步分析。方法：提取病毒RNA，反转录得到cDNA，PCR分段扩增覆盖病毒全长序列的6个重叠片段(不包括多聚腺苷酸尾)：用软件将3株EV71的备片段序列进行拼接、编辑

2、和校正，随后进行氨基酸翻译及序列比较；用MEGA4．1软件构建系统进化树。结果：获得了3株EV71的全长序列：GDV103株基因组全长7404nt，包括741bp的5端非编码区(UTR)、6582bD的病毒基因组编码区(err)及81bp的3"UTR；安徽株(Anhui2007)基因组全长7405nt，包括742bp的5"UTR、6582bp的ORF及8lbp的3"UTR；VR1432株基因组全长7408nt，包括743bp的5"UTR、6582bp的eRr及83bp的3"UTR长。经同源性比对和进化树分析，证实GDV103和安徽株EV71属于C基因型的C4基因亚型，

3、而VR1432株则属于C基因型的C2基因亚型。结论：获得了3株EV71的全长基因组序列，并进一步探讨了其型别，为下一步的干扰素保护实验奠定了基础。[关键词]肠道病毒71型；全基因组；序列分析[中图分类号】Q78[文献标识码】A[文章编号]1009—0002(2013)06—0822—03CompleteGenomicAnalysisofThreeEnterovirus71StrainsLIUYing，FANHong-Yan，ZHAOXing—Hui，ZHANGXiao—Peng，YURui，UShi—Po，ZHANGZhe，FULing，HOULi-HuaBeijin

4、gInstituteofBiotechnology，Beijing100071，ChinaCorrespondingauthor．E-mail：houlihua@sina．coll[Abstract]Objective：Toanalyzethecompletegenomesofthreeenterovirus71(EV71)strainsandtheirsub-gen—otype．Methods：Sixoverlappingfragmentscoveringtherespectivewholeviralgenome(excludingthepolyAtail)were

5、amplifiedbyRT-PCR．ThesixDNAfragmentsequenceswerespliced，editedandrevised~llowedbytransla—tionandsequencecomparison．ThephylogenetictreewasbuiltusingtheMEGA4．1software．Results：Thefullge—nomiclengthofGDV103(7404bp)wascomprisedof5"UTR(741bp)．theopenreadingframe(ORF)6582bpand3"UTR81bp．Theful

6、lgenomiclengthofAnhui2007strain(7405bp)WHScomprisedof5"UTR(742bp)．theORF(6582bp)and3"UTR(81bp1．ThefullgenomiclengthofVR1432(7408bp)wascomprisedof5"UTR(743bp)．theeRr(6582bp)and3"UTR(83bp)．ThephylogeneticanalysisbasedonthecompletesequencesshowedthatGDV103andAnhuistrainwereclassifiedintoC4

7、sub—genotypeandVR1432intoC2sub—genotype．Conclu-sion：ThreecompletegenomesofEV71strainswereobtainedandthegenotypewasexplored，whichwillfacilitatethenextinterferonprotectionexperiments．[Keywords]enterovirus7l；completegenome；sequenceanalysis肠道病毒7l型(enterovirus71，EV71)是小核糖亚州一例神经系统疾病患