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1、中国农学通报2010,26(14):8-12ChineseAgriculturalScienceBulletin3株鸭肝炎病毒1型全基因序列分析1,21,21,21,21,2杨维星，施少华，陈红梅，万春和，程龙飞，11131傅光华，林芳，林建生，苏敬良，黄瑜（1福建省农科院畜牧兽医研究所，福州350013；2福建省畜禽疫病防治工程技术研究中心，福州350013；3中国农业大学动物医学院，北京100094）摘要：为分析3株1型鸭肝炎病毒（DHV）的遗传变异和进化关系；采用RT-PCR和5'-/3'-RACE.方法测
2、定3株1型鸭肝炎病毒全基因序列；研究结果表明，不含poly（A）尾巴的3株病毒的基因组全长为7691~7700nt，基因组均仅含一个长度为6750nt的ORF，625~627nt5'端非翻译区和325~328nt3'端非翻译区(UTR)。将3株病毒株与GeneBank公布的其他DHV-1全基因序列及小RNA病毒科的其他属代表病毒株进行序列分析表明，聚蛋白均被分割成为12个蛋白，其中VP1的变异性最大，180~187位为高变区。3株病毒与DHV-1参考毒株核苷酸序列同源性在93.7%~98.8%，氨基酸序列同源性在
3、96.9%~98.8%，DHV-1各株在小RNA科病毒多聚蛋白氨基酸序列进化树上形成一个独立的进化分支；DHVs-1病毒间核苷酸和氨基酸仍较保守，它们在进化中可将其归为小RNA病毒科的一个新属。关键词：鸭肝炎病毒1型；基因组；序列分析中图分类号：S852.65+9.6文献标志码：A论文编号：2010-0256GenomicSequenceAnalysisofThreeStrainsofDuckHepatitisVirusType11,21,21,21,21,2YangWeixing,ShiShaohua,Chen
4、Hongmei，WanChunhe,ChengLongfei,1,21131FuGuanghua,LinFang,LinJiansheng,SuJingliang,HuangYu（1InstituteofAnimalHusbandryandVeterinaryMedicine,FujianAcademyofAgriculturalSciences,Fuzhou350013;2FujianAnimalDiseasesControlTechologyDevelopmentCenter,Fuzhou350013;3Co
5、llegeofVeterinaryMedicine,ChinaAgriculturalUniversity,Beijing100094)Abstract:Thisexperimentwasconductedtostudythegeneticvariationsandphylogeneticanalysisofthreestrainsofduckhepatitisvirustype1(DHV-1);ThecompletesequencesofthreeDHVs-1(FZ86,FZ99andFZ05)wereacqu
6、iredbyRT-PCRand5'-/3'-RACE;Theresultsshowedthatthefullgenomiclengthofthreestrainsviruswere7691-7700ntwithoutpoly(A)tail,including625-627nt5’UTR,followedbyalongopenreadingframe(ORF)of6750ntand325-328nt3’UTR.ThenucleotidesequencesanalysisofthreeDHV-1strainsandt
7、hecitedDHV-1isolatesshowedthattheirpolyproteinscanbecleavedinto12proteins.Inthe12polyproteins,theVP1polyproteinhadlargevariationofaa180-187.ThehomologiesofthreeDHVs-1andotherDHVs-1werewithin93.7%-98.8%,whiletheaminoacidhomologywere96.9%-98.8%.TheDHV-1strainsc
8、lusteredtogetherandformedaseparatedsublingewithothernumbersofthefamilyPicornaviridae;DHVs-1areconservedonnucleotideandamimoacid,andbelongtoanewgenusinthefamilyPicornaviridae.Keywords:duck
