猪基因组信息资源的整合与利用

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1、猪基因组信息资源的整合与利用亓小红吴克亮（天津农学院，天津300384）摘要猪基因组图谱已得到极大发展，猪基因组计划已启动并在实施之中。利用QTL扫描、候选基因分析、基因阵列分析、生物信息学、比较基因组学等工具，已经发现了很多影响猪主要经济性状的基因或基因标记。利用标记辅助选择，结合基因标记和常规生产性能信息，可以极大地改进养猪业重要的经济性状。本文对猪的基因组学、生长速度、瘦肉率、饲料吸收，肌肉品质、窝产仔数及疾病抗性等主要经济性状的研究进展及标记辅助选择在猪生产中的应用进行综述。关键词：猪基因组，经济性状，QTL，候选基因，MASPigGenomicI

2、nformationandIt’sApplicationQIXiao-hong(TianjinAgriculturalCollege,Tianjin300384,China)AbstractThepiggeneticlinkagemapandthephysicalgeneticmaparegrowingrapidly.Thepiggenomeprojecthasbeeninitiatedandfurthersequencingisnowbeingconsidered.Usingtoolsthatincludequantitativetraitloci(QT

3、L)scans,candidategeneanalyses,genearrays,bioinformatics,comparativegenomicsanumberofimportantchromosomalregionsandindividualgenesassociatedwithgrowthrate,leanness,feedintake,meatquality,littersizeanddiseaseresistancehavebeenidentified.Usingmarker-assistedselection(MAS)thecommercia

4、lpigindustryisactivelyincorporatingthesegenemarkersandtraditionalperformanceinformationtoimprovetraitsofeconomicimportanceinpigproduction.Advancesinpiggenomeandmajortraitsandapplicationofmark-assistedselectioninpigproductionarereviewed.Keywords:piggenomicinformation;pigeconomictra

5、its;QTL，candidategenes,MAS猪是人类最早驯化的家畜之一，作为世界的一个重要畜种，在地球上的分布很广。世界范围内的猪肉消费量占红肉消费量的43%。在我国肉类消费中，猪肉所占比例更高。除了提供肉类食品外，也是研究人类疾病理想的实验动物模型和人类器官移植的供体。众所周知，在群体遗传学和数量遗传学理论的指导下，以BLUP为代表的育种方法依据生产性状的表型和系谱记录的成绩，对个体的育种值进行估计，通过选择和杂交极大的提高了猪的生产效率和产品质量。但有些性状，如遗传力较低，表型测量困难、成本高，或生命后期才表现的性状，或有些性状还没有找到指示性

6、状，应用常规选择难以进行。利用基因组学信息，不但能改进这些性状，并能揭开“黑箱”中的秘密。本文对猪的基因组学研究进展及标记辅助选择在猪生产中的应用进行综述。基金项目：天津农学院科学研究发展基金计划（20030019）作者简介：亓小红（1973-），男，博士，研究方向：动物分子遗传。联系电话：13642129471。电子信箱：xiaohongqi@eyou.com51.猪基因组信息资源1.1基因图谱20世纪90年代中期发表了两个著名的连锁图谱[1][2]。目前，一些新的基因标记如微卫星、AFLP、SNP等不断的得到鉴别和定位，出现了一些组合图谱。最大的单标记

7、图谱包括1200个标记[2]，最近大量的其他标记加到该图谱上，总计约1000个基因，1800个标记。AFLP标记图谱正在发展，并加入连锁图谱中。目前，连锁图谱已超过5000个标记。随着染色体染色技术的应用，体细胞杂交、放射杂交与连锁分析相结合，物理图谱也得到很大发展[3]。放射杂交图谱目前已有4000多个标记，包括大量微卫星，EST标记。并且这些标记大多与人类同源，可用于比较图谱分析，这将加快基因的鉴别速度（不论是通过QTL分析还是通过候选基因分析得到的基因）。信息数据库如PIGBASE、猪细胞图谱、放射图谱、比较图谱、猪EST数据库等为猪基因组研究提供了

8、便利。1.2QTL和候选基因猪肉作为人类的主要红肉消费品，对育种工