dna序列分析用于常见致病真菌鉴定和分型

《dna序列分析用于常见致病真菌鉴定和分型》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、·316·中国真菌学杂志2011年10月第6卷第5期ChinJMycol，October2011，Vol6，No．5·综述·DNA序列分析用于常见致病真菌鉴定和分型111，2赵正娟田伟赵敬军(1．福建医科大学协和临床医学院皮肤科，福州350001;2．同济大学附属同济医院，上海200065)【摘要】随着真菌感染的增多，仅用表型方法鉴定环境中或临床上的致病真菌不足以快速准确地诊断真菌感染疾病，近年来，分子生物学方法因快速、准确而逐步得到应用，其中DNA序列分析已成为鉴定致病真菌到种水平的重要方法。现就DNA序列分析在常见致病真菌分类鉴定及基因分型的应用加以综述。【关键词】DNA序列分析;致病真

2、菌;鉴定【中图分类号】R379【文献标识码】A【文章编号】1673-3827(2011)05-0316-05DNAsequenceanalysisinidentificationandclassificationofpathogenicfungiZHAOZheng-juan，TIANwei，ZHAOJing-jun(DepartmentofDermatology，FujianUnionHospital，Fuzhou350001，China)【Abstract】Withtheincreasingincidenceoffungalinfections，molecularbiologicalmet

3、hodswithquicknessandaccuracyaresu-periortophenotypicmethodsindiagnosis，inwhichDNAsequenceanalysishastheabilitytoidentifythepathogenicfungitospecies．ApplicationsofDNAsequenceanalysisinfungalidentificationandclassificationwerereviewedinthisarticle．【Keywords】DNAsequenceanalysis;pathogenicfungi;identif

4、ication［ChinJMycol，2011，6(5):316-320］近年来，随着医疗水平的提高，器官移植、骨髓大量的性状可以直接观察到，如碱基的变化与颠移植等侵入性治疗增多，临床免疫抑制剂、糖皮质换，不活动性与有选择性，核苷酸的变化趋势，这些激素使用增加，人群免疫力降低，导致真菌感染机变化在物种系统发育分析时都可以以不同的方式会增加。传统的菌种鉴定方法(如分泌物直接镜表现出来，公开发表的序列都可以直接用来进行比检、培养、生理生化方法)费时费力(真菌生长速度较和分析。在2d～3周不等)，存在阳性率低和需要专业人员1DNA序列分析的应用操作等局限性。而侵袭性真菌病病死率较高，病情发展迅速，

5、为了快速准确地诊断疾病，做到早诊断、DNA序列分析对于了解真菌的基因结构、表早治疗、降低死亡率，分子生物学方法开始用于菌达及分子进化关系等具有十分重要的意义。序列种鉴定。这些方法包括:限制性片段长度多态性测定是对致病真菌分类鉴别的重要手段。目前应(PCR-RFLP)、扩增片段长度多态性分析(AFLP)、用较多的为18SrRNA基因大亚基的D1-D2区、基单链构象多态性(SSCP)、随机扩增多态性DNA分因内间隔区IGS(intergenicspacer)、内转录间隔区析(RAPD)、末端片段长度多态性分析(tFLP)、脉ITS(internaltranscribedspacer)、蛋白编码区

6、和一冲凝胶电泳法(PFGE)、DNA序列分析及多位点序些管家基因。其中ITS区最为常用。主要原因包列分型(MLST)等。DNA序列分析方法用于研究括:核糖体上的5．8S、18S和28SrRNA基因有极生物分类和进化，可以克服DNA指纹法的局限性。大的保守性，即存在着广泛的异种同源性。而由于ITS区不加入成熟核糖体，所以ITS片段在进化过作者简介:赵正娟，女(汉族)，硕士研究生在读．E-mail:程中承受的自然选择压力非常小，因此能容忍更多xiaojuan0726@163．com通讯作者:赵敬军，E-mail:zhaomyco@163．com的变异。在绝大多数的真核生物中表现出了极为中国真菌学

7、杂志2011年10月第6卷第5期ChinJMycol，October2011，Vol6，No．5·317·广泛的序列多态性，即使是亲缘关系非常接近的2MLST和Ca3特异性探针对白念珠菌分型分辨力个种都能在ITS序列上表现出差异，显示最近的进的高低，MLST应用7个管家基因CaAAT1a、化特征。ITS1和ITS2是中度保守区域，其保守性CaACC1、CaADP1、CaPMI、Ca-SYA1、CaVPS13、