陆地棉ssr标记遗传多样性及其与农艺性状的关联分析

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1、棉花学报CottonScience2014袁26渊5冤院420~430陆地棉SSR标记遗传多样性及其与农艺性状的关联分析*郭志军袁赵云雷袁陈伟袁李运海袁王红梅袁龚海燕袁桑晓慧渊中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室袁河南安阳455000冤摘要院分析陆地棉栽培种遗传多样性袁通过关联分析寻找与棉花农艺性状相关联的分子标记袁为分子标记辅助选择育种和提高棉花育种效率奠定基础遥本文采用74个Simplesequencerepeat(SSR)标记对172份陆地棉栽培种的基因组变异进行扫描袁使用NTSYS-pc2.20进行聚类袁分析该群体遗传多样性

2、曰利用Structure2.3.4软件分析群体结构袁在此基础上结合田间表型数据袁采用Tassel2.1的一般线性模型渊Generallinearmodel袁GLM冤进行关联分析袁定位与农艺性状相关的QTLs遥74个标记共检测到148个多态性位点袁涉及246个等位变异袁变异范围2～7个袁平均等位变异数为3.32曰引物的多态性信息含量渊PIC冤为0.0281～0.3733袁平均值为0.2370曰遗传相似系数变异在0.2816～1袁平均值为0.5369袁平均遗传相似系数为0.5369袁表明我国陆地棉遗传基础狭窄袁尽管国外及西北内陆棉区部分材料具有较丰富

3、的遗传变异遥聚类分析将该群体划分为12个亚群袁不同棉区的材料交叉分布袁且聚类结果基本与系谱吻合遥群体结构分析却将172份供试材料划分为3个亚群曰通过关联分析袁发现30个位点与铃重尧衣分尧黄萎病抗性显著相关渊＜0.05冤袁各位点对表型变异贡献率为2.24%～5.27%遥关键词院陆地棉曰关联分析曰SSR曰遗传多样性曰群体结构中图分类号院S562.035文献标志码院A文章编号院1002-7807渊2014冤05-0420-11*GuoZhijun,ZhaoYunlei,ChenWei,LiYunhai,WangHongmei,GongHaiyan,Sa

4、ngXiaohui(455000,)Toprovideageneticbasisformolecular-assistedbreedingandtoimprovetheefficiencyofbreeding,simplesequencerepeat(SSR)markersassociatedwithagronomictraitswerescreenedandthegeneticdiversityofcultivateduplandcottonwasanalyzed.In172uplandcottoncultivars,74SSRmarkersw

5、ereassayedforpolymorphism,andclusteranalysiswasperformedonthegeneticsimilaritymatrixusingNTSYS-pc2.20softwaretoascertainthediversity.Basedontheanalysisofpopulationstructure,anassociationanalysisbetweenSSRmarkersandthreeagronomictraitswereperformedusingtheTassel2.1GLM(generall

6、inearmodel)program.The74SSRmarkersincluded246allelesbelongto148loci袁withanaverageof3.32allelesperSSRmarker(range,2-7).Theaveragepolymorphicinformationcontent(PIC)forpermarkerwas0.2730(range,0.0281-0.3733),andthemeangeneticsimilaritywas0.5369(range,0.2816-1).Thisrevealedlowlev

7、elsofuplandcottongeneticdiversityinChina,althoughsomeoverseavarietiesandsomevarietiesofthenorthwestinlandcottonshowedabundantgeneticvariation.Clusteranalysisshowedthatalltheaccessionscouldbedividedinto12subgroups,whichwasinagreementwiththepedigreebutnotwiththeorigin.Structure

8、analysisindicatedthatthe172lineswereassignedtothreesubstructures.Oft