农作物种质资源本体构建研究

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1、作物学报ACTAAGRONOMICASINICA2016,42(3):407414http://zwxb.chinacrops.org/ISSN0496-3490;CODENTSHPA9E-mail:xbzw@chinajournal.net.cnDOI:10.3724/SP.J.1006.2016.00407农作物种质资源本体构建研究1,2131,*陈丽娜方沩司海平曹永生123中国农业科学院作物科学研究所,北京100081;商丘师范学院计算机与信息技术学院,河南商丘476000;河南农业大学信息与管理科学学院,河南郑州450002摘要:本体是一种能够

2、有效提高农作物种质资源整合、共享和利用效率的组织方式。在分析传统本体构建方法的基础上,结合中国农作物种质资源自身的特点,提出结构化数据与非结构化数据相结合的半自动化本体构建方法。该方法首先基于面向对象的思想从关系数据库中抽取概念及其关系建立初始本体;然后从非结构化的网站数据中提取概念,并利用在线字典WordNet和网络百科全书Wikipedia丰富概念的语义,完善初始本体。使用本体构建工具Protégé构建了农作物种质资源本体模型。实验表明,该方法既充分利用了数据库中的资源,又考虑了非结构化数据的补充作用,减少了构建成本,本体更加完善。探讨了本体进化的途

3、径,指出了本研究的优点和局限性。关键词:农作物种质资源;本体;结构化数据;非结构化数据OntologyConstructionofCropGermplasmResources1,2131,*CHENLi-Na,FANGWei,SIHai-Ping,andCAOYong-Sheng12InstituteofCropScience,ChineseAcademyofAgriculturalSciences,Beijing100081,China;DepartmentofComputerandInformationTechno-3logy,ShangqiuNor

4、malCollege,Shangqiu476000,China;CollegeofInformationandManagementScience,HenanAgriculturalUniversity,Zheng-zhou450002,ChinaAbstract:Ontologyisanefficientorganizationforimprovingintegration,sharinganduseefficiencyofcropgermplasmresources.Onthebasisofanalyzingtraditionalontologycon

5、structionmethodsandcharacteristicsofnationalcropgermplasmresources,asemi-automatedontologyconstructionmethodcombiningstructureddataandunstructureddatawasproposed.Themethodestab-lishedinitialontologybyextractingconceptsandtheirrelationshipfromrelationaldatabasebasedonobject-orient

6、edapproach,then,extractedconceptsfromunstructuredwebdata,andenrichedthesemanticoftheseconceptsusingonlinedictionariessuchasWordNetandonlineencyclopediaWikipedia,soastoimprovetheinitialontology.CropgermplasmresourcesontologymodelwasconstructedusingProtégé,anontologyconstructiontoo

7、l.Theexperimentalresultsshowedthatthemethodmadethedatabaseresourcesfullyutilized,thecomplementaryroleofunstructureddataconsidered,thecostofontologyconstructionreduced,andtheontologymoreperfected.Thepaperdiscussedontologyevolutionway,andpointedouttheadvantagesanddisadvantagesofthe

8、study.Keywords:Cropgermplasmresources;On