clustermanual惠普说明书

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1、中南大学信息科学与工程学院HP计算集群使用手册盛羽（shengyu@mail.csu.edu.cn）陈钢（chen.gang1983@gmail.com）2008年10月31日ver0.03本手册的最新版本请访问http://netlab.csu.edu.cn为了满足学院内各科研项目对高性能计算资源的要求，在湖南省和学校网络中心等部门的支持下，学院新购入惠普高计算服务器和相关存储设备（以下简称HP集群）。为了方便大家的使用，规范设备的维护和管理，请大家在使用该计算资源前仔细阅读本手册。1.集群概况高性能计算集群的软硬件环境都比传统的服务器复杂，为了便于后

2、续的介绍，先在此对HP集群的软硬件基本情况做大致介绍。1.1.硬件配置HP集群的管理节点和计算节点的基本硬件配置如下表所示：节点类型型号处理器内存管理节点HPProLiantDL380R05IntelE5430×2DDR2-6678GB计算节点HPProLiantBL460cIntelE5430×2DDR2-6678GB图表1HP集群硬件配置在下面的介绍中16个计算节点分别简称为节点1，节点2……节点16。HP集群的存储设备配置如下：型号MSA602ULFFJBOD硬盘型号HP750GB3GSATA7.2K3.5”MDLHDD硬盘数量7RAID配置RAI

3、D5+1可用空间3.75TB图表2HP集群存储设备配置存储系统分为划分为两个分区，作为NFS挂载在Linux节点的/data和/scratch目录下。如有需要可以向管理员申请权限。1.1.软件配置节点1至节点4的操作系统为WindowsServer200864bit，节点5至节点16的操作系统为RHEL5.2x86_64。RHEL5.2中已经安装有GCC、JDK等基本的编译和开发工具，以及R、Matlab2008a、NS2等常用软件，并能提供MPI、OpenMP等并行计算环境。系统中的软件会根据用户实际需求逐步添加，若有特殊需求请联系管理员。1.2.网络

4、拓扑HP集群的网络拓扑结构如下：202.197.66.227202.197.66.220202.197.66.221202.197.66.222202.197.66.228192.168.0.122192.168.0.1-16Windows节点图表3HP集群网络拓扑图对Linux节点（即节点5至节点16）的访问只能经过管理节点。Windows节点（即节点1至节点4）的访问可以直接使用远程桌面访问。节点访问和登录的具体过程稍后详述。2.集群帐号申请在使用本集群值钱需要向管理员申请帐号，获得相应权限后方可使用。本集群的帐号仅供教师申请，教师帐号可以分配给所辅

5、导的学生使用。申请帐号请如实填写下面这份表格（双击打开后填写），经导师签字后交到计算机楼302盛羽老师处。1.集群基本使用集群的使用与普通的服务器并没有本质差别。现在本集群中Linux节点的访问主要通过SSH，Windows节点的访问方式为远程桌面。鉴于Windows在科学计算中使用较少，并且一般读者都对Windows比较熟悉，所以本章以介绍Linux为主，在章末会简要介绍Windows节点的登录。1.1.Linux节点本章将从四个方面对本集群中Linux节点的使用做基本介绍，这四个方面分别是：远程登录、文件传输、软件使用以及作业提交。为了方便用户，本章

6、会介绍相应的免费软件。相关软件可以从http://netlab.csu.edu.cn或下面介绍的地址下载。1.1.1远程登录Linux节点的登陆通过SSH协议实现，推荐使用的软件是putty。使用方法如下：1.从http://the.earth.li/~sgtatham/putty/latest/x86/putty.zip下载putty的Zip压缩包。2.解压后双击putty.exe，打开如下界面：图表4Putty设置界面在HostName(orIPaddress)一栏中填入管理节点的IP地址：202.197.66.227。端口号为缺省的22，Conne

7、ctiontype为SSH。1.点击图表4中的Open按钮，打开如下界面：图表5Putty登录界面输入管理员分配的用户名，回车。然后输入密码。注意，在输入密码时屏幕不会有任何显示，输入完后直接回车即可。如果用户名和密码输入正确，会看到如下界面：图表6Putty成功登录界面1.接下来是登录到各个计算节点。假设现在登录到节点6。命令如下图中所示：图表7成功登录计算节点然后输入密码，同样也不会有回显。登陆完成后即可开始输入Linux的命令。1.1.1文件传输客户端与服务器之间的文件上传和下载通过SFTP实现。推荐使用的客户端是FileZilla。下面介绍一般的

8、使用方法。1.从http://filezilla-project.org/下载F