ltq xl在蛋白质组研究中必要性

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1、目前做蛋白质及蛋白质组学研究主要有两条路线：1）基于ESI-LTQ离子阱技术的液质联用技术路线；2）MALDI-TOF-TOF技术路线。MALDI-TOF-TOF，MatriXAssistedLaserDesorptionIonization（MALDI），中文一般译为基质辅助激光解吸附质谱技术，其基本原理是将分析物分散在基质分子中并形成晶体，当用激光照射晶体时，由于基质分子经辐射所吸收的能量，导致能量蓄积并迅速产热，从而使基质晶体升华，致使基质和分析物膨胀并进入气相。MALDI产生的离子常用飞行时间检测器（Time-of-Flight,TOF）来检

2、测质量数，因此合称MALDI-TOF或MALDI-TOF/TOF。MALDI-TOF-TOF做蛋白质组学研究具有以下特点：1）适合消化后肽段的鉴定，一般会让肽段带上一个质子，对高丰度蛋白鉴定速度快。2）离子碎裂方式：CID一种。3）MALDI源离子化的能量大，会造成蛋白修饰基团丢失，不用于蛋白翻译后修饰研究。4）MALDI源只能进行样品离线处理和分析，一般只与2DE（双向电泳）离线联用，通常不能连接LC和其他分离手段。基于ESI-LTQ离子阱技术的液质联用技术路线。ESI源属于软电离方式，能使大分子蛋白或肽段生成带多电荷的离子。LTQ中文叫做二维线性

3、离子阱，二维阱的设计使得其性能较传统三维离子阱有质的飞跃：灵敏度，线性范围，扫描速度提高10倍，分辨率提高6倍。基于ESI-LTQ离子阱技术做蛋白质组学研究具有以下特点：1）ESI会让肽段或蛋白带上一个和多个质子，LTQ的1级和多级的质谱图灵敏度高，对全蛋白中低丰度和高丰度蛋白都能得到很好的鉴定，符合“组学”研究特点。2）离子碎裂方式多样：CID、PQD、ETD，可以提高蛋白鉴定率和提高鉴定可靠性。3）ESI源的软电离、带多电荷特性，可用于修饰后肽段的检测，可进行肽段和完整蛋白的检测。4）可以用于2DE-LC-ESI-LTQ，2DLC-ESI-LTQ

4、等多种联用模式，在线进样，提高效率。小麦育性相关蛋白的检测、鉴定和发现需要对小麦蛋白质组进行全面动态的研究。小麦全蛋白体系复杂，存在很多低丰度不易被鉴定到的蛋白，难以被检测。某些蛋白还会存在一些动态修饰，更难被检测。因此需要先进高灵敏的仪器来应对这些挑战。作为一个小麦蛋白质组学研究实验室，离子阱技术是基础也是必须的，是应该最先被配备的质谱仪器。主要体现在以下几个方面：1）LTQ的1级和多级的质谱图灵敏度高，特征性强，可以全面的对全蛋白中低丰度和高丰度蛋白进行鉴定，更好的进行小麦差异蛋白研究；2）LTQ能够很好的兼容目前各种蛋白分离手段，如2DE，2D

5、E-LC，2D-LC等，既能利用到2DE高效的蛋白分离能力，也能利用到LC高效的肽段分离能力，大大提高低丰度蛋白鉴定灵敏度，这是MALDI-TOF-TOF所不具备的。MALDI-TOF-TOF通常置于2DE配合使用。3）Thermo专门为蛋白质组学研究开发的ProteomeDiscoverer软件，含包括了SEQUEST,ZCore和MASCOT三大权威搜索引擎，提高蛋白鉴定的效率和可信度。并拥有强大的差异蛋白研究SIEVE软件，适合小麦育性相关蛋白的筛选和鉴定。4）目前国内外一流的蛋白组学实验室，无一例外的都是以LTQ离子阱质谱仪为必备手段，其他质

6、谱手段做后续补充，如上海生化所（8套离子阱：2套MALDI-TOF-TOF），北京蛋白质组研究中心钱小红课题组（4套离子阱：1套MALDI-TOF-TOF），医科院孙伟课题组（3套离子阱：1套MALDI-TOF-TOF），大化所（5套离子阱：1套MALDI-TOF-TOF）等等。Thermo在国内已有庞大的蛋白质组用户群，并且拥有一支经验丰富的蛋白组学应用技术支持团队（分别来自中科院上海生化所，中科院基因组所和大连化物所等）。Thermo可以帮助用户联系到国内外一流的蛋白组学研究实验室，进行后续的学术交流、培训等各种活动。