分子模拟教案—2010

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1、教案课程名称分子模拟授课题目(章、节)第一章授课教师李慎敏授课对象化学081-2授课时间9月2日教学方法讲授选用教具多媒体授课内容提要及时间分配：第一章分子模拟的概况共计2学时1.介绍分子模拟内容、发展；30分钟今天的计算化学2.介绍其当前应用50分钟纳米材料药物设计3．学时安排、考试形式和参考书目布置作业15分钟本节课重点：分子模拟的概念及其当前的应用大连大学教学重点、难点及基本要求：重点：分子模拟的概念及其应用难点：四种分子模拟方法的关系与应用领域基本要求：了解分子模拟内容了解当今分子模拟的成功案例教研室主任意见：单元教学小结（经验效果、问题、改进措施、信息反

2、馈等）：本教案以讲授一个单元(2—4学时)或一次实验（实习）为单位填写。填写要用钢笔，字迹要清晰、工整。按表项目逐一填写。教案课程名称分子模拟授课题目(章、节)第二章授课教师李慎敏授课对象化学081-2授课时间9月9日教学方法讲授选用教具多媒体授课内容提要及时间分配：第二章力场共计2学时1课前讨论10分钟你所了解微观尺度物质（主要是分子）的物理量的数学描述方法2模型与模拟10分钟3分子坐标直角坐标、内坐标、PDB坐标15分钟4力场50分钟力场的函数形式常见力场常用软件介绍5布置作业5分钟本节课重点：分子结构模型的数学描述方法和能量表述大连大学教学重点、难点及基本要

3、求：重点：分子力场的构建方法，力场的表述形式及参数难点：微观体系中原子、分子能量与力场的关系基本要求：掌握力场的构建思想了解常见力场及常用软件教研室主任意见：单元教学小结（经验效果、问题、改进措施、信息反馈等）：本教案以讲授一个单元(2—4学时)或一次实验（实习）为单位填写。填写要用钢笔，字迹要清晰、工整。按表项目逐一填写。教案课程名称分子模拟授课题目(章、节)第三章授课教师李慎敏授课对象化学081-2授课时间9月16日教学方法讲授选用教具多媒体授课内容提要及时间分配：分子力学的应用共计2学时1复习上节课的内容5分钟2讨论作业情况5分钟3分子力学应用基础20分钟1

4、)科学问题2)势能面3)Hessian矩阵4统计力学基本概念30分钟1）分布2）最可几分布3）玻尔兹曼分布下的内能和压力4）经典配分函数的求解5.分子力学的应用25分钟1）构象能2）生成焓3）模拟准备6.回顾本节课主要内容，布置本节课的作业，布置下节课的预习内容5分钟大连大学教学重点、难点及基本要求：重点：势能面、最可几分布概念问题难点：数学问题（玻尔兹曼分布下热力学公式推导）基本要求：1理解构象能的模拟过程2掌握模拟的准备条件教研室主任意见：单元教学小结（经验效果、问题、改进措施、信息反馈等）：本教案以讲授一个单元(2—4学时)或一次实验（实习）为单位填写。填写

5、要用钢笔，字迹要清晰、工整。按表项目逐一填写。教案课程名称分子模拟授课题目(章、节)第三章授课教师李慎敏授课对象化学081-2授课时间9月23日教学方法讲授选用教具多媒体授课内容提要及时间分配：分子力学应用--TINKER软件包的学习使用共计2学时1复习上节课的内容5分钟2TINKER简介30分钟1）TINKERwindows版本2）TINKER的主要功能3）TINKER的主要文件3TINKER应用实例45分钟1）Ar溶剂的模型建立及能量最要化minimize2）利用一级序列构建多肽enkephalinprotein3）晶体NaCl的模型构建及晶格优化crysta

6、lxtalmin4）1-n-丁基-3-甲基咪唑啉的结构优化振动频率分析newtonvibrate4回顾本节课主要内容，布置本节课的作业，布置下节课的预习内容5分钟作业：1.写出构建一立方盒子水分子的具体步骤（确保盒子中水的密度为1g/cm3)2.设计把一个分子的乙醇溶于水中（上述水盒子）的步骤。本次作业将在第二、三次上级实习课上实践完成。大连大学教学重点、难点及基本要求：重点：TINKER程序的分子力学应用，学会在dos模式下交互式计算的方法。难点：自定义力场参数的使用及省缺关键词的使用基本要求：学会使用minimizeNewtoncrystalprotein等主

7、要程序，理解.xyz.key文件的重要结构参数。教研室主任意见：单元教学小结（经验效果、问题、改进措施、信息反馈等）：本教案以讲授一个单元(2—4学时)或一次实验（实习）为单位填写。填写要用钢笔，字迹要清晰、工整。按表项目逐一填写。教案课程名称分子模拟授课题目(章、节)第四章授课教师李慎敏授课对象化学081-2授课时间10月9日教学方法讲授选用教具多媒体授课内容提要及时间分配：分子动力学模拟计算的原理共计2学时1复习分子力学的应用10分钟主要建模方法protein，crystal2运动方程20分钟1）牛顿方程2）拉格朗日方程3）哈密顿方程3运动方程的积分方法25分

8、钟维里方法