资源描述:
《单晶结构解析步骤》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、shelxtlopennewnamexpfmolkill$qprojselectthegooddirectionexittelp0-30plotfileenterfilenamedrawfilenameselectfile(psfile)blackandwhitecellfmolkill$qmatr1=a2=b3=cpbox515packselect(space=keep,enter=del)fmoltelpcellenterfilenamedrawfilenameselectfiletype(a=psfile)blackandwhite(enter)planexpr
2、eadfilenamefmolmplnatom1atom2.....enteranglexpreadfilenamefmolmplan(atomnumber)atom1atom2.....mplan(atomnumber)atom1atom2.....mplan(atomnumber)atom1atom2.....enterfmolkilllinkmatrpboxpackundoc**?C**?telpcellxl计算方法在ins中任何地方插入mpla虚拟平面的原子个数(例如六个原子只有四个可能共平面,即输入4),后面连续输入可能共平面的4个原子,后面在输入其他两个平
3、面外的原子。例如c1c2c3c4c5n1中,c1c2c4c5共平面mpla4c1c2c4c5c3n1txt运行xcif选择t两次回车输入文件名.txt选择def回车直到选择q理论加氢在ins中输入HFIX要加氢的原子保存ins运行XL打开RES拷贝相应的数据到ins中即可。CHEMICALDRAW选中画笔点出两个点按ESC点选择键选中画笔鼠标移动至出现小手拖动到其他角度。氢键数据的列出eqiv$1x,y,z(对称操作)htabc12o2_$1(形成氢键的两个重原子)运行XL命令在cif和1st文件中即有相关的数据对称操作的寻找XP中cell中扫描NON-B找到形成氢键
4、的两个重原子在钻石中找到相应的角例如C12-H12...O2的角度中的对称操作就是如有多个氢键请输入$1,$2....解析晶体结构的方法打开shelxtl选择new选择路径选择raw文件输入你的文件名(随便)运行xprep多个回车键输入分子式(不知道的输入可能的原子类型)输入另外一个全新的文件名(例如test,将产生test.ins文件)询问是否保存新的hkl文件输入y回车上述步骤产生test.ins选择new选择路径选择刚产生的test.hkl文件运行xs程序自动调入test.ins文件如在黑色屏幕的最下行显示re<0.3(例如0.289)则可以解出结构上述步骤产生
5、test.res文件(如您保存的res文件名为test)********运行xp自动调入test.res文件fmolproj选择好的方向,可以观察到很多原子,包含您的分子模型pick删除不是你分子模型的其他Q原子(保留:空格键;定原子:直接输入原子编号并回车去掉:回车;错误更改:回车后再back键)在闪烁的Q原子上直接输入原子类型和编号,一般新产生的环编号较小回车HADD(一般加入所有H原子)如有的氢加错误可以去掉所有氢(kill$h也可以选择性例如去掉h18(killh18)单独加氢(hadd氢所连接的非氢原子类型)类型(1:叔氢2:亚甲基3:甲基4:芳氢proj观
6、察分子包括氢是否对filetest(如您保存的ins文件名为test)exit上述步骤产生test.ins(如您保存的ins文件名为test)运行xl自动调入test.ins文件产生test.res,test.cif,test.lst文件运行xshell自动新产生的test.res文件选择edit中的去掉所有的Q运行refine选择aniso,bond,actacycle任意选择非0数值运行产生test.res,test.cif,test.lst文件打开test.cif,观察r1(<0.07)goodoffactor(接近1)max(0.001,或0.000)不行重复
7、********画图中如有的氢键不能显示在platon中有能够检测到(原因距离可能有所偏大例如O-C系统默认为3.50,如为3.52,在在platon中有能够检测到但在XP中CELL中没有连线,可以editins将cell的三个数据参数分别成以0.99(或0.98,0.97....)保存ins再画图即可。补充:产生report运行xcif运行默认的命令File......输入reportFile......[ang]输入def运行[F]时改运行[Q]是否需要运行消光吸收校正在运行XL中有一行提示在ins中加入EXTI命令mol图的大小TELP0-30