最新中科大MaterialsStudio培训教程7包你学会幻灯片.ppt

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1、中科大MaterialsStudio培训教程7包你学会内容:1.建立CO在Pd表面的吸附2.定义碎片3.运算4.显示碎片的电荷密度差1.建立CO在Pd表面的吸附本部分与前一个讲义“CO分子在Pd(110)表面的吸附”相关联，重复CO表面吸附模型的构建。(1)建立Pd晶体，结构优化；(2)构建Pd(110)表面；(3)构建并优化CoonPd(110)结构。(1)．准备项目在D或E盘中建立class5文件夹。运行MS，在class5中建立名为Pd_CO的Project。21543为便于管理项目，我们先在项目中准备三个子文件夹。在ProjectExplorer的根图标Pd

2、_CO上右键单击，选择New/Folder。再重复此操作二次。在NewFolder上右键单击，选择Rename，键入Pdbulk。在其它的文件上重复此操作过程，把它们依次更名为Pd(110)和(1x1)COonPd(110)。(2)建立Pd晶体，结构优化MaterialsStudio所提供的结构库中包含有Pd的晶体结构。在ProjectExplorer中，右键单击Pdbulk文件夹并且选择Import....，从Structures/metals/pure-metals中导入Pd.msi。1234在左侧的Properties中选择Lattice3D，从中可以看到优化

3、后的晶格参数大约为3.95Å，其而其实验值为3.89Å。File/SaveProject保存项目Window/Closeall关闭工作窗口(3)构建Pd(110)表面本部分需要使用来自Pdbulk部分的优化后的Pd结构。打开Pdbulk/PdCASTEPGeomOpt文件夹里的Pd.xsd。创建一个表面是一个两步过程。首先是要切出一个表面，其次就是创建一个包含了表面的真空层。从菜单栏里选择Build

4、Surfaces/CleaveSurface。把Cleaveplane(hkl)从(-100)改为(110)，按下TAB键。把FractionalThickness提高

5、至1.5。按下Cleave按钮，关闭此对话框。一个新的3D模型文件打开了，它包含了一个二维周期性表面。然而，CASTEP需要的是一个3D周期性系统当作输入文件。这可以通过使用VacuumSlab工具得到。选择Build/Crystals/VacuumSlab。把Vacuumthickness的值从10.00改为8.00，注意C轴的方向，按下Build按钮。注意真空层的方向在oc真空层结构由2D变为3D，并且一个真空层被加到原子的上方。旋转此3D图，注意OA、OB、OC的方向与X、Y、Z三个坐标轴不同。真空层沿OC方向。OABC这样调整了方向，oc沿z轴方向。右击3D

6、模型，选择LatticeParameters，选择Advanced标签，按下Reorienttostandard按钮，关闭此对话框。旋转改变晶格显示方式，转动结构使得z-轴在竖直方向。右击3D文件，选择DisplayStyle。选择Lattice标签。在Displaystyle部分，把Style由Default改为Original。关闭对话框，3D结构改变如下：Z坐标有最大值的的Pd原子被称为Pd最上层。在弛豫表面之前，必须把Pd内部的原子固定住，因为现在只需要弛豫Pa的表面。按下SHIFT键，选中除了最上层的Pd原子之外的所有Pd原子。选择菜单条中的Modify/

7、Constraints。勾选上Fixfractionalposition，关闭此对话框。Pd体内的原子被固定住，可以通过改变显示颜色查看被限制了的Pd原子。在3D模型文件内，点击取消选择原子。右击文件，选择DisplayStyle。在Atom标签栏上的Coloring区域，把颜色选项改为Constraint。现在这个3D模型文件如下所示：把颜色选项改回Element，关闭此对话框。这个结构是优化CO分子在Pd(110)表面吸附的起始模型。选择工具条中的File

8、SaveAs...。浏览到(1x1)COonPd(110)文件夹，把文件名改为(1x1)COonPd(11

9、0)，按下Save按钮。选择File

10、SaveProject，然后thenWindow

11、CloseAll。(4).把CO分子添加到1x1Pd(110)表面并优化此结构现在的工作对象是(1x1)CoonPd(110)文件夹内的结构。在ProjectExplorer内，打开(1x1)COonPd(110)文件夹内的(1x1)COonPd(110).xsd文件。现在把CO分子添加到短桥键位置的上方。上一讲已根据实验事实来确定了键的长度，这里直接使用已有的结构数据。选择菜单栏里的Build/AddAtoms，选择Option标签。确认坐标系统是Fractional。选择