分子生物学相关数据库.doc

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1、分子生物学相关数据库Entrez由NCBI开发的一个数据库检索系统，它综合了下述各大数据库的信息，包括核酸、蛋白以及Medline文摘数据库，在这三个数据库中建立了非常完善的联系。因此，可以从一个序列查询到蛋白产物以及相关的结构、功能和文献信息，详见NCBI(美国国立生物技术信息中心)简介。EBI欧洲生物信息学研究所(EuropeanBioinformaticsInstitute,EBI)是EMBL的分部，位于英国Hinxton的WellcomeTrustGenomeCampus。EBI维护和发布的数据库：ü      

2、   EMBL核酸数据库、欧洲原始核酸数据资源库ü         SwissProt蛋白质序列数据库[与瑞士生物信息学协会(SwissInstituteforBioinformatics,SIB)的AmosBairroch合作]ü         TrEMBL(SwissProt的附属数据库，由EMBL数据库编码序列翻译而来的蛋白质序列数据库)ü         分子结构数据库(MolecularStructureDatabase,MSD)[与Brookhaven国家实验室(纽约)的蛋白质三维结构数据库(Protein

3、DataBank,PDB)合作]ü         放射杂交数据库(RadiationHybriddatabase,RHdb)ü         其他组织合作产生的分子生物学数据库：EBI还提供网络服务，通过互联网、其WEB界面和FTP服务器可以访问最新收集到的数据，同时也提供数据库和序列相似性的搜索工具。 核酸数据库：GenBankGenBank是NIH的基因序列数据库，由美国国立卫生研究院全国生物技术信息中心（NCBI）建立并维护，是所有公开的DNA序列的集合(NucleicAcidsResearch1998Jan1

4、;26(1):1-7)，GenBank包含所有已知的核苷酸及蛋白质序列、以及与之相关的生物学信息和参考文献，是世界上的权威序列数据库。GenBank每条数据包含对序列的精确描述，序列来源生物的科学名称及树状分类，以及特征数据栏，提供序列的蛋白编码区和具有特殊生物学意义的位点，如转录单位(transcriptionunits)、突变或修饰位点(sitesofmutationsormodifications)及重复序列(repeats），还提供特定序列编码的蛋白质序列。参考文献还给出其在MEDLINE上的特定标识号。EMBL

5、-EBI欧洲分子生物学实验室(EuropeanMolecularBiologyLaboratory)于1974年由欧洲14个国家加上亚洲的以色列共同发起建立，包括一个位于德国Heidelberg的核心实验室，及三个位于德国Hamburg，法国Grenoble及英国Hinxton的研究分部，是欧洲最重要和最核心的分子生物学基础研究和教育培训机构。.EMBL-DNA数据库于1982年由EMBL建立，为欧洲最主要的核酸序列数据库，与美国的GenBank及日本的DDBJ共同组成全球性的国际DNA数据库。EBI即现在的欧洲生物信息

6、研究所，是EMBL在英国Hinxton的分部，主要负责建立EMBL－DNA数据库，可进行核苷酸序列检索及序列相似性查询。目前此数据库由其分支机构—EBI（theEuropeanBioinformaticsInstitute，欧洲生物情报研究所）维护。DDBJ日本DNA数据库DDBJ(DNADataBankofJapan)，于1984年建立，是世界三大DNA数据库之一，与NCBI的GenBank，EBI的EMBL数据库共同组成国际DNA数据库，每日交换更新数据和信息，并主持两个国际年会－国际DNA数据库咨询会议和国际DNA

7、数据库协作会议。DDBJ主要向研究者收集DNA序列信息并赋予其数据存取号，信息来源主要是日本的研究机构，亦接受其他国家呈递的序列，数据库通过WWW环球网，匿名FTP，e-mail或Gopher方式为广大研研究人员服务。 蛋白数据库：ExPASyExPASy是由位于瑞士日内瓦的SwissInstituteofBioinformatics所建立，为全世界最重要的蛋白质资料库之一，也是GCG最主要的蛋白质资料来源。主要内容包括蛋白质序列，构造及2-DPAGE(Two-dimentionalpolyacrylamidegelel

8、ectrophoresis)的多个重要资料库，以及蛋白质序列和构造工具，FTPServer和相关讯息。有许多用于分析上所需的工具，包括蛋白质功能预测、序列搜寻及比对，二级，三级和四级结构的预测等等。ExPASyProteomicstools包括Proteinidentificationtools，Proteincha