收藏级资源肿瘤数据库汇总.doc

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1、....收藏级资源

2、肿瘤数据库汇总现如今，随着人们生活方式和环境的改变，恶性肿瘤已经成为疾病死亡病因之一。肿瘤在全球呈现发病率增高，以及发病年龄年轻化的趋势。2019年，ACancerJournalForClinicians杂志发布了最新的数据。该报告估计，2019年美国将有1,762,450例新的癌症病例和606,888例与癌症相关的死亡。传统化疗是对抗癌症的常见方法，但它会攻击全身，造成不必要的副作用，如脱发，恶心和疲劳。靶向治疗选择性地杀死癌细胞而不影响健康组织。靶向药物开发将成为治疗癌症

3、的重要手段。图1肿瘤靶向治疗高通量检测技术迅速发展，使得与肿瘤相关的组学数据迅速积累。这些数据对于研究肿瘤的发生发展机制具有重要意义。对数据的挖掘能够确定许多与疾病有关的基因，为治疗和发病机制的研究提供新的思路。如何有效利用和存储这些信息就显得尤为重要。肿瘤的生物信息学数据库的建立提供了有效的解决方案，对肿瘤基础研究的发展、临床治疗水平的提高具有极大的推动作用。以下是一些肿瘤相关的数据库分类和大致的信息。........1.综合性肿瘤数据库2.肿瘤基因组数据库3.肿瘤DNA甲基化数据库4.肿瘤转

4、录组数据库5.肿瘤蛋白组数据库6.肿瘤相关基因的数据库7.肿瘤与药物数据库1.综合性肿瘤数据库综合肿瘤数据库汇总如表1所示。表1综合性肿瘤数据库DatebaseDescriptioncanEvolveWebportalforintegrativeoncogenomicscBioPortalcBioPortalforCancerGenomicsCGAPCancerGenomeAnatomyProjectCGHubCancerGenomicsHubCGWBCancerGenomeWorkBenchC

5、OSMICCatalogueOfSomaticMutationsInCancerICGCInternationalCancerGenomeConsortiumTCGATheCancerGenomeAtlas........UCSCGenomeBrowserUCSCCancerGenomicsBrowser以下是对数据库的简要概述1.1canEvolve[1]canEvolve存储的信息包括：基因、microRNA(miRNA)和蛋白质表达谱、多种癌症类型的拷贝数变化(CNAs)以及蛋白质-蛋白质

6、相互作用信息。1.2cBioPortalforCancerGenomics(cBioPortal)[2]cBioPortalforCancerGenomics是一个癌症基因组数据探索、可视化及分析平台，可用于多个癌症基因组学数据集的交互式探索。该数据库可提供CNA、基因突变信息。针对每个基因，它可给出多个信息，主要包括：基因的CAN信息、基因突变在样本中的分布、突变位点和频率、共表达基因以及生存曲线等。对于用户提供的基因列表，还可生成互作网络并提供已知的相互作用的药物。cBioPortal在发现

7、肿瘤相关突变、分析基因的生物学功能以及药物选择等方面的研究中具有重要推进作用。........图2cBioPortal数据库的主页1.3CancerGenomeAnatomyProject(CGAP)[3]CGAP主要提供了cDNA克隆、文库、基因表达、SNP以及基因组变异等信息。CGAP收集的数据包括正常组织、前癌组织以及癌细胞的基因表达水平。图3CGAP的主页1.4CancerGenomicsHub(CGHub)[4]CGHub是美国国家癌症研究所(NCI)测序项目的在线存储库，其数据来源包

8、括癌症基因组图谱(TCGA)、癌症细胞系百科全书(CCLE)和产生有效治疗(目标)项目的治疗应用研究(TARGET)3个国家癌症协会项目，数据来自25种不同类型的癌症。1.5CancerGenomeWorkBench(CGWB)[5]CGWB提供了一系列工具来挖掘、整合以及可视化TCGA等数据库中的基因组和临床数据，它是第一个将临床肿瘤突变谱与参考人类基因组整合在一起的计算平台。用户可快速地比较患者临床信息与基因组的变异及甲基化等。1.6CatalogueofSomaticMutationsin

9、Cancer(COSMIC)[6]........COSMIC是世界上最大最全面的有关肿瘤的体细胞突变以及其影响的资源库。它主要提供多种肿瘤细胞基因组中的CNA、甲基化、基因融合、SNP及基因表达等信息。这些突变信息是从科学文献中手工整理的。图4COSMIC的主页1.7InternationalCancerGenomeConsortium(ICGC)[7]ICGC的目标是获取包括胆道癌、膀胱癌、血癌等多达50种肿瘤及其亚型的基因组、转录组和表观遗传的全部信息。这些数据可促进癌症的机理和治疗研究。