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1、第十一章微生物的分类和鉴定第一节通用分类单元第二节微生物在生物界的地位第三节微生物的分类鉴定第一节通用分类单元一般概念的了解7级分类单元命名分类、命名、鉴定；培养物、菌株；种、亚种;微生物命名法；模式菌株、模式种、模式属－典型培养物保藏中心；1、一般概念的了解（微生物名称的正确写法）分类（classification）：指的是根据微生物的相似性或亲缘关系，将微生物归入不同的分类类群。鉴定（identification）：确定一个新的分离物属于已经命名的分类单元的过程。命名：根据国际命名法规给微生物分类单元以
2、科学名称。种(species):是一个基本分类单元,它是一大群表型特征高度相似,亲缘关系极其接近,与同属内的其它物种有着明显差异的一大群菌株的总称.新种(speciesnova,sp.nov或novsp.):是指权威性的分类鉴定手册中从未记载过的一种新分离并鉴定过的微生物.菌株(又称品系,在非细胞型的病毒中称毒株或株):它表示任何由一个独立分离的单细胞(或单个病毒粒)繁殖而成的纯遗传型群体及其一切后代.菌株的名称可随意确定,与的概念相同克隆、无性繁殖系例如：Berge,O.,Guinebretière,M.
3、H.,Achouak,W.,Normand,P.&Heulin,T.(2002).Paenibacillusgraminmissp.nov.andPaenibacillusodorifersp.nov.,isolatedfromplantroots,soilandfood.IntJSystEvolMicrobiol52,607-616.界kingdom(Regnum)门Phylum(Phylum)或Division(Divisio)纲Class(Classis)目Order(Ordo)科Family(Fam
4、ilia)属Genus(Genus)种Species(Species)7级分类单元2、3、命名:双名法学名=属名+种名加词+(首次定名人)+现名定名人+现名定名年份斜体正体(一般省略)例如:大肠埃希氏菌(简称大肠杆菌)Escherichiacoli(Migula)CastellanietChalmers1919枯草芽孢杆菌(简称枯草杆菌)Bacillussubtilis(Ehrenberg)Cohn1872三名法学名=属名+种名加词+符号subsp或var+亚种或变种的加词斜体正体(可省略)斜体(不可省)例
5、如:苏云金芽孢杆菌蜡螟亚种Bacillusthuringiensis(subsp)galleria酿酒酵母椭圆变种Saccharomucescerevisiae(var)ellipsoideus在微生物中,一个种只能用该种内的一个典型菌株当作它的具体代表,此典型菌株就成了该种的模式菌株。BacillussubtilisAS1.398(AcademiaSinica)BifidobacteriumbifidumATCC29521(AmericanTypeCultureCollection)常用菌种保藏中心：CC
6、TCC中国微生物菌种保藏中心ATCC美国菌种保藏中心DSMZ德国菌藏保存中心CIP法国巴斯德研究所CCBAU中国农业大学菌种保存中心第二节微生物在生物界的地位生物的界级分类学说（简述）三域学说及其发展二界三界四界五界六界三域1753186019561969194919781、生物的界级分类学说20世纪70年代末，美国伊利诺斯大学的C.R.Woese等人对大量微生物和其他生物进行16S和18SrRNA的寡核苷酸测序，并比较其同源性水平后，提出了一个与以往各种界级分类不同的新系统，称为三域学说。三个域指的是细菌
7、域（Bacteria）、古生菌域（Archaea）和真核生物域（Eukarya）。2、三域学说CarlWoese16SrRNA系统发育树建立16SrRNA系统发育树的意义a）使生物进化的研究范围真正覆盖所有生物类群；传统的生物进化研究，主要基于复杂的形态学和化石记载，因此多限于研究后生生物（metazoa），而后者仅占整个生物进化历程的1/5b）提出了一种全新的正确衡量生物间系统发育关系的方法；c）对探索生命起源及原始生命的发育进程提供了线索和理论依据；d）突破了细菌分类仅靠形态学和生理生化特性的限制，建立
8、了全新的微生物分类、鉴定理论；e）为微生物生物多样性和微生物生态学研究建立了全新的研究理论和研究方法，特别是不经培养直接对生态环境中的微生物进行研究。CarlWoese的rRNA进化树完美无缺？随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转移现象，很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借助各种信息对这个进化树进行改进。细菌、古生
