伯克利帕切特对barabasi的批判.doc

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1、愤怒的莱尔•帕切特【一】：裸奔的网络皇帝已有189次阅读2014-2-2521:22

2、系统分类:观点评述2014年2月10,11,12日三天，加州大学伯克利分校数学系、分子与细胞生物学系和电子工程与计算机科学系的莱尔•帕切特（LiorPachter）教授在他的个人博客上连续发表了三篇博文，强烈抨击2011年8月同时发表在NatureBiotechnology上的两篇论文：1.ThenetworknonsenseofAlbert-LászlóBarabási2.ThenetworknonsenseofManolisKellis3.WhyIreadthenetworknonsense

3、papers被批评的两篇NBT论文是：1.BarzelB1,BarabásiAL.(2013)Networklinkpredictionbyglobalsilencingofindirectcorrelations.NatBiotechnol.,31(8):720-5.2.FeiziS1,MarbachD,MédardM,KellisM.(2013)Networkdeconvolutionasageneralmethodtodistinguishdirectdependenciesinnetworks.NatBiotechnol.,31(8):726-33.其中，”nonsens

4、e”这个词怎么精确的翻译，让我思考了很久。虽然有点儿不雅，但个人以为用南京方言里的形容词“依壁雕凿”来描述，是比较能够贴合莱尔写博客时愤怒的心境。在这三篇博文里，莱尔首先不屑的指出著名的“网络皇帝”（networkemperor）、美国东北大学(NortheasternUniversity)物理系和计算机科学与生物系的复杂网络研究中心的埃尔伯特-拉斯洛•巴拉巴西（Albert-LászlóBarabási）教授的数学烂到掉底儿，痛批巴拉巴西那些所谓的“发现”其实狗屁不通，因此结论就是虽然网络皇帝经常在Nature,Science这些刊物上炫耀自己的新衣，但是全世界都真真切切地看着

5、皇帝正在裸奔；当然这不是高潮，莱尔在第二篇里继续抨击另一位生物信息领域的大牛、MIT计算生物学研究组负责人曼诺利斯•凯利斯（ManolisKellis）副教授（2011年“甜妞”），并且使用了“不诚实和欺诈的”(dishonestandfraudulent)的字眼，这种指责在惜名如命的学术界里，几乎是毁灭性的指控；当然你如果认为这就是高潮，那你就错了，莱尔在第三篇博文里洋洋得意的指出：兄弟我从2006年开始就痛恨曼诺利斯，一直想办法抓他把柄，终于给我逮住了吧。这叫什么不怕什么偷，就怕什么惦记啊？兄弟我就是惦记着这哥们，给我逮住算他倒霉。完了。三篇博文一出，整个生信领域像是被丢进了

6、颗重量级的核弹，众皆哗然：你要打曼诺利斯那就打吧，人家网络皇帝招你啥事了啊？（巴拉巴西小声嘀咕：我招谁惹谁了？）还有，你打了人，还沾沾自喜说你一贯对人有成见，这都哪跟哪啊？这下好了，美国的同行们一看见标题，二话不说，先拿过来慢慢一桶的爆米花；欧洲的同行们也不看球了，叼着巧克力，拎着啤酒瓶；中国的同行们一看，我靠，这么震撼，赶紧点根烟压压惊：大家一边吃零食、喝啤酒、抽烟，一边搬个马叉坐下来慢悠悠的看热闹。有啥热闹可看的？当然是有。首先，生信这个圈子现在还不大，无论是国外还是国内，就那些人，所以有个风吹草动的很快就能传遍整个圈子；其次，搞生信的人生活一般比较简单，工作、生活、写博客或

7、者看博客，领域里面一般没啥大新闻，就算是整个大新闻，那也是跑出去忽悠圈儿外的人，自己人之间忽悠起来还是挺困难的；再次，这场架打的水平那真是不一般的高，高科技打架斗殴啊，高科技打仗这是现在的流行趋势，高科技打架那还真是不多见，能明明白白看懂整场架的每一招一式，非常不容易，理论上来说需要有非常强悍的数学背景，物理背景要扎实，计算机水平要高，还得有相当的生物学功底。不要看我，我反正是没本事看懂这架是咋打的，当然我也很认真的找各种资料，仔细阅读博文和相应的评论，从12号Shirley转给我博文链接到今天，前后琢磨了两周的时间。当然即使这样，这场架还是没大看明白，于是到处请教各位同行朋友，

8、结合大家的观点，凑成这篇博文。当然说实话，兄弟我这数学实在是太渣了，要是还有看走眼或者看错的招式，尽管补充哈。一、裸奔的“网络皇帝”莱尔写博客的时间不长，2013年8月开始，也就半年多的时间。但绝对绝对是博客界的奇葩。莱尔写博客的风格非常鲜明，那就是无论如何上来先噼里啪啦一顿胖揍，揍的角度自然是他最拿手的数学（这不废话吗？人家是货真价实的数学家），当然喽，个人以为你一个数学家讥笑人家物理学数学水平不咋地，这个实在有点儿不厚道。因为莱尔本来的目的就要批曼诺利斯，但郁闷的是巴拉巴西正