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时间:2020-09-01
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1、1.新建一个空白文件,就是最后的保存文件,名字可以随便命名。2.导入三个文件,可以从Demo文件里面拷过来,三个文件名字必须保持一致,只需要进行修改里面的内容。第一个是map文件,即通过joinmap或mapmaker软件计算出的各连锁群上位点的结果,和mapchart输入的文件是一样的。如下图:第二个是loc文件,如下图:其中,popt是群体的类型,nind是群体数量,nloc是标记的位点数。此时要注意各位点的顺序必须与map文件的顺序一致。这里有个小诀窍,可以将map文件中的各位点拷到excel中,删掉group
2、和数字等字符,然后点击‘工具’——‘选项’——‘自定义序列’将刚才的顺序定义为一个顺序,然后选中所有位点的数据文件,点击‘数据’——‘排序’——‘选项’,在自定义排序里面选择刚才定义的序列,这样选中的序列就按要求排好了。对于带型的写法,不同群体是不同的,可以参看mapqtl中的说明。第三个是qua文件,也就是数量性状的文件,如下图:其中,nind仍然是群体的个数,ntrt是数量性状的个数,这里由于把单株号也当成数据了,所以ntrt就是实际数量性状的个数加1。对于丢失的数据用‘*’代替。3.数据文件准备好后,就是导入,
3、在mapqtl软件的右边有三个栏,在population栏下加载loc和qua文件,在maps栏下,加载map文件,然后空格键单击选中三个文件,在菜单栏的空白档处选择计算方法,例如intervalmapping或者MQMmapping,然后可以看到计算的功能恢复了,点击计算的小图标。4.经过一会计算后,结果就出来了,里面有qtl位点的染色体位置、LOD值、贡献率(%Expl)、和加性效应等,而且旁边可以看到LOD的示意图(resultchart)。5.然后根据结果可以在mapchart里面画图,或者直接在photos
4、hop里面画。
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