discover分子动力学软件使用攻略.doc

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1、1、现在发现，好像最好不要进行SHAKE处理。那么步长就为0.001.2、并且，如果你想画从时间为0开始的图的话，你就需要不要把最后一个构象拷贝到新窗口，只需打开上一步的输出结果，然后把最后一个构象在table中的conformation点中最左边数字，使其成为active。3、把保存的频率改为1000也许文件更小些，更好点。4、equilibration时间尽量长点，也许500ps更合适。你要做总能量对时间作图，看稳定否，做temperature对time作图，看稳定否。有时，后者变化一直很大。并且，

2、我还遇到一个问题，就是做production经常出错。不知道什么原因。5、希望大家伙继续补充个人使用经验。再次更新（也许是last）：先加溶剂分子，记住要加抗衡离子。Cellshape选择加水子最少的也许好点，记住最好把MinimumDistanceFromBoundary设置大一点，如12。不过计算会变慢。然后把多肽进行SteepestDescent，即最陡下降法进行minimization，先限制多肽，用tools中的simulation中的constraints中的createfixatomcon

3、straints处理，其中把模建最好的结果用CHARMm力场，作为inputtypedmolecular的分子，maxsteps选择6000，electrostatics选择particlemeshewald，algorithm为SteepestDescent，numberofprocessors选择2，使RMSGradient为0.1，用最陡下降法优化水分子6000步。然后把结果用ConjugateGradient即共轭梯度法优化6000步，限制为fix，rmsgradient设为0.001，elec

4、trostatics选择particlemeshewald，numberofprocessors选择2，其它参数默认。然后把fix删除。即在hierarchy中用delete删除。然后，进行SteepestDescent，即最陡下降法进行minimization，maxsteps选择6000，electrostatics选择particlemeshewald，numberofprocessors选择2，使RMSGradient为0.1，用最陡下降法优化6000步。做完之后，用tools中的protein

5、modeling中的proteinhealth中的checkstructure处理，看看结构变好没有。有时候结果会很坏，那么就希望在以后的优化中，结果会越来越好。主要是把时间设置长一点。然后用共轭梯度法优化6000步，rmsgradient设为0.001（看实验而定），electrostatics选择particlemeshewald，numberofprocessors选择2，其它参数默认。做完之后，用proteinmodel中的checkstructure处理，看看结构变好没有。有时候结果会很坏，那

6、么就希望在以后的优化中，结果会越来越好。然后进行dynamics(heatingorcooling),其中inputtypedmolecular为上步conjugategradient法得到的outputfile（包含水分子和离子），steps设置为，saveresultsfrequency为1000，electrostatics为particlemeshewald，heatingsaverestartfile为true，numberofprocessors选择2，没有限制常数，其它参数默认。温度当然要

7、看你的试验情况了。做完之后，用proteinmodel中的checkstructure处理最后一个构象（需要把最后构象复制到新窗口，即选中最后一列数字，然后在hierarchy中点击右键选择copy，然后选择file-new-3dwindows，然后paste），看看结构变好没有。然后进行dynamics(equilibration)，其中inputtypedmolecular为上步dynamics(heatingorcooling)中的output中结果（要包括水分子和离子，不用复制最后构象到新窗口，

8、只要打开含有全部构象的文件就行），记住把最后一个构象变为active（即选中最后一列数字），温度当然要看你的试验情况了,steps设置为，saveresultsfrequency为1000，constantpressure为true（根据实验而定），electrostatics为particlemeshewald，equilibrationsaverestartfile为true，其中equilibrationrestartfile为上步得