R_数据处理、绘图、编程与统计检验解读课件.ppt

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1、语言介绍数据处理、绘图、编程与统计检验1什么是R?TheRProjectforStatisticalComputingR是一种统计绘图语言，也指实现该语言的软件1995年由新西兰Auckland大学统计系的RobertGentleman和RossIhaka，基于S语言的源代码，编写了一能执行S语言的软件，并将该软件的源代码全部公开，这就是R软件，其命令统称为R语言从S统计绘图语言演变而来，可看作S的“方言”！！免费、软件本身及程序包的源代码公开。2R登陆界面(Windows版)路径：开始>所有程序>R2.11.0

2、菜单栏快捷按钮控制台光标:等待输入3R程序包（RPackages）程序包是什么？R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。Window下的R程序包是经过编译的zip包。每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。为什么要安装程序包？R程序包是R功能扩展，特定的分析功能，需要用相应的程序包实现。例如：系统发育分析，常用到ape程序包，群落生态学vegan包等。4常用R程序包(I)ade4利用欧几里得方法进行生态学数据分析adephylo系统进化数据挖掘与比较方法ape系统发育与进化分析apTreesha

3、pe进化树分析bootBootstrap检验cluster聚类分析ecodist生态学数据相异性分析FD功能多样性分析geiger物种形成速率与进化分析5常用R程序包(II)picante群落系统发育多样性分析raster栅格数据分析与处理seqinrDNA序列分析sp空间数据处理spatstat空间点格局分析，模型拟合与检验splancs空间与时空点格局分析statsR统计学包Bioconductor生物学数据分析工具vegan植物与植物群落的排序，生物多样性计算6安装程序包的方法1用函数install.pac

4、kages()，如果已经连接到互联网，在括号中输入要安装的程序包名称，选择镜像后，程序将自动下载并安装程序包。例如：要安装picante包,在控制台中输入install.packages("picante")2安装本地zip包路径：Packages>installpackagesfromlocalfiles选择本地磁盘上存储zip包的文件夹。7程序包使用程序包的中函数，都要先导入，再使用，因此导入程序包是第一步。在控制台中输入如下命令：library(affy)程序包内的函数的用法与R内置的基本函数用法一样。li

5、brary(affy)8查看函数的帮助文件函数的默认值是什么？怎么使用？使用时需要注意什么问题？需要查询函数的帮助。1?t.test2RGui>Help>Htmlhelp3apropos("t.test")4help("t.test")5help.search("t.test")6查看R包pdf手册9二函数与对象10R的函数R是一种解释性语言，输入后可直接给出结果。功能靠函数实现。函数形式:函数(输入数据，参数=)如果没有指定，则参数的以默认值为准。例如:平均值mean(x,trim=0,na.rm=FALSE,

6、...)线性模型lm(y~x,data=test)11R的函数每一个函数执行特定的功能，后面紧跟括号，例如：平均值mean()求和sum()绘图plot()排序sort()除了基本的运算之外，R的函数又分为”高级”和”低级”函数，高级函数可调用低级函数,这里的”高级”函数习惯上称为泛型函数。如plot()就是泛型函数，可以根据数据的类型，调用底层的函数，应用相应的方法绘制相应的图形。这就是面向对象编程的思想。12R有哪些函数?查询的方法：Help>Htmlhelp>packageslog()log10()exp(

7、)sin()cos()tan()asin()acos()binom.test()fisher.test()chisq.test()glm(y~x1+x2+x3,binomial)friedman.test()mean()sd()var()….13R函数调用及其选项箱线图绘制函数的调用boxplot(day~type,data=bac,col="red",xlab="Virus",ylab="days")day~type，以type为横轴，day为纵轴绘制箱线图。data=bac数据来源baccol=“red”箱线

8、图为红色xlab=“Virus”横轴名称为Virusylab=“days”纵轴名称为days14赋值与注释在控制台中键入如下命令2+2a<-2<-也可用=,甚至->代替b<-2c<-a+bc#注释赋值符号15>1+1[1]2>1+1*7[1]8>(1+1)*7[1]14>x<-1>x[1]1>y=2>y[1]2>3->z>z[1]3>(x+y)*z[1]9Math:Var