R语言入门——软件简介及实操.pdf

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1、R语言入门——软件简介及实操周煌凯2015报告内容一R简介二函数与对象三编写脚本四R绘图五R统计六数据保存R简介•R是一种编程语言，对编程不太熟悉的人可能会望而却步。这种障碍其实是完全没有必要，1）R是一种解释型语言，也就意味着输入的命令能够直接被执行。2）R语言有大量现成命令和软件包（可以加载），无需进行复杂的编程也可以进行大量生物学统计和绘图。R语言的由来•R语言是从S语言演变而来的。•S语言是二十世纪70年代诞生于贝尔实验室，由RickBecker,JohnChambers,AllanWilks开发。•基于S语言开发的商业软件Splus，可以方便的编写函

2、数、建立模型，具有良好的扩展性，取得了巨大成功。•1995年由新西兰Auckland大学统计系的RobertGentleman和RossIhaka，编写了一种能执行S语言的软件，并将该软件的源代码全部公开，这就是R软件，其命令统称为R语言。R软件简介1.R是开源软件，代码全部公开，对所有人免费。2.R可在多种操作系统下运行，如Windows、MacOS、多种Linux和UNIX等。3.R需要输入命令，可以编写函数和脚本进行批处理运算，语法简单灵活。4.目前在R网站上约有2100个程序包，涵盖了基础统计学、社会学、经济学、生态学、地理学、医学统计学、生物信息学等

3、诸多方面。下载和安装RTheComprehensiveRArchiveNetwork简称CRAN，提供下载安装程序和相应软件包。R主页http://www.r-project.org/Windows版本下载：图1R软件首页http://www.r-project.org/菜单栏快捷按钮控制台命令行图2R登陆界面(Windows版)路径：开始>所有程序>R>R3.xx.x图3RGui的菜单介绍练习一：下载和安装R下载并安装R软件（共享文件夹常用软件）了解R的菜单R程序包为什么要安装程序包？直接加载和使用前人已经设计好的软件包，来实现特定的分析功能，而无需进行复杂

4、的编程。例如：绘制热图使用“pheatmap”包。PS：程序包是什么？R程序包是多个函数的集合，具有详细的说明和示例。Window下的R程序包是已经编译好的zip包。每个程序包包含R函数、数据、帮助文件、描述文件等。常用R程序包base-R基础功能包stats-R统计学包nlme-线性及非线性混合效应模型ape-系统发育与进化分析seqinr-DNA序列分析ggplot2绘制各类图形Pheatmap热图绘制WGCNA权重共表达分析……http://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_nam

5、e.html图4CRAN网站：提供R包下载图5pheatmap包页面R程序包在CRAN提供了每个包的源代码和编译好的MacOS、Window下的程序包以pheatmap包为例，CRAN提供了：Packagesource:pheatmap_0.7.7.tar.gzMacOSXbinary:pheatmap_0.7.7.tgz,Windowsbinary:pheatmap_0.7.7.zip,Referencemanual:pheatmap.pdf等Window平台下程序包为zip文件，安装时不要解压缩。R程序包安装1连网时，用函数install.packages

6、()，选择镜像后，程序将自动下载并安装程序包。这是我们推荐的安装方式，因为系统会自动安装其他需要但未安装的基础软件包。例如：打开RGui,在控制台中输入install.packages(“pheatmap")2安装本地zip包路径：程序包>从本地zip文件安装程序包选择光盘或者本地磁盘上存储zip包的文件夹。程序包使用在控制台中输入如下命令：library(“pheatmap”)警告信息：程辑包‘pheatmap’是用R版本3.1.0来建造的调用程序包内的函数与R内置的函数调用方法一样查看帮助文件如何知道pheatmap程序包内部都有哪些函数？最常用的方法：1

7、菜单帮助>Html帮助2查看pdf帮助文档（从程序包下载页面下载）查看帮助文件1）输入help(“pheatmap”)?pheatmap2）查看R包配套的pdf手册网页帮助文件页的内容Description#函数描述Usage#用法和默认选项Arguments#参数Details#详情Author(s)#作者References#参考文献Examples#举例练习二安装并导入程序包安装程序包选择1：程序包>从本地zip文件安装程序包选择2：install.packages("pheatmap")调用程序包library("pheatmap")练习二查看帮助文件

8、打开pheatmap软件包的帮助文件l