生物信息学网页题库.docx

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1、5个国际著名的蛋白质数据库?答：Gengank数据库，PIR数据库，swiss-prot数据库，TrEBML数据库，UniDrot数据库，MIPS数据库，JIPID数据库。简述Siliconcloning?基于表达序列标签（expressedsequencetags，ESTs）的电子克隆（insilico cloning）策略，是近年来发展起来的一门快速克隆基因的新技术，其技术核心是利用生物信息学技术组装延伸ESTs序列，获得基因的部分乃至全长cDNA序列进一步利用RT-PCR的方法进行克隆分析、验证。简述ExPASy数据库?瑞士生物信息学研究所（SwissInstituteofBioin

2、formatics,SIB）创建了蛋白质分析专家系统（Expertproteinanalysissystem,ExPASy）。涵盖了上述所有的数据库。ExPasy是个数据库的集合,主要专注的领域是蛋白质分子和蛋白质组学.Swiss-Prot知识库是一个经过人工验证的蛋白质序列数据库.致力于提供高质量的注释,最少的冗余,以及和其他数据库的高度集成.TrEMBL是对Swiss-Prot的补充,EMBL中没集成进Swiss-Prot数据库的所有序列都经过计算机进行注释并集成TrEMBL.Swiss-Prot和TrEMBL由SIB(瑞士生物信息学研究所)和EBI(欧洲分子生物学研究所)共同维护.目

3、前,Swiss-Prot,TrEMBL和PIR数据库已经联合起来组成了UniversalProteinKnowledgebase(UniProt)联盟molecularclock?分子钟(英文：Molecularclock)1962年，祖卡坎德尔(Zuckerkandl)和鲍林(Pauling)在对比了来源于不同生物系统的同一血红蛋白分子的氨基酸排列顺序之后，发现其中的氨基酸随着时间的推移而以几乎一定的比例相互量换着，即氨基酸在单位时间以同样的速度进行置换。后来，许多学者对若干代表性蛋白质的分析，以及近年来又通过直接对比基因的碱基排列顺序，证实了分子进化速度的恒定性大致成立，并由中立说在理

4、论上奠定了基础,这便是“分子钟”名称的由来。分子生物学数据库有哪些类型？各有何特点？基因组数据库：基因组测序核酸序列数据库：核酸序列测定一次数据库：蛋白质序列数据库：蛋白质序列测定。生物大分子(蛋白质)三维结构数据库：X-衍射和核磁共振特点：数量少，容量大，更新快二次数据库：上述四类数据库和文献资料为基础构建特点：数量多，容量小，更新慢什么是junkDNA？答：基因组中不表达的因而功能不明的DNA。但已有证据表明这些无用DNA是有其各种不同功能的。简述PCR引物设计的基本原则。你知道哪种PCR设计软件？原则：首先引物与模板的序列要紧密互补，其次引物与引物之间避免形成稳定的二聚体或发夹结构，

5、再次引物不能再模板的非等位点引发DNA聚合反应（即错配）。引物设计软件：Oligo6（引物评价）*PrimerPremier（自动搜索）*VectorNTISuitDnasisOmigaDnastarPrimer3（在线服务）NCBI网站中包括哪些数据库？请写出5个。BIOproject数据库BIOsample数据库EST数据库Gene数据库Genome数据库Dbgap数据库简述生物信息学的主要内容？生物信息学（Bioinformatics）是在生命科学的研究中，以计算机为工具对生物信息进行储存、检索和分析的科学。它是当今生命科学和自然科学的重大前沿领域之一，同时也将是21世纪自然科学的核

6、心领域之一。其研究重点主要体现在基因组学（Genomics）和蛋白质组学（Proteomics）两方面，具体说就是从核酸和蛋白质序列出发，分析序列中表达的结构功能的生物信息。构建系统进化树的算法有哪些?(答案在书上)简述similarity和homology的区别？1、序列similarity和序列homology有何区别和联系？ （1）相似性(similarity)：是一种数量关系，比如部分相同或相似的百分比或其它一些合适的度量。比如说，A序列和B序列的相似性是80％，或者4/5。2）同源性(homology)：这是质的判断,指从一些数据中推断出的两个基因或蛋白质序列是否具有共同的祖先。

7、 序列相似性比较：将待研究序列与DNA或蛋白质序列库进行比较，用于确定该序列的生物属性常用的程序包有BLAST、FASTA等 。序列同源性分析： r 将待研究序列加入到一组与之同源，但来自不同物种的序列中进行多序列同时比较，以确定该序列与其它序列间的同源性大小。简述CpGisland?CpGisland：是DNA上的一个区域，富含GC，两者以磷酸酯键相连，长度约几百到几千bp不等，常出现在管家基因或频繁表达的基因的启动子