chembiooffice教程0

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1、计算化学实验Chem3D软件指南Chem3D开始:点击桌面“Chem3DUltra10.0”图标Chem3D一览菜单和工具栏区组成区3D绘图区2D分子区坐标区光谱区输出结果区构象区Chem3D详解菜单和工具栏区显示计算电影窗口文件界面排列工具旋转打开结果轨迹输入帮助打印结构编辑说明设置测量密度面数据库拷贝例子旋转轨道粘贴饱和电势面修改修正分子面选择重叠Chem3D详解文件新分子模型样本分子打开文件中的分子结构保存Chem3D详解编辑撤消操作重复操作清除当前分子Chem3D详解视图分子显示方式显示取向工具栏分子组成ChemD

2、raw直角坐标Z-矩阵文件输入测量列表参数表输出区原子类型构象区光谱显示区MM2类型Chem3D详解结构测量列表分子位置和取向设置Z-matrix饱和价键(加氢)自动调整分子结构重叠分子对接Chem3D详解计算模块计算结果管理停止计算二面角计算(构象搜索)EHMO计算电荷轨道MM2分子动力学模块分子性质计算模块GAMESS计算界面Gaussian计算界面Jaguar计算界面Mopac计算界面Chem3D详解计算模块二面角计算(构象搜索)扫描一个二面角扫描两个二面角二面角计算(构象搜索)扫描一个二面角二面角计算(构象搜索)扫

3、描二个二面角构象过渡态Chem3D详解计算模块EHMO电荷总电子密度面分子面分子轨道Chem3D详解计算模块EHMO电荷Chem3D详解计算模块EHMO总电子密度面等值面图isoval=0.01Chem3D详解计算模块EHMO分子轨道等值面图isoval=0.01Chem3D详解计算模块MM2分子动力学模块运行MM2输入文件优化构型(能量极小化)分子动力学性质计算打印力场参数Chem3D详解计算模块MM2分子动力学模块M2ConstantValueQuality力场参数Cubicstretchconstant-2.0004

4、3,4次键伸缩常数Quarticstretchconstant2.3334X-B,C,N,O-YStretch-Bendinteractionforceconstant0.1204X-B,C,N,O-HStretch-Bendinteractionforceconstant0.0904键伸缩-弯曲作用参数Sexticbendingconstant(*10**8)7.0004Cutoffdistanceforcharge/chargeinteractions35.0004Cutoffdistanceforcharge/dip

5、oleinteractions25.0004截断距离Cutoffdistancefordipole/dipoleinteractions18.0004CutoffdistanceforvanderWaalsinteractions10.0004MM2AtomRadiusEpsWeightReductLonePairsQuality51.5000.0471.0080.91504LJ非键参数21.9400.04412.0000.00004BondKSBondLengthDipoleQuality2-54.6001.1000.0

6、004键伸缩参数2-29.6001.3370.0004AngleKBXR2XRHXH2Quality2-2-50.360120.0120.50.04键弯曲(角)参数2-2-20.430120.00.00.04AtomsForceConstantQuality2-20.05042-50.0504TorsionalV1V2V3Quality5-2-2-50.00015.0000.0004键扭转参数2-2-2-50.0009.000-1.06042-2-2-2-0.9308.0000.0004PiAtomElectronIoni

7、zationRepulsionQuality21-11.16011.1344PiBondDForceDLengthQualityπ键(共轭)修正参数2-24.6000.1664Chem3D详解计算模块MM2分子动力学模块优化构型(能量极小化)收敛要求:最小均方根梯度(力)输出结果能量分解总能量Chem3D详解计算模块MM2分子动力学模块分子动力学模拟步长结构输出间隔轨迹步数升温速率目标温度参数一览Chem3D详解计算模块MM2分子动力学模块分子动力学模拟暂停/开始停止Chem3D详解计算模块MM2分子动力学模块分子动力学模

8、拟输出结果时间(10-15秒)总能势能温度Chem3D详解计算模块MM2分子动力学模块分子动力学模拟输出结果非平衡分子平动能=0分子转动能=0平衡态Chem3D详解计算模块MM2分子动力学模块分子动力学模拟输出结果总能守恒!温度控制!Chem3D详解计算模块MM2分子动力学模块性质:π键键级能量Chem