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1、常用生物软件大汇总序列综合分析VectorNTISuite8.0不喜欢装备各种专业性强的软件,而希望用一个综合性的软件代替的同志可以选择本软件。本阶段的大部分功能它都有。该软件具体特有良好的数据库管理(增加、修改、查找,对要操作的数据放在一个界面相同的数据库中统一管理。软件中的大部分分析可以通过在数据库中进行选定(数据->分析->结果(显示、保存和入库三步完成。在分析主界面,软件可以对核酸蛋白分子进行限制酶分析、结构域查找等多种分析和操作,生成重组分子策略和实验方法,进行限制酶片段的虚拟电泳,新建输入各种格式的分子数据、加以注释,输出高质量的图像。VectorNT
2、ISuite还有以下独立的分析程序,完成相关分析。这些独立的程序,可以通过选定->分析->结果三步调用。l3DMol-显示PDB格式分子的三维结构lAlignX-序列相似性比较lAlignXblocks-序列局部完全相同比较lContigExpress-将小片段拼装成长序列lGCGConverter-GCG格式文件转换成NTI的格式lPubMed/EntrezSearch-搜索PubMed、PDB、GenBanklBackTranslation-核酸->蛋白->核酸反向翻译的工具lMatrixEditor-矩阵数据编辑lToolsManager-连接其他程序和网络
3、连接的界面。分成Align、Analyze、Assemble、Tools四部分。DNAStar5.03即著名的LasergeneSuite,由EditSeqMegAlign、GeneQuestMapDrawPrimerSelectProteanSeqManII七个模块组成,该软件的MegAlign模块,可以对多达64000的片段进行拼装。整个拼装过程即时显示,并提示可能的完成时间。拼装结果采用序列、策略等方式显示。DNAstar是哈佛大学医学院是使用的序列分析软件,可见其功能强大。Omiga2.0实际上,大部分对核酸蛋白的序列分析功能,在Omiga2.0中都能找到
4、;而且界面非常友好。Omiga作为强大的蛋白质、核酸分析软件,它还兼有引物设计的功能。主要功能:编辑、浏览、蛋白质或核酸序列,分析序列组成。用Clustal.W进行同源序列比较,发现同源区。实现了核酸序列与其互补链之间的转化,序列的拷贝、删除、粘贴、置换以及转化为RNA链,以不同的读码框、遗传密码标准翻译成蛋白质序列。查找核酸限制性酶切位点、基元(Motif及开放阅读框(ORF,设计并评估PCR、测序引物。查找蛋白质解蛋白位点(ProteolyticSites、基元、二级结构等。查寻结果可以以图谱及表格的显示,表格设有多种分类显示形式。利用Mange快捷键,用户可
5、以向限制性内切酶、蛋白质或核酸基元、开放阅读框及蛋白位点等数据库中添加或移去某些信息。每一数据库中都设有多种查寻参数,可供选择使用。用户也可以添加、编辑或自定义某些查寻参数。可从MacVectorTM、WisconsinPackageTM等数据库中输入或输出序列。另外,该软件还提供了一个很有特色的类似于核酸限制酶分析的蛋白分析,对蛋白进行有关的多肽酶处理后产生多肽片段。DSgene:Omiga2.0的换代产品,accelrys公司Discoverystudio系列,accelrys公司的insightII,GCG是业内蛋白分析和核酸分析的权威软件,DSgene是G
6、CG的个人机简版,功能强大,而且可以直接与GCG服务器相连。由于受到vectorNTI的界面影响,DSgene与Omiga2.0相比界面有了很大的改变。DNASISforWindows2.5版是日立软件公司(HitachiSofewareEngineeringCo.,Ltd.97年推出的一个功能强大的序列分析软件。包含有大部分分子生物学软件的常用功能,可进行DNA,RNA,蛋白质序列的编辑和分析,甚至还能进行质粒作图、数据库查询等功能,足可满足一般实验室的要求。在DOS时代,DNASIS7等版本便是流传甚广并曾给过许多人以帮助的分子生物学软件,因此我们有理由期待W
7、in版的DNASIS会带给我们惊喜。DNASISMAX1.0DNASIS2.5的更新换代产品。综合序列分析软件,体积比上一个版本一下膨胀了许多。界面风格也改变了很多。DNATools5.1与Omiga,DNAsis,PCgene等软件属于同一类的综合性软件,操作简单功能多。DNATools设计的用户友好、强壮,以便快速、方便地获取、贮藏和分析序列及数据库查询获得的序列相关信息。DNATools包容性很好,能把几乎所有文本文件打开作为序列。当程序不能辨别序列的格式时(通过寻找常用序列格式的特征,会显示这个文件的文本形式,以便你编辑生成正确的蛋白质或DNA序列,编辑后
8、可以再被载
