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1、生物信息学ChinaJournalofBioinformatics技术与方法利用Excel电子数据表计算遗传相似系数的方法*艾华水,黄路生(江西农业大学农业部江西省动物生物技术重点实验室,江西南昌330045)摘要:利用分子标记技术对生物物种群进行类群分类时,一般需要通过分析电泳图谱获得01矩阵,通过统计计算来得到其遗传相似系数和遗传距离指数。科学工作者常借助计算器徒手计算,容易出错,速度又慢。本文介绍一种以MicrosoftExcel电子数据表为平台,能较轻松又准确地根据01矩阵实
2、现遗传相似系数和遗传距离指数计算的操作方法。关键词:遗传相似系数;01矩阵;Excel表中图分类号:Q75文献标识码:B文章编号:1672-5565(2005)-03-116-05Amethodforcomputinggeneticsimilaritybasedonmicrosoftexcel*AIHua-Shui,HUANGLu-Sheng(JiangxiProvinceKeyLaboratoryforAnimalBiotechnology,JiangxiAgriculturalUniversity,Nanchan
3、g330045,China)Abstract:Generally,analyzingtheelectrophoreticmappingwhenweanalyzeandclassifythebiologicalspeciesusingthetechnologyofmolecu-largeneticmarker,wecanobtainthe01matrix,thenweshouldcomputethegeneticsimilarity(GS)andthegeneticdistanceindex(D)amongthespecies
4、usingspecialstatisticmethod.ManyscientistsusuallycomputeGSandDemployedthecalculatorbyhand,asitisslowandeasytomakemistakes.ThisarticleintroduceamethodbasedonthesheetsofMicrosoftExcel,whichcanhelpustoachievethecomputationofGSandDmoreeasilyandaccuratelyaccordingtothe0
5、1matrix.Keywords:GeneticSimilarity;01matrix;Excelsheet近年来,利用分子标记技术(如:RFLP、RAPD、政、金融等众多领域。在生命科学界,很多生物学[1-6]SSR、AFLP)对物种群进行类群划分的报道很多。家、遗传学家都能熟练地利用Excel电子数据表软但是在根据电泳图谱得到01矩阵,计算遗传相似件进行其相关领域的生物统计分析。系数时,总是觉得缺乏一种适合生物学者的软件进行计算,有些研究者干脆借助计算器徒手计算,这样1物种间的遗传相似系数(Genetic既容易出
6、错又慢。本文将介绍一种通过Excel电子Similarity,GS)和遗传距离指数(Genetic数据表计算遗传相似系数和遗传距离指数的方法,DistanceIndex,D)此方法能较轻松又准确地根据01矩阵实现遗传相似系数和遗传距离指数的计算。遗传距离是衡量品种间若干性状综合遗传差异Excel电子数据表软件是微软公司的Office应大小的指标。物种群间的遗传距离指数(D)按公式用软件包的一个成员,其工作于Windows平台,具有D=1-GS计算。而物种间的遗传相似系数的计算Windows环境软件的普遍优点,如易用、智能和集
7、成公式为:GS=2a(2a+b+c),其中a为两个物种群等。它可以进行各种数据处理、统计分析、图表制作共有的多态条带数,b为X物种群特有条带数,c为和辅助决策操作,已经广泛地应用于统计、管理、财Y物种群特有条带数。收稿日期:2005-03-01;修回日期:2005-05-28作者简介:艾华水(1976-),男,江西临川人,博士生,主要研究方向:分子生物学,E-mail:aihsh0@163.com*通讯作者:黄路生,男,博士生导师,教授,主要研究方向:分子生物学,E-mail:lushenghuang@hotmail.com
8、第3期艾华水,等:利用Excel电子数据表计算遗传相似系数的方法1172利用Excel软件计算GS21根据行列数最大的01矩阵信息计算其GS首先根据电泳图谱,或通过图谱识别软件或人为识别,用0(无)和1(有)记录谱带,把图形资料转换
