大豆和拟南芥NFYB基因家族同义密码子使用偏好性的比较-论文.pdf

《大豆和拟南芥NFYB基因家族同义密码子使用偏好性的比较-论文.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、20l4．3作物杂志Crops大豆和拟南芥NFYB基因家族同义密码子使用偏好性的比较李真李永光薄蕾王鼎慧李文滨(东北农业大学大豆生物学教育部重点实验室，150030，黑龙江哈尔滨)摘要运用CodonW软件对大豆核因子有关，同义密码子的选择使用对基因的表达起着_『vFYB(nucleartranscriptionfactorYB—subunit)基因重要的调节作用，有利于翻译的准确性和效率，影家族CDS序列(codingsequence)的密码子组成、密响编码蛋白的疏水性_3J。基因密码子的使用与码子使用性各参数和同义密码子相对使用度进行基因编码蛋白的结构和功

2、能，以及基因表达的生计算和统计分析，并与模式植物拟南芥NFYB基因理功能有密切联系J。密码子的使用受很多因素进行比较。结果表明，NFYB基因家族CDS序列的影响，通常认为是物种间发生分离，进而产生新GC含量及同义密码子第3位的碱基含量直接影物种的重要原因之一l8I9J。密码子偏好性的分析响着密码子使用偏好性程度的大小，并影响基因有助于预测基因的表达水平、选择基因异源表达的表达水平。大豆GmNFYB基因与拟南芥AtNFYB最适宿主和优化密码子以提高异源表达水平基因对密码子的使用存在差异，AtNFYB基因家族等。偏好使用以A、U结尾的密码子，GmNFYB家族各核

3、因子Y(nuclearfactorY，NF-Y)，又称作基因偏好使用以G、C结尾的密码子。大豆不同HAP或CCAAT家族，是一类普遍存在的转录因子，由3个不同的亚基组成：NF．YA(HAP2)、NF—GmNFYB基因在密码子使用上也存在差异，可能YB(HAP3)和NF—YC(HAP5)¨。NF—YA亚基N与基因表达水平、蛋白质结构和功能等因素有关。关键词大豆；拟南芥；NFYB基因；密码子偏端结构域与NF．YB／C相互作用，c端结构域与DNA相互作用¨。而NF—YB亚基通过组蛋白折好性叠域与NF．YC亚基紧密结合，在结构上与H2A／H2B相似，对NF—YA与D

4、NA的结合起促进作密码子是生命信息的基本遗传单位。密码子用。在植物中每个亚基由多个基因编码¨巧J。具有简并性，除色氨酸(Try)与甲硫氨酸(Met)仅通过对拟南芥、玉米、水稻、小麦等植物NFYB基因由1个密码子编码外，其余氨基酸均由2个或多个的研究，表明该类基因参与叶绿体的形成，调节开密码子编码，最多一个氨基酸对应6种密码子。花时问并参与植物抗干旱等多个非生物胁迫反应这些编码同一种氨基酸的不同密码子称为同义密途径，将其转入受体植株能显著提高植株的抗旱码子(synonymouscodon)，在物种的稳定上起着重和抗盐碱能力¨”。要的作用。特定物种或基因家族在长

5、期进化中形本研究从基因的碱基组成出发，对拟南芥和成了适应自身基因组环境的密码子使用偏好性，大豆NFYB基因家族CDS序列密码子的组成使用这种密码子的非均衡使用在生物界中普遍存在，特性及密码子偏好性进行分析比较，阐明NFYB转此现象称为密码子偏好性(codonbias)，这一现象录因子家族密码子的使用特点，为进一步研究与遗传信息的载体分子和生物功能分子蛋白质相ⅣF基因家族的性质，利用ⅣFyB家族基因培育关联，所以具有重要的生物学意义_l-21。研究表抗旱、高产大豆品种奠定理论基础。明，同义密码子的偏好使用可能与基因的GC含量作者简介：李真，硕士研究生，研究方向

6、为大豆抗逆转基因l材料与方法李文滨为通信作者，研究员，研究方向为大豆遗传育种及生物技术在大豆育种中的应用1．1NFYB基因家族序列的获得基金项目：转基因大豆新品种培育(2013ZX08004002)收稿日期：2013—12—12；修回El期：2014—04—06拟南芥NFYB家族13条基因来源于TAIR数14作物杂志Crops2014．3据库(TheArabidopsisInformationResource，http：／／134个氨基酸)，最高为96．27％(NFYB6和WWW．arabidopsis．org／)。以拟南芥NFYB家族具有NFYB24仅相差

7、6个氨基酸)，故各基因编码的蛋抗旱功能的AtNFYB1基因(NM一001036433)为探白在组成、结构、功能上都可能存在较大差异；一针，在Phytozome(http：／／www．phytozome．net／)的致性较高的大豆GmNFYB基因与同一拟南芥大豆基因组数据库中进行检索，共得到29条与其AtNFYB基因表现出较高同源性。同源的大豆序列，命名为GmNFYB1一GmNFYB29。GIymalOg29440．1GmNFYB16(AtNFYB4)1．2序列分析GIyma2Og37870．1GmNFYB29tNFYBS)Glymal7g02810．1GmN

8、FYB23fAtNFYB4)利用MEGA5．0软件对