mapmaker30软件中文说明书完整版.pdf

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1、作者：章有知2014-06-08长春师范大学生命科学学院迄今为止最为实用的Mapmaker3.0软件中文说明书完整版我这里有完整的mapmaker3.0程序，包括mapm3pc1andmapm3pc2.如有需要，请联系qq：154492025。一.软件准备工作：在winxp的系统下，下载mapmaker3.0的压缩包，解压缩后有两个程序：mapm3pc1andmapm3pc2。将这两个程序放在C盘的根目录下，装在一个文件夹中，（win7的还没搞明白，反正这么解压缩后装了用不了。）分别点mapm3pc1andmapm3pc2进行安装。安装完后，在那一堆图标里，会有

2、一个和一个两个图标。进行标记的连锁图谱分析和绘制，点第一个即可。（有的电脑得点2到3次，）会出现如下界面。二.数据准备工作这个网络上有讲的，《mapmaker3.0中文说明书》的最前边部分就是说这个的，不明白的上那里去看下。我的补充：以文本格式保存的数据，在命名后，要进行一下改动，如你命名为，那么把名中的.txt去掉（必须是xx.raw格式）。这时系统会提示点是就行了。不去掉txt，mapmaker不会读取数据。会显示：。如果成功读取数据，则mapmaker会显示好，正式开始！第一步：启动mapmaker3.0假设我们的文件为sample.raw（和英文版中的数

3、据时一样的）启动后，光标提示符前会有1>，代表你要输入的第一个命令的所在位置。输入：1>preparedatasample.raw,回车，会显示一些东西！自己操作吧！这个命令也可以用pdsample代替。命令的作用是：读取数据源。2>phototutorial.out，回车，会显示一些东西！自己操作吧！命令的作用是：将在mapmaker中的操作都保存到tutorial.out的文件中。这种文件不会覆盖以前的，如果你下次仍然用tutorial.out保存操作的话，它会把你新的和旧的操作都保存在一起。第二步：两点连锁法寻找连锁群确定要将哪些标记进行连锁分析，然后按输

4、入：sequencelocus1locus2locus3...，也可用slocus1locus2locus3...,用数字表示的话，12345....表示的是你的文本文件中依次从前到后的标记。这个命令确定了当前要进行分析的序列是哪些标记，所以在以后其他的分析中，要对s重新定义。如对sampleddata中的全部12个基因座进行两点检测，则输入：3>sequence123456789101112（有时候，你的标记数远不止这些，那么请输入：sall），回车。会显示一些东西！自己操作吧！然后进行分群，输入：4>group，回车。显示：LinkageGroupsatmi

5、nLOD3.00,maxDistance50.0group1=12357-------group2=4689101112将我们的数据分成了两个连锁群，group1andgroup2。第三步：连锁群图谱排序对连锁群内标记或者基因座之间的可能顺序进行排序，找到最好的排列顺序。命令：5>sequence{12357}(大括号代表里边的标记不固定顺序，不加大括号则代表固定顺序，当然也可以用s{group1}命令)，回车后出现：sequence#2={12357}命令：6>compare,回车后出现：Best20orders:1:13257Like:0.002:31257

6、Like:-6.003:57231Like:-20.204:57213Like:-26.265:25731Like:-27.256:25713Like:-28.397:23157Like:-28.858:52317Like:-32.339:21357Like:-34.1210:57132Like:-35.5511:52137Like:-37.6112:13527Like:-37.7613:31527Like:-39.0914:57312Like:-40.3815:13572Like:-40.8716:31572Like:-41.5517:52731Like:-4

7、3.6718:52713Like:-44.7819:51327Like:-47.6320:25317Like:-52.28order1isset（N个标记的话，会有N!/2种可能的排列顺序，所以如果N大于6时，这个分析就比较费劲了）。至此，我们知道：13257是最好的排列顺序。第四步：显示遗传图谱这个里边用到的是map命令，它也会对每个排序的最大似然比进行计算，和compare命令中显示的一样，只不过compare中显示了最有可能的20个。然后，将最大可能性的排列显示出来，并带有图距。经过上边的操作后，我们知道13257是最好的排列顺序，所以只需将13257进行

8、定义即可。7>seque