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《东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、中国科技论文在线http://www.paper.edu.cn东乡野生稻叶绿体基因组拼接及系统进化分析**林张翔，王营营，付菲，叶楚玉，樊龙江5（浙江大学农业与生物技术学院农学系，浙江省作物种质资源重点实验室，杭州310058）摘要：叶绿体基因组序列对于研究植物物种的起源、进化演变及不同物种间的亲缘关系等具有重要意义。高通量测序技术的快速发展，推动了植物叶绿体基因组的测序工作。但传统的叶绿体基因组测序方法需要建立在分离纯化叶绿体DNA的基础上，操作繁琐，耗时较长。为了优化叶绿体基因组DNA序列的获取和拼接方法，以东乡野生稻（Oryzaruf
2、ipogon）嫩绿10叶为材料，不需分离叶绿体DNA，利用高通量测序获得的全基因组短序列（reads）及叶绿体基因组高度保守的特性，与参考序列进行比对，从而组装拼接出叶绿体DNA序列，并同时利用生物信息学手段和PCR扩增进行补洞。最终获得东乡野生稻完整叶绿体基因组序列，大小为134537bp，大（LSC）、小（SSC）单拷贝区和反向互补重复区（IR）大小分别为80585bp、12346bp和20803bp，共注释叶绿体基因152个。基于获取的东乡野生稻及其他叶绿体基因15组序列，通过构建进化树分析，结果显示在禾本科中水稻与麻竹（Dendro
3、calamuslatiflorus）和黍亚科（Panicoideae）亲缘关系最近，粳稻与中国普通野生稻的亲缘关系较近，粳稻与籼稻并非同时驯化出现。关键词：作物遗传学；东乡野生稻；叶绿体基因组；高通量测序；嫩绿叶中图分类号：S511.920AssemblyandphylogeneticanalysisofDongxiangwildricechloroplastgenomeLINZhangxiang,WANGYingying,FUFei,YEChuyu,FANLongjiang(DepartmentofAgronomy,CollegeofAg
4、ricultureandBiotechnology,ZhejiangKeyLaboratory25ofCropGermplasm,ZhejiangUniversity,Hangzhou310058,China)Abstract:Completechloroplastgenomesequenceisveryusefulforstudyingtheevolutionofspecies.Therapiddevelopmentofhigh-throughputsequencingtechnologypromotestheplantchloropla
5、stgenomesequencing.Fortraditionalchloroplastgenomesequencingmethod,itisnecessarytoisolateandpurifythechloroplastDNAbeforesequencing.DuetolowconcentrationofchloroplastDNA,itis30difficulttoseparateitfromnucleargenomeDNA.Therefore,chloroplastDNAisolation-basedmethodistediousa
6、ndtimeconsuming.ThisstudyemployedasimpleandrapidmethodforchloroplastgenomesequencesacquisitionwithoutisolationofchloroplastDNA.Basedonconservationofchloroplastgenomes,thewholegenomeshortreadsgeneratedbyIlluminaHiseq2000weredirectlyusedtomapagainstchloroplastreferencegenome
7、s.Subsequently,thealignedreadswerecollectedandfurtherdid35denovoassembly.Finally,thechloroplastgenomesequenceofDongxiangwildricewasobtained.Thechloroplastgenomeis134537bpinsize,andhasatypicalquadripartitestructurewiththelarge(LSC,80585bp)andsmallcopy(SSC,12346bp)regionssep
8、aratedbytwocopiesofaninvertedrepeat(IRs,20803bpeach)region.Intotal,152chloroplastgeneswer
