量化计算方法.doc

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1、资料量化计算方法：是在量子力学基础上发展起来的理论物理，量子化学及相关计算，量子化学研究电子-原子核体系可用Schrdinger方程解的波函数描述，原则上Schrdinger方程保证了多电子结构中电子结构与相互作用的全面描述。分子动力学：通过允许原子和分子在一段时间内交互作用，根据已知的物理近似求解系统中所有粒子的运动方程，获知原子运动过程的图像的一种计算机模拟方法。（分子模拟的一类）分子模拟：分子力学或量子力学与统计力学结合的分子模拟技术使量子化学计算从静态到动态从小体系到纳米、介观尺度过度提供了可能。分子模拟分为两类：一是分子动力学（MD）模拟，根据原子间相互作用势，用经

2、典力学处理每个原子随时间变化的运动路径。另一是以概率论为基础的MC模拟，采用简单的取样或权重取样构造Markov链（对于1个Markov链，我们是指1个离散随机过程,Xr在任意的时间集tr(r=1,2）),经过长期演算，粒子状态逼近Boltzmann分布时，通过统计平均获得各种平均值。从头算法：由Schrdinger方程简化而来，即进行全电子体系非相对论的量子力学方程计算。这种方法仅仅在非相对论近似、Born-Oppenheimer近似（因为原子核的运动并不会造成电子态之间的跃迁，只会引起各电子态连续的、绝热的变化，这就是所谓的Born-Oppenheimer近似或称绝热近似

3、，在该近似下，可近似认为原子核固定在给定的位置），轨道近似的基础上利用普朗克常数，电子质量和电量三个基本物理量及元素的原子序数，对分子全部积分进行计算。空穴离域性：一个呈电中性的原子，其正电质子和负电电子的数量是相等的。现在由于少了一个负电的电子，所以那里就会呈现出一个正电性的空位——空穴。当有外面一个电子进来掉进了空穴，就会发出电磁波——光子。对称保持（离域化）（空穴和电子总是成对出现）或者对称破缺（局域化）QM/MM方法：量子化学方法（QM）能精确测各种小分子的物理化学性质，研究反应机理。分子力学（MM）及分子动力学（MD）在研究模拟生物大分子，大块合金材料广泛应用。两者

4、结合，将中心高精度区域量子化学计算（QM），周边区域进行分子力学计算（MM）。QM方法：量子力学（QuantumMechanics)是研究微观粒子的运动规律的物理学分支学科，它主要研究原子、分子、凝聚态物质，以及原子核和基本粒子的结构、性质的基础理论，它与相对论一起构成了现代物理学的理论基础单步超交换机理：多步跳跃机理：超交换：反铁磁性物体内的磁性离子之间的交换作用是通过隔在中间的非磁性离子为媒介来实现的，故称为超交换作用。遂穿：隧道效应;隧穿效应;势垒贯穿;tunnelingeffect又称隧穿效应，势垒贯穿。按照经典理论，总能量低于势垒是不能实现反应的。但依量子力学观点，

5、无论粒子能量是否高于势垒，都不能肯定粒子是否能越过势垒，只能说出粒子越过势垒概率的大小。它取决于势垒高度、宽度及粒子本身的能量。能量高于势垒的、运动方向适宜的未必一定反应，只能说反应概率较大。而能量低于势垒的仍有一定概率实现反应，即可能有一部分粒子(代表点)穿越势垒(也称势垒穿透barrierpenetration)，好像从大山隧道通过一般。这就是隧道效应量子隧穿效应是一种量子特性，是电子等微观粒子能够穿过它们本来无法通过的“墙壁”的现象域：数学、生物、科技等学科的某类单位的分类词语极子：极子的基本概念：极子即是具体的、又是抽象的，它是一个物的单位。从宏观看银河系、太阳系、地

6、球等都是极子；从微观看分子、原子、电子、光子等都是极子；地球上的每件物体、每个生物都是极子。它们都是具有一定形状、一定体积、一定质量的物，这是极子的具体性表现。每个极子的外围部分是长短不一的极子线体，有的看得见，有的看不见，起吸引作用的都是无形的。它们确确实实地存在着，目前人类对它的认识还不够深刻，所以极子具有一定的抽象性。碱基π堆积：“Pi堆叠”对构造DNA和RNA、蛋白质折叠及其他结构至关重要，“Pi堆叠”碱基对和氢键碱基对中都有质子迁移反应，碱基都是芳环,有pi-pi堆叠作用，碱基堆积力是由于芳香族碱基的π电子之间相互作用而引起的DNA分子中碱基层层堆积，在DNA分子内

7、部形成了一个疏水核心，核心内几乎没有游离水分子，所以使互补的碱基之间形成氢键MM：分子力学（molecularmechanics），又叫力场方法（forcefieldmethod），目前广泛地用于计算分子的构象和能量分层算法：ClassicalMD：经典分子动力学abinitioMD：abinitio是量子化学计算方法中的从头计算法，基于量子理论，不引入任何来自实验测定的经验参数，利用计算机对材料进行的计算和预测的一类方法。MD是分子动力学 ，分子动力学方法是一种计算机模拟实验方法，是研究凝聚态系统的有