遗传多态性知识汇总.doc

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1、遗传多态性知识一、SNP,LD,HaplotypeandTaggerSNP1.遗传/基因多态性(genetic/genepolymorphism)在一随机婚配的群体中，染色体同一基因座位点上有两种或两种以上的基因型，且各个等位基因在群体中的出现频率皆高于1%。它是决定人体对疾病易感性、临床表现多样性及药物治疗反应差异性的重要因素。而种群中频率等于或小于1%的碱基变异称为突变。染色体同一DNA位置上的每个碱基类型叫做一个等位位点。如某些人的染色体上某一位置的碱基是A，而另一些人的染色体上相同位置上的碱基是G，除性染色体外,每个人体内的染色体都有两份,所以,一个人所拥有的一对等位位点

2、的类型被称作基因型(genotype)，如GA、GG、AA；检定一个人的基因型，被称作基因分型(genotyping)。由不同基因型与环境共同作用所产生的生物体（人类）可观测的物理或生理性状称为表现型（phenotype）。限制性片段长度多态性(restrictionfragmentlengthpolymorphism.RFLP)是第一代的遗传标记；可变数目的串联重复(variablenumberoftandemrepeat.VNTR)是第二代遗传标记；其中重复单位为2-6个核苷酸称为微卫星或短串联重复；6-12个核苷酸称为小卫星。Polymorphismsaredefineda

3、sfrequent(occurringingreaterthan1%ofthepopulation)variationsinthehumanDNAsequence.Mostinvolveasinglebasepairsubstitution,knownassinglenucleotidepolymorphisms(1),althoughmorecomplexvariationsarealsorecognised.SNPsaresinglebasepairpositionsingenomicDNAatwhichdifferentsequencealternatives(allele

4、s)existinnormalindividualsinsomepopulation(s),whereintheleastfrequentallelehasanabundanceof1%orgreater.Inprinciple,SNPscouldbebi-,tri-,ortetra-alleticpolymorphisms.Howere,inhumans,tri-alleticandtetra-alleticSNPsarerarealmosttothepointofnon-existence,andsoSNPsaresometimessimplyreferredtoasbi-a

5、llelicmarkers.单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism.SNP)：最早由美国麻省理工学院的人类基因组研究中心Lander于1996年提出，是不同个体基因组DNA序列内特定核苷酸位置上单个碱基的不同．是第三代遗传标记，任一SNP在群体中出现的频率应不小于1%，原则上SNP可以是双、三、四等位基因多态，在人类三、四等位基因的SNP很少甚至几乎不存在，因此SNP简单指双等位标记，双等位基因的SNP替换包括1个转换CT(GA)和3个颠换CA(GT)、CG(GC)、TA(AT)，由于核苷酸的5-甲基胞嘧啶脱氢基反应相对比较频繁，

6、使得四种SNPs在基因组中出现的频率不同，在生物体内约2/3是C/T(G/A)转换，并且多存在于非转录序列中。据统计，人类基因组中3*109碱基中至少存在着1000万个SNPs位点，平均约1个SNP/1000bp。与其他遗传标记(如限制性片段长度多态，短串联重复)的主要不同是不再以“长度”的差异作为检测的手段，而直接以序列的变异作为标记，具有高丰度、高度稳定性和易于自动化分析等独特的优势。英文描述：SNPmarkersarepreferredovermicrosatellitemarkersforassociationstudies,becauseoftheirhighabund

7、ancealongthehumangenome(SNPswithminorallelefrequency>0.1occuronceevery600kb)(Wangetal.1998),theirlowmutationrate,andtheaccessibilityofhigh-throughputgenotyping.ThepowerofassociationstudiesbasedonSNPsdependsnotonlyonthesamplesizeanddensityofth