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1、论文题目：《水稻未知DNA片段IDR3的生物信息学分析》姓名：罗艳指导老师：支立峰时间：2011年5月21日2011届毕业论文答辩主要内容：选题背景1材料2分析方法3结果与总结4生物信息学生物学应用数学计算机科学选题背景：人类基因组计划（HGP）的完成使得生物信息学倍受人们的关注。从上个世纪八十年代以来，全世界已经建立起许多种类的生物学数据库，各种生物数据分析软件和仪器不断被开发出来，如何利用生物信息学来解决生物学研究中的问题已经成为生物学发展中的一个热点。什么是生物信息学？生物信息学是结合了生物学、应用数学和计

2、算机科学等多个学科的一门研究生命自身规律的综合性学科。其定义可归纳为：生物信息学是一门采用计算机技术和信息论方法对蛋白质及其核酸序列等多种生物信息采集、加工、储存、传递、检索、分析和解读的科学,是现代生命科学与信息科学、计算机科学、数学、统计学、物理学和化学等学科相互渗透而形成的交叉学科。生物信息学生物信息学出现的意义？生物信息学的出现一方面解决了生物数据的采集、贮存、传递、检索、分析和解读的难题。另一方面，生物信息学也使生物学研究模式发生了深刻的变化，传统生物学研究解决问题往往靠实验的手段，生物信息学的出现使得

3、研究可以从理论出发，然后回到实验中去，来追踪和验证这些理论假设。材料：利用水稻悬浮细胞为材料，对其进行缺铁处理，用改进的差异显示技术（DDRT-PCR）从水稻悬浮细胞中分离受铁缺乏调控的基因。这些差异片段经Northern杂交验证后表明，5条为真实的阳性片段，其中3条（IDR2、6、8）表达受缺铁胁迫抑制，另外2条（IDR1、3）受缺铁胁迫的诱导。我们所研究的未知DNA片段IDR3就是通过这种方法在试验室中得到的。利用改进的差异显示技术从受缺铁胁迫的水稻悬浮细胞系中获得5条阳性序列，本文选取IDR3，经测序为：A

4、TGGGTGTCAGTTTGCTTCCAATGTTGTTGAGAAGTGCCTTTCCTTCGGTAGTCCTGAGGAGCGCCAGATTCTAATTAATGAAATGCTTGGCACAACTGACGAGAATGAGCCATTACAGGCAATGATGAAAGACCAGTTTGCTAACTACGTGGTGCAGAAGGTTTTGGAGACTTGTGATGACCAGAACCGTGAATTGACCCTTTCACGTATCAAAGTACATTTGAATGCACTAAAGAGATACACCTATGGGAAACATATT

5、GTTGCACGGGTTGAGAAGCTTATTGCTGCAGGAGAAAGGCGCAGTGGAGTGTCTTCGTCATCTTCGTGAGATTGCAATGGTTAGTTTGACAGAATAACACCTGTACAGACAAATAGCGAGGCTAGCCTTACCTGTAGTCTTGTTGGGTTAAATCGGAAAAGCTAAGCTTTGAAAGCCTTTGATGTAAATAAAGGAGGGCCTCTGGAAATAAAAAGGAGAGAGTGTGCTTGTTCTTAAGAAAGAAGCTGTATATTTGTAC

6、GTTTTTCCCCTCTTCGAGTAAGATAAAAAGGAGGAAGAAAGGCAAAGCATGGAAGAAATTAGTGCAAAGATTTAGGATAGATGATGGGAAGCAAACTGACACCCATA对其进行生物信息学分析将有助于对水稻经受环境胁迫能力的研究。IDR3序列：软件在线平台硬件利用什么来分析？最基础的要求：一台可以联网的计算机。一些生物信息学分析常用的软件，例如：DNAMAN、BIOEDIT、VECTORNTI、DNACLUB等等。一些在线的生物信息学应用平台，例如：NCBI的BLAST

7、检索、ORFFINDER程序，蛋白质信号肽预测、二级结构分析等程序。核苷酸分析开放阅读框分析Blast同源性分析二级结构分析信号肽预测IDR3分析方法：跨膜区分析磷酸化位点分析核苷酸分析利用软件DNAMAN、DNACLUB等对IDR3进行核苷酸分析。开放阅读框分析利用NCBI的ORFFINDER程序对IDR3的开放阅读框进行分析。Blast同源性分析利用NCBI的BLAST程序对IDR3进行同源性分析。信号肽分析跨膜区分析二级结构分析利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器蛋白质序列的信号肽预测，进入PREDIC

8、TIONSERVES页面。利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的NETPHOS2.0SERVER程序做磷酸化位点分析。磷酸化位点分析跨膜区分析二级结构分析利用丹麦科技大学（DTU）的CBS服务器上的TMHMMSERVERV.2.0程序进行蛋白序列跨膜区分析。利用PBILLYON-GERLAND信息库对蛋白质序列进行二级结构预测（SECONDARYSTRUCTUREP