武大分子遗传图谱构建.ppt

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1、分子遗传图谱的构建实验目的学习分子遗传图谱构建的原理与方法基于形态标记的果蝇经典遗传图谱基于DNA分子标记的水稻分子遗传图谱一、DNA分子标记及其检测技术DNA分子标记的概念（定义、特点）常用DNA分子标记的种类1、RFLP2、SSR3、RAPD4、AFLP5、SCAR：sequencecharacterizedamplifiedregion6、CAPS：cleavedamplifiedpolymorphicsequence二、分子遗传图谱的构建1、遗传图谱构建原理：基因连锁与互换定律遗传图谱（基因或标记的排序与

2、遗传距离）物理图谱（基因或标记的排序与物理距离）2、遗传图谱构建的主要步骤：1、构建分离群体暂时性群体(tentativepopulation)：F2、BC永久性群体(permanentpopulation)：DH、RIL2、筛选多态性标记3、分离群体标记基因型数据的收集4、利用作图软件（MAPMAKER/EXP等）构建遗传图谱实例：水稻分子遗传图谱的构建1、“一粒传法”构建“Lemont/Teqing”RIL群体(185RILs)2、筛选多态性标记（以SSR标记为例）群体标记基因型检测(PCR扩增及电泳检测)

3、SSR标记的检测原理：如——(ATT)n——3、分离群体的标记基因型数据的收集：RILmarkerdata.xls4、制作输入文件：如ricemap.raw5、运行作图软件MAPMAKER/EXP，构建遗传图谱软件使用说明文件：MapMaker-EXP3_0Manual.htm(注：MAPMAKER/EXP只能安装在C盘才能运行)MAPMAKER/EXP的常用命令1、preparedata:preparingdatafrominputfile‘ricemap.raw’2、photoricemap.ou

4、t：'photo'isonbythefile‘ricemap.out’3、unitscm：the'units'aresettocenti-Morgans.4、centimorganfunctionKosambi:(orHaldane)5、printnameson:'printnames'ison.6、tripleerrordetectionon：'tripleerrordetection'ison.7、makechromosomechrom1chrom2chrom3chrom4chrom5chrom6：todef

5、inechrom1chrom2chrom3chrom4chrom5chrom68、makechromosomechrom7chrom8chrom9chrom10chrom11chrom129、sequence49：totellwhichlociwewishtoconsider10、anchorchrom1：toassignmarker4and9tochromosome111、sequencechrom112、twopoint13、framechromchrom114、drawchromchrom115、makin

6、ganinitializationfilenamed(inthiscase)“ricemap.pre”