本专业毕业论文2

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1、1.刖B1.1雅罗鱼亚科研究概况1.1.1雅罗鱼亚科的主要分布及其形态特征雅罗血亚科(Leuciscinae)是鲫形H(Cypriniformcs)鲫科(Cyprinidae)的一个重要的分支。它经济价值高，为我国北方常见的名贵鱼类，大部分为朵食性或草食性鱼类，少数为肉食性种类。在我国分布范围很广，目前我国冇14屈24种。主要有雅罗血属、三块伤-属、拟赤梢血属、欧輪屈、青血屈、草血属、赤眼鱒屈以及较少见的鲍、轆、赊等屈。其代表物种有青鱼、草鱼、赤眼鱒、欧輪等。雅罗鱼亚科共同的特征为第5眶下骨不与眶上骨相连；背鳍起点与腹鳍起点相对，如背鳍较靠后，则侧线鳞为50左右。1.1.2雅罗鱼

2、亚科的分类鉴定与研究现状传统的的分类研究方法多以形态、骨骼等形态学研究为主，虽然这种方法简单、易操作、且较实用等优点，但仅仅凭借形态学鉴别会受到趋同进化等因素的干扰，准确性不是很高。其次在传统的分类中对亚科的划分界限不是很清晰，只是将鲤科屮近裔特征不是很明显的低等类群都归入雅罗鱼亚科和dan亚科它只是一个不同低等血类的集合体，这种分类方法带有很大的不确定性，亟需进―步完善。目前关于雅罗鱼的系统分类述未取得一致的认识：何舜平、陈宜瑜认为雅罗血亚科分为两个互不相干的单系群：北美、欧洲、四伯利亚的雅罗血亲缘关系近，为一个单元群，而分布于东亚的雅罗鱼类如青鱼、草鱼、赤眼鱒等为另一个单元群

3、；Howes将餘鱼屈(Luciobrama)从雅罗鱼亚科分出，建立了赤梢鱼群(Aspine)；陈湘粪将须属(Tinea)归入鲍亚系。并建立须亚科；陈星玉则认为不应将须从雅罗鱼亚科中分出去⑵。1.1.3本实验的目的及意义随着现代分子生物学的发展，分子生物技术被广泛应用到鱼类的系统发育研究中来，为进一步理清亚罗鱼亚科鱼类的亲缘关系提供了可能。木文通过对雅罗鱼亚科所屈物种的多个基因片段进行系统发育分析，期望能明确英在鲤科鱼类屮的地位，为进一步的科学研究提供扎实的理论基础及保障。2.实验材料及方法2.1外群的确定外群：与分析序列相关的生物序列，且具有较远的亲缘关系。在构建系统发育树的过程

4、中需要选择若干外群作为参照，以便对比较对象进行系统发育分析。外群与研究对象的亲缘关系不能太近，否则会与研究对象混在一起，对树型有影响，也不能太远，否则起不到参照的作用。依据上述原则本文选择的外群是同屈鲫形目(cyprinformes)鲫科(cyprinidae)的鲫A(carassius)和鲤形目(cyprirdfonnes)鍬科(cobitidae)的泥鍬(Misgurnusanguillicaudatus)作为外样。2・2基因片段的选取就某一亚科内同一类群的研究而言，基因序列越长，所含数据信息也就越丰富，所构建的系统发育树可信度也越高。遵循这一原则，本文选择了Cytb、ND4

5、、个基因片段，并力图通过多个角度构建系统发育树，研究雅罗鱼亚科屮不同物种的分类地位。Cytb是线粒体基因中最常用的基因片段之一，因其母系遗传、无内含子、且缺少重组的遗传物质，故常用于物种的系统进化和分类地位的研究。线粒体基因中的ND4基因是编码NADI1脱氢酶亚基的蛋口质编码基I大I。与其它线粒体基因相比XD4进化速率居中，在重建亲缘关系较远的类群的系统发育关系时，能构建出置信度更高的系统发育树。此外ND4含有更多的核昔酸位点，所含信息量也更大，建的树可信度也更高。1.3基因序列的获取木实验中从NCBI数据库中卜•载到Cytb和ND4基因序列的物种有雅罗鱼属的瓦氏雅罗鱼、草鱼、赤

6、眼鱒、丁繊、湖繊、拉氏繊、拟赤梢鱼、欧骗、青鱼、真娥、珠星三块鱼、朝鲜峨、三块鱼、中村三齿雅罗鱼、玫塊三齿雅罗鱼、鲫鱼、泥鍬。雅罗鱼亚科的其他物种的基因片段则因Genbank中未收录该基因而未能卜载。这也是本实验不足的地方。具体操作步骤如下：登陆NCBT中Genbank主界面，输入物种的拉丁学名，分别选定Cytb、ND4、ATP6这三个基因片段，点击进入，点击其中的FASTA键，进入含有该基因片段序列的界面，将不同物种同一基因片段的序列以纯文本格式保存在一个文件中。1.4系统进化树的构建2.4.1木文用到的构建系统发育树的方法简介：系统发生树推断就是根据某一标准，从给定的数据中推

7、导、计算出其中最符合要求的树的过程。具体到本实验中就是通过对下载的基因序列的处理，得到雅罗鱼亚科的系统发育树。目前常用的推断方法大体分为两大类：基于算法的构建方法和基于最优原则的构建方法。(1)基于算法的构建方法常见的有邻接法，其优点是运算速度快，是目前应用最广的一种距离法。(2)基于最优的方法中最常用的冇最大简约法(maximumparsimony,MP)和最大似然法(maximunilikelihood,ML)□MP法的优点是能快速分析出大量序列间的系统发生关系，所构建的树中