比较基因组学鉴定藏猪和家猪的自然和人工选择的主要内容2

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1、《比较基因组学鉴定藏猪和家猪的自然和人工选择》的主要内容第二部分：藏猪和四川盆地家猪的群体基因组学分析为进一步研究我国藏猪种群的遗传结构、漫长丿力史进化过程屮的群体大小变化，以及四川盆地家猪经受长期人工选择在基因组中留下的选择性清除痕迹。木研究对来自我国6个代表性的藏猪群体，对四川盆地的4个特有地方猪种,以及四川盆地野猪进行了群体基因组重测序。结合欧洲野猪、欧洲家猪、屮国东南家猪、亚洲野猪、东南亚岛屿的野生猪属动物和非洲疣猪的基因组数据，进行了群体水平的比较基因组学分析。1.群体遗传学分析结果表

2、明欧亚猪种存在明显的遗传背景差异，欧亚的地理隔离造成的遗传结构差界甚至超过了野牛和驯化的差界。通过基因组碱基变界的丿力史推断分析，鉴定出在距今2万年前的末次冰盛期（末次冰期屮气候最为寒冷、冰川规模达到最大的时期），欧洲和中国东南地区的野猪群体大小急剧下降。而屮国西南的四川盆地由于地质活动频繁，四面环山，相对“胶囊”状的地理隔绝,成了冰期时代野猪和藏猪的“诺亚方Ar,其群体大小不降反升。这是首次从哺乳动物基因组水平证明中国酋南，特别是素有天府z国、熊猫故乡的四川盆地作为冰期生物的避难所，是世界范围

3、内牛物多样性最为丰富区域之一的有力证据。2.通过对6个藏猪群体（西藏13喀则、西藏林芝、四川阿坝、四川廿孜、廿肃甘南和云南迪庆）和4个四川盆地特有家猪品种（盆周山地猪、乌金猪、雅南猪和内江猪）基因组水平的基因选择性清除分析，鉴定出了大量藏猪高海拔适应性的快速进化基因268个，家猪肌肉生长、脂肪沉积、免疫基因等受到人工强烈选择的基因516个。结果同时表明家猪自人类农业产生以來经历了约9000年的人工选择，而藏猪却遭受了方万年漫长的高原环境口然选择，从基因组水平上看，作用时间较短的人工选择反而能够有

4、效地改变和塑造家养动物基因组。充分体现了人类根据自身需要驯养、塑造和改良物种的强人能力。3.通过基因的进化速度分析，发现家猪唾液分泌基因受到了强烈的人工选择，快速进化。一方面解释了人工饲养条件下家猪为消化淀粉含量较高的饲料，唾液分泌量增加的分子基础，体现了家猪交配繁殖行为极大地依赖丁•唾液屮“性外激素”的适应性进化。同时也反映了人工集约化养殖条件下动物福利的恶化和“行为规癖"（如无食咀嚼，猪的一种固板行为，表现为在口腔无食情况下连续地咀嚼。多发生在刺激贫瘠的畜舍环境）现彖的频繁发生。这与现代人类

5、社会屮由于压力过大、精神抑郁导致的“流涎症，'类似。该研究从藏猪和家猪的比较基因组学分析出发，其研究思路和研究模式充分表明，在目前以及未來的5〜10年中，基于高通量基因组测序技术，能够快速地进行遗传资源筛选，寻找到大量的遗传并界，实现遗传进化分析及重要经济性状候选基因的预测。基因组重测序将成为育种研究屮迅速有效的方法之一，在全基因组水平扫描并检测出与动植物重要性状相关的变异位点，具有重大的学术、科研价值和潜在的产业价值O中国养猪业有着悠久的历史，主耍猪种和产品已成为人们所必需的生产和生活资料。由

6、于我国多元化的地理、生态和气候条件，加上长期以来经过广犬劳动人民的精心选育，形成了丰富的地方猪种资源。农业部“十二五”期间统计数据显示我国猪品种有125个，其中地方品种88个。许多地方猪种蕴藏着丰富的优良基因资源，其中优良的肉质、抗病性、抗逆性和繁殖性能等都是极具特色和国际竞争力的经济性状，也是我国畜牧业持续发展的坚实基础和巨大的潜在优势。近年来，受外来品种强烈冲击，我国地方优良畜禽品种数量急剧下降，经过数千年驯化的许多传统品种被遗弃，处于灭绝或濒危状态的优良地方品种已占20%以上，并且日趋严重

7、，其中以猪的品种资源流失最为严重。该研究以藏猪和四川盆地家猪为例，对我国地方优良猪种的主要优良特性进行分子遗传评估，其结果将极大地加速后续建立和利用这些优良特性的育种技术方案，是充分冇效利用我国优良地方畜禽品种资源的战略性工作。【配图】世界代表猪种、藏猪和四川盆地家猪的群体基因组学分析*四JII藏猪杜洛克猪（美国、欧洲）1M2面S日喀则洵拔w>C.000m甘JR艺南□囚丿胃坝酥甘孜:笄址j迪庆nC内江野笙□直猪。家豬:中国西甫）不法BAA。兰Afife±0W②长白第③议■■療④大白58富杜港克建

8、P国东南（?）»»2養曲苏）凉绪，3梅山猪（辽苏）④金华58（浙辽）««尔中国北方A日本A中3MI方A中国西南（虚庆）念印尼（苏门答題窗）=国西助中国西刚-毗㈣欧）GW5山地绪（泸州古■）（毎金搐（乐山P边）**口?IrtJ猪（HE安、IBtt）O內江猪（内江）东阳亚凭屿e■罗州绩猪»K②卷毛好轴（斑）空苏包威西岛掘绪④爪廷敕1WW况猪基I$非题猪沁地猪咧内已（蟲）