雅罗鱼亚科研究概况-本专业毕业论文

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1、1.刖B1.1雅罗鱼亚科研究概况1.1.1雅罗鱼亚科的主要分布及其形态特征雅罗尙亚科(Leuciscinae)是鲫形n(Cypriniformcs)鲫科(Cyprinidae)的一个重要的分支。它经济价值高，为我国北方常见的名贵鱼类，大部分为朵食性或草食性鱼类，少数为肉食性种类。在我国分布范围很广，目前我国冇14屈24种。主要有雅罗血属、三块血属、拟赤梢血屈、欧编属、青血属、草血属、赤眼鱒屈以及较少见的鲍、轆、赊等屈。其代表物种有青鱼、草鱼、赤眼鱒、欧餚等。雅罗血亚科共同的特征为第5眶下骨不与眶上骨相连；背鳍起点与腹鳍起点相对

2、，如背鳍较靠后，则侧线鳞为50左右。1.1.2雅罗鱼亚科的分类鉴定与研究现状传统的的分类研究方法多以形态、骨骼等形态学研究为主，虽然这种方法简单、易操作、且较实用等优点，但仅仅凭借形态学鉴别会受到趋同进化等因素的干扰，准确性不是很高。其次在传统的分类屮对亚科的划分界限不是很清晰，只是将鲫科小近裔特征不是很明显的低等类群都归入雅罗血亚科和dan亚科。山它只是一个不同低等鱼类的集合体，这种分类方法带有很大的不确定性，亟需进—步完善。口前关于雅罗血的系统分类述未取得一致的认识：何舜平、陈宜瑜认为雅罗鱼亚科分为两个互不相干的单系群：北

3、美、欧洲、西伯利亚的雅罗鱼亲缘关系近，为一个单元群，而分布于东亚的雅罗鱼类如青鱼、草鱼、赤眼鱒等为另一个单元群；Howes将赊血属(Luciobrama)从雅罗尙亚科分出，建立了赤梢血群(Aspine)；陈湘粪将须属(Tinea)归入鲍亚系。并建立须亚科；陈星玉则认为不应将须从雅罗鱼亚科屮分岀去⑵。1.1.3本实验的口的及意义随着现代分了生物学的发展，分了生物技术被广泛应用到鱼类的系统发育研究屮来，为进一步理清亚罗鱼亚科鱼类的亲缘关系提供了可能。本文通过对雅罗血亚科所属物种的多个基因片段进行系统发育分析，期望能明确其在鲫科他类

4、中的地位，为进一步的科学研究提供扎实的理论基础及保障。2.实验材料及方法2.1外群的确定外群：与分析序列相关的生物序列，且具有较远的亲缘关系。在构建系统发育树的过程屮需耍选择若干外群作为参照，以便对比较对彖进行系统发育分析。外群与研究对象的亲缘关系不能太近，否则会与研究对象混在一起，对树型冇影响，也不能太远，否则起不到参照的作用。依据上述原则本文选择的外群是同属鲫形口(cyprinformes)鲫科(cyprinidae)的鲫鱼(carassius)和鲤形目(cypriniformes)鍬科(cobitidae)的泥鍬(Mis

5、gurnusanguillicaudatus)作为外群。1.2基因片段的选取就某一亚科内同一类群的研究而言，基因序列越长，所含数据信息也就越丰富，所构建的系统发育树可信度也越高。遵循这一原则，本文选择了Cytb、ND4、个基因片段，并力图通过多个角度构建系统发育树，研究雅罗鱼亚科屮不同物种的分类地位。Cytb是线粒体基因中最常用的基因片段Z-,因其母系遗传、无内含了、且缺少重组的遗传物质，故常用于物种的系统进化和分类地位的研究。线粒体基因中的ND4基因是编码NADH脱氢酶亚基的蛋白质编码基因。与其它线粒体基因相比XD4进化速率

6、居中，在重建亲缘关系较远的类群的系统发育关系时，能构建出置信度更高的系统发育树。此外ND4含有更多的核昔酸位点，所含信息量也更大，建的树口J信度也更高。1.3基因序列的获取本实验中从NCBI数据库中下载到Cytb和ND4基因序列的物种有雅罗鱼属的瓦氏雅罗鱼、草鱼、赤眼鱒、丁碱、湖碱、拉氏碱、拟赤梢鱼、欧骗、青鱼、真峨、珠星三块鱼、朝鲜臓、三块鱼、中村三齿雅罗鱼、玫瑰三齿雅罗鱼、鲫鱼、泥鍬。雅罗鱼亚科的其他物种的基I大I片段则I大IGenbank中未收录该基I大I而未能下载。这也是本实验不足的地方。具体操作步骤如下：登陆NCBI

7、中Genbank主界面,输入物种的拉丁学名,分别选定Cytb>ND4^ATP6这三个基因片段，点击进入，点击其中的FASTA键，进入含有该基因片段序列的界面，将不同物种同一基因片段的序列以纯文本格式保存在一个文件中。2.4系统进化树的构建2.4.1本文用到的构建系统发育树的方法简介：系统发生树推断就是根据某一标准，从给定的数据中推导、计算出其中最符合要求的树的过程。具体到木实验中就是通过对下载的基因序列的处理，得到雅罗鱼亚科的系统发育树。廿前常用的推断方法大体分为两大类：基于算法的构建方法和基于最优原则的构建方法。(1)基于算

8、法的构建方法常见的有邻接法，其优点是运算速度快，是冃前应用最广的一种距离法。(2)基于最优的方法中最常用的有最大简约法(maximumparsimony,MP)和最大似然法(maximumlikelihood,ML)。MP法的优点是能快速分析出大量序列间的系统发生关系，所构建