线粒体基因组测序策略和方法_沙淼

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1、应用昆虫学报ChineseJournalofAppliedEntomology2013，50(2):293－297．DOI:10．7679/j．issn．2095－1353．2013．039*线粒体基因组测序策略和方法＊＊沙淼林立亮李雪娟黄原(陕西师范大学生命科学学院西安710062)摘要本文综述了线粒体基因组测序策略和方法，在传统测序方法中介绍了基于物理分离线粒体DNA的克隆文库测序方法和基于PCＲ扩增产物的直接测序方法，后者重点介绍了基于长PCＲ扩增产物的引物步移法和基于总DNA的引物步移法;应用新一代高通量测

2、序方法有基于总DNA样品的方法，包括需要预扩增mtDNA的多物种平行高通量和无需预扩增mtDNA的高通量方法，基于总ＲNA样品的转录组测序方法等。在实际工作中，选择哪种方法取决于研究规模、样品大小和保存状态、经费情况等。总的来说，基于长PCＲ扩增产物的引物步移法尤其适合小规模昆虫线粒体基因组研究，而对于大规模线粒体基因组研究来说，NGS技术无疑是省时省力的最佳选择。关键词线粒体基因组，长PCＲ，引物步移法，高通量测序Strategyandmethodsforsequencingmitochondrialgenome

3、＊＊SHAMiaoLINLi-LiangLIXue-JuanHUANGYuan(CollegeofLifeScience，ShaanxiNormalUniversity，Xi’an710062，China)AbstractThispaperreviewsstrategyandmethodsforsequencingmitochondrialgenomes．Twotraditionalsequencingmethodsareintroduced;theclonelibrary-basedsequencingmetho

4、dfromphysicallypurifiedmtDNA，andthePCＲamplicon-basedsequencingmethod，whichincludesprimer-walkingsequencingfromlongPCＲampliconsandprimer-walkingsequencingfromtotalDNA．Fortheapplicationofnext-generationsequencingstrategies，therearetotalDNA-basedmethods，whichincl

5、udetheparalleltaggedsequencing(PTS)methodbasedonpre-amplifyingmtDNAandtotalDNA，andthetranscriptomicsequencingmethodbasedontotalＲNA．Fromapracticalperspective，whichmethodischosendependsonthescaleoftheresearch，sizeandpreservativestatusofthesample，andfinancialsupp

6、ort．Theprimerwalkingsequencingmethodbasedonlong-PCＲampliconsisparticularlysuitableforsmallscaleresearchoninsectmitochondrialgenomes．Forlargescalemitochondrialgenomeresearch，NGStechnologyisthebestchoiceforsavingtimeandeffort．Keywordsmitochondrialgenome，long-PCＲ

7、，primer-walking，next-generationsequencing月底在NCBI基因组数据库中登记的线粒体全基1前言因组序列的后生动物有2924种，其中昆虫346线粒体基因组作为研究DNA复制和转录的种。线粒体基因组的研究方法在近几十年中不断良好模型，同时也是遗传和进化上广泛使用的分发展，尤其最近高通量测序技术的出现，为线粒体子标记，近年来被广泛应用于生物学的许多领域。全基因组测序提供了新的策略。本文对目前常用后生动物线粒体基因组大小一般在16～17kb之的传统和高通量线粒体基因组测序策略和方法进间

8、，编码13个蛋白质基因，2个rＲNA基因和22行了综述。个tＲNA基因。自从第一个线粒体基因组(人类mtDNA)序列1981年被测定以来，截止2012年12*资助项目:国家自然科学基金(31172076，30970346)。＊＊通讯作者，E-mail:yuanh@snnu．edu．cn收稿日期:2013-01-01，接受日期:2013-01-10·294·应