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《计算材料科学的模型和算法和多尺度关联》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、计算材料科学中的模型、算法和多尺度关联系列讲座与讨论西北工业大学科研处西北工业大学理学院西北工业大学材料学院联合举办西北工业大学高性能计算中心III、纳米、亚纳米尺度一、第一原理方法及其在材料科学中的应用二、密度泛函方法及其应用三、从原子分子到纳米尺度——分子力学、分子动力学方法及其应用从原子分子到纳米尺度——分子力学、分子动力学方法及其应用MolecularMechanics/MolecularDynamics一、MM、MD理论基础二、MM、MD计算程序三、MM、MD方法的应用一、MM、MD基础理论原则上,第一原理方法在理论上已
2、经能解决所有问题但计算量太大，计算机资源有限，原子数目较多时，如高分子、蛋白质、原子簇以及研究表面问题、功能材料或材料的力学性能等，实际上难以完成计算为此，发展了分子力学(MolecularMechanics,MM)与分子动力学(MolecularDynamics,MD)方法它们的应用，又称分子模拟(molecularsimulation,molecularmodeling)或分子设计(moleculardesign)MM与MD是经典力学方法，针对的最小结构单元不再是电子而是原子因原子的质量比电子大很多，量子效应不明显，可近似用经
3、典力学方法处理20世纪30年代,Andrews最早提出分子力学(MM)的基本思想；40年代以后得到发展,并用于有机小分子研究。90年代以来得到迅猛发展和广泛应用基本思想事先构造出简单体系(如链段、官能团等各种不同结构的小片段)的势能函数,简称势函数或力场(forcefield)将势函数建成数据库，在形成较大分子的势函数时，从数据库中检索到结构相同的片段，组合成大体系的势函数利用分子势能随原子位置的变化有极小值的性质，确定大分子的结构即为分子力学(MM)利用势函数，建立并求解与温度和时间有关的牛顿运动方程，得到一定条件下体系的结构随
4、时间的演化关系即为分子动力学(MD)理论方法的核心是构造势函数势函数：势能与原子位置的关系。且往往是不知道的需要通过其他方法，如量子化学方法及实验数据获得rrθθrE过渡状态E反应物产物分子势函数曲面——势能面示意图1、分子力场分子片段力场的函数表达式中包含自变量和力场参数其中自变量为分子的结构参数，独立参数为键长、键角和二面角，如图而力场参数一般通过与实验数据和从头算数据进行最小二乘法拟合来确定b’bθbθθ’有的还使用一个非独立参数：面外弯曲角χφ势函数形式很多，目前已被广泛使用的力场有如CFF、MM2、MM3、MM4、MMF
5、F、AMBER、CHARMM、DREIDING、UFF和COMPASS等形式虽多,但一般总表达为分子内与分子间势能之和:V总=V键合+V非键合分子内势能(键合)包括键伸缩、键角弯曲和二面角扭转势能分子间势能(非键合)包括范德华势和静电势,有的还包括H键：V键合=V键伸缩+V键角弯曲+V二面角扭转V非键合=V范德华+V静电+V氢键键合势函数中，一些力场还包含交叉项，使精度更高交叉项的含义：如键长变化时，键角弯曲势能随键长的不同而不同，等例:COMPASS-98力场(condensed-phaseoptimizedmolecularp
6、otentialsforatomisticsimulationstudies)的表达式如下每个k是一独立的力场参数,下标“0”代表参考(~平衡)结构参数：显然是一个非谐性力场力场参数{k}最小二乘法确定基本思想如：R-COOH基团1)由abinitio(构型优化方法)计算出平衡结构，得到参考结构参数{bi0,θi0,φi0}2)用伪随机数方法将{bi0,θi0,φi0}人为改变成若干(n)组非平衡结构参数{bi,θi,φi}l(l=1,2,…,n)3)用各{bi,θi,φi}l结构参数分别进行abinitio计算，得到{bi,θi
7、,φi}l结构参数下对应的能量El(l=1,2,…,n)4)将El(l=1,2,…,n)和{bi,θi,φi}l代入势能表达式5)用最小二乘法拟合，确定力场参数{k}非键合势函数中，静电相互作用表示分子中各原子静电荷的库仑相互作用对势能的贡献不同的力场，静电相互作用表达式基本相同范德华势也大都采用Lennard-Jones函数，但函数中的指数有所不同。如COMPASS-98的非键合势函数为：静电相互作用：范德华势：即Lennard-Jones9-6函数其它力场范德华势较多采用L-J12-6函数：当然，在建立分子的势能函数时，还有一
8、些更细致的问题要考虑，如：势能展开项的截断周期结构的处理多组分混合物体系含有离子的体系或金属中的离子等不同的方法或程序中，分别都有更详细的讨论。参考：[德]D.罗伯.计算材料学.北京：化学工业出版社,2002,9俞庆森,朱龙观.分子设计导论.北京：
