2、 0.857 1.949 144.74 2.695 O27[-x,-y,-z+1]3.在.ins中,加以下行ACTABOND$HHTABHTABO25O21EQIV$1-x,-y,-zEQIV$2-x,-y,1-zHTABO19O4_$1HTABO21O27_$2(加在UNIT后面和FVAR之前的任何地方)4.精修n轮到收敛5.那么,在.lst中你会看到Specifiedhydrogenbonds(withesdsexceptfixedandridingH) D-H H...A D...A <(DHA
3、) 0.90 2.34 3.151(8) 149.0 O25-H13...O21 0.86(2) 2.17(4) 2.969(8) 154(8) O19-H3...O4_$1 0.86(2) 1.95(6) 2.695(7) 145(8) O21-H6...O27_$25.而在.cif中,你会看到以下信息.注意一下symmtrycode的对应关系. 比如3556表示-x,-y,1-z_symmetry_cell_setting monoclin
4、ic _symmetry_space_group_name_H-M P2(1)/n loop_ _symmetry_equiv_pos_as_xyz 'x,y,z' '-x+1/2,y+1/2,-z+1/2' '-x,-y,-z' 'x-1/2,-y-1/2,z-1/2' (这是P21/n空间群相对应的四个symmetryoperations)loop_ _geom_hbond_atom_site_label_D _geom_hbond_atom_site_label_H _geom_hbond_atom_site_label_A _geom_
5、hbond_distance_DH _geom_hbond_distance_HA _geom_hbond_distance_DA _geom_hbond_angle_DHA _geom_hbond_site_symmetry_A O25H13O21 0.902.343.151(8)149.0. O19H3O4 0.86(2)2.17(4)2.969(8)154(8)3 O21H6O27 0.86(2)1.95(6)2.695(7)145(8)3_556问题二: 如何查看不常见的氢键?, 用别的程序算出来的氢键,其acceptor的symm
6、etrycode对称码与shelx算的不一致怎么办?象C-H...O这类氢键,Shelx好象不给计算,至少是我不知道如何算.那么怎么算呢?方法一:用Platon,或者PWT中的Platon其中有CalcH-bond或Calcall的命令方法二:用MaterialStudio可以检查,但要把C设为donor但是,根据一些虫子的报道,Platon算出来的氢键,其对称操作码会和XP和shelx算出来的不一致. 这个,据我查看,好象是Platon计算时,有时会把你的文件中的有些原子坐标做个平移.(是不是这个原因,要请熟悉Platon的人说说). 而要注意
7、的是,有时候,XP中的symmetrycode(用SYMM指令)和最终CIF中的也会有所不同,比如P2(1)/n,在XP中,就把-x,-y,-z排在2,而在cif中是在3. 我的看法,如果你的结构是用Shelx或Shextl解的,可以用Platon计算非常规氢键,但不要相信platon所给的对称操作码,因为platon做计算时可能把有些原子的坐标平移了. 这时候,要回过头来用XP来查对正确的对称操作码. 比如我举的上述例子,用Platon算的,有个氢键是O(21)--H(6) ..O(27) [ 2545.07] 0.86 1.
8、95 2.6946 145那你用XP打开.ins,fmol后,arad0.222O21envio21你就会发现与O21距
